Pourquoi la microbiologie a-t-elle

un intérêt en environnement ?
Docteur Fabien Squinazi
Médecin biologiste
Membre correspondant de
l’Académie Nationale de Pharmacie
 Cette séance ne traite pas :
• des expositions via l’alimentation (déjà traitées)
• de la transmission inter-humaine directe d’agents
infectieux, responsables de maladies
contagieuses
• de la transmission de maladies infectieuses et
parasitaires
– par un animal réservoir
– par piqûre d’un insecte (moustiques, puces, tiques)
• des aéro-allergènes (pollens, domestiques)
 Les milieux de l’environnement
• Les fluides
– air ambiant, extérieur ou intérieur,
– gaz
– eaux
• Les supports inertes
– surfaces
– sols
– matériels
– équipements
– textiles
– liquides
Une diversité de micro-organismes
• Les bactéries (0,5 à 10 µm) : êtres unicellulaires
dépourvus de noyau (procaryotes), distinguées
classiquement par leurs :
– forme : sphérique (coque), bâtonnet (bacille), virgule
(vibrion )
– coloration : Gram + et Gram –
– respiration : aérobies stricts, aéro-anaérobies
facultatives, anaérobies strictes
– état physiologique : cultivables, viables non cultivables
Une diversité de micro-organismes
• Les virus (10 à 300 nm), à ARN ou à ADN,
entourés d’une capsule protéique, parasites
obligatoires de cellules animales, végétales ou
bactériennes (bactériophages), identifiés par :
– un examen microscopique (électronique)
– la recherche des effets cytopathologiques
– un diagnostic immunologique par réaction
antigène – anticorps (+ marqueur)
– leurs composants (méthode biochimique ou
immunologique)
Une diversité de micro-organismes
• Les champignons : pourvus d’un noyau ADN
(procaryotes)
– moisissures (1 à 50 µm) : thalle filamenteux
produisant des spores, dans des conditions d’humidité
– levures (1 à 10 µm) : forme unicellulaire
• Identifiés par :
– leur morphologie
– l’observation microscopique
– la production de métabolites
– la caractérisation moléculaire
 Le classement des agents biologiques

Groupe 1 Groupe 2 Groupe 3 Groupe 4

Susceptible de provoquer
une maladie chez non oui grave grave
l’homme
Constitue un danger pour
les travailleurs - oui sérieux sérieux

Propagation dans la peu

collectivité - probable possible élevée

Existence d’une
prophylaxie ou d’un - oui oui non
traitement efficace
 Micro-organismes de
l’environnement
• origine
• origine humaine
environnementale
• Staphylococcus
• Bacilles aérobies à
• entérobactéries Gram négatif
• entérocoques • Legionella
• virus (rotavirus, VRS) • mycobactéries
• parasites (Giardia, atypiques
amibes,…) • champignons
• amibes libres
 Sources et transferts
des micro-organismes
• Transferts par bioaérosol ou contact direct

