28/07/2024 14:25 Micro-organismes du sol : pierres angulaires du One Health

N° 236 | mars 2023 Télécharger la revue Imprimer 

Microbiote du sol, des plantes, animal et

humain : qu'ont-ils à nous apprendre ?

Micro-organismes du sol : pierres

angulaires du One Health

Le rôle essentiel des micro-organismes dans l’approche « One Health » fait actuellement
l’objet de nombreuses études scientifiques. Des données récentes démontrent
notamment que les communautés microbiennes des différents organismes vivants sont
interconnectées et fonctionnent comme une unité génomique à part entière. Toutefois,
peu de travaux sont disponibles sur la place du sol et de ses résidents au sein de cette
boucle microbienne. Une étude récente fournit de nouvelles preuves sur l’importance du
microbiome du sol et de sa contribution à la santé végétale, animale et humaine dans une
approche « One Health ».

L’approche « One Health » – une seule santé – considère que la santé de l‘homme est
indissociable de celle des autres composantes – sol, plantes et animaux – de l’écosystème.
Dans ce cadre conceptuel, de nombreuses études émergent sur le rôle déterminant des
micro-organismes. Des travaux récents ont notamment démontré que les microbiomes des
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plantes, des animaux et des hommes étaient liés et que cette association déterminait le
bien-être et les capacités de la quasi-totalité des organismes d’un même écosystème (Adair,
2018 ; Singh, 2020).

Toutefois, le paysage de la recherche sur ce sujet reste principalement dominé par des