Homme

Fluides
Supports inertes
(air ambiant, eaux)
 La voie aérienne
Contamination – amplification - diffusion
• Les vecteurs microbiens
– source humaine
• gouttelettes microbiennes (Pflügge)
• noyaux de condensation (Droplet nuclei)
• squames cutanées
– sources inertes
• poussières
• supports
• réseaux d’eau et d’air
 Les réservoirs vivants
Cuir chevelu 106 bactéries/cm2
Front 104 - 105 bactéries/cm2
Sécrétion nasale 107 bactéries/g
Salive 108 bactéries/g
Aisselle 106 - 107 bactéries/cm2
Main propre 100 à 1000 bactéries
Matières fécales > 108 bactéries/g
 Gouttelettes de Pflügge
Particules D ≥ 0,5 µm Activité
700 000 toux
1 400 000 éternuement
100 parole : lettre « p »
180 parole : syllable « pré »
15 – 20 000 conversation : 1 minute
 La voie par contact direct
• Transfert par les mains (manuportage)
• Transfert par contact avec des supports
inertes contaminés
– surfaces
– matériels
– équipements
– textiles
– liquides
 Conséquences de la présence des
micro-organismes
• Si la plupart de micro-organismes de
l’environnement sont considérés comme
inoffensifs, voire bénéfiques pour la
fabrication de produits
• D’autres, moins nombreux, peuvent avoir des
impacts technico-économiques ou humains
– dégradation des supports
– effets indésirables pour la santé humaine
 Les modes d’exposition
• L’ingestion d’eau ou d’aliments contaminés
• L’inhalation de bioaérosols
– perturbation de supports inertes
– aérosolisation de microgouttelettes d’eau
• La peau et les muqueuses
– supports inertes
– eaux (par exemple, baignades)
 Prélèvements pour le contrôle
de l’aérobiocontamination
• La filtration :
– air aspiré au travers d’une membrane
microporeuse (0,8 µm)
– débit régulé : 40 à 130 L/min
– pas de coupure granulométrique
– manipulation délicate des membranes
– atmosphère humide incompatible
– courte durée de prélèvement
 Prélèvements pour le contrôle
de l’aérobiocontamination
• L’impacteur centrifuge (ex RCS) :
– particules projetées par la force centrifuge d’une hélice sur
le milieu nutritif
– débit : 40 à 100 L/min
– maniable, autonome, tête autoclavable, limite les colonies
envahissantes
– mauvaise collecte des particules < 3,8 µm
– recyclage de l’air prélevé
– courte durée de prélèvement
 Prélèvements pour le contrôle
de l’aérobiocontamination
• L’impacteur à crible(s)
– air prélevé accéléré à travers les orifices d’un
crible ; particules impactées sur une ou plusieurs
géloses
– débit 28,3 L/min (ex. Andersen) à 100 L/min
– collection selon la granulométrie des particules
– courte durée de prélèvement
– table de correction
Impacteurs à cribles
Prélèvements pour le contrôle
de l’aérobiocontamination
Le piégeage en milieu liquide
selon un mode « cyclonique »
– débit : 100 – 800L/min
– air aspiré entraîné dans un
mouvement
tourbillonnant à l’intérieur
d’un cône
– les particules biologiques
sont centrifugées sur les
parois humides et
récupérées dans le cône
dans un échantillon
liquide
– cultures et/ou ou analyses
rapides (PCR, cytométrie,
endotoxines, glucanes)
 Développements de la collecte en
milieu liquide
• Etudes de la diversité microbienne par des
outils moléculaires
– comparaison de divers biocollecteurs
– dans des localisations différentes
– suite à des traitements d’inactivation
– meilleure compréhension des bioaérosols
• Détection en temps réel
– collecte – transfert liquide – analyse rapide
 Bactéries et Moisissures
Prélèvements et analyses
AIR SURFACES POUSSIERES

Biocollecteur Gélose Écouvillon Scotch Scotch lame Dilution

AT-Omega contact
100 l/min 10 sec,
25 g/cm2

Incubation

Identification
 Les indicateurs microbiens
• Critères de choix :
– spécificité : retrouvé de manière constante dans le milieu
étudié et doit coexister avec les germes pathogènes
– sensibilité : isolé en même temps que les germes
pathogènes et même précéder leur apparition ; il doit être
en plus grand nombre qu’eux
– résistance : plus résistant aux agents désinfectants que les
germes pathogènes
– facilité d’identification : facile à isoler, rapidement
identifiable par des tests simples
– la relation avec l’épidémiologie : sa nature et sa
concentration doivent être en rapport avec la probabilité
d’apparition d’une infection dans la population
 Les indicateurs de contamination
d’origine humaine
• Les germes témoins de contamination fécale
– Escherichia coli
– entérocoques intestinaux

• Les germes témoins de contamination cutanéo-

muqueuse
– Staphylocoques (Staphylococcus aureus)
– Flore bactérienne revivifiable (DTB)
reflets du taux d’occupation, de l’activité, de la propreté
des locaux et des installations de traitement d’air
 Les indicateurs de contamination
environnementale
• Flore mycélienne revivifiable (DTM) de l’air et
des supports inertes
– reflet de l’efficacité de la filtration d’air, humidité à
l’intérieur des locaux, présence de plantes
• Bactéries à Gram négatif dans l’eau du réseau
intérieur de distribution (Legionella sp.
Pseudomonas sp., mycobactéries atypiques)
– reflet d’un dysfonctionnement des installations de
production et de distribution d’eau
 Perspectives
• Une meilleure connaissance des facteurs
interférant avec l’environnement microbien
intérieur (indoor environmental microbiome)
– facteurs humains et animaux
– conception du bâtiment et pratiques d’exploitation
(aération, ventilation, température, humidité,
produits chimiques)
– choix des matériaux
• par un développement de nouvelles technologies
d’identification microbienne
Focus sur 4 milieux environnementaux
• Habitat et développement de moisissures
• Stéphane Moularat, CSTB
• Expositions microbiennes liées aux piscines
• Françoise Enkiri, LHVP
• Systèmes de climatisation et expositions
microbiennes
• Sylvie Parat, Air & Bio, Chambéry
• Diversité des micro-organismes dans les réseaux
de distribution d’eau
– Professeur Jean-Claude Block, Université de Lorraine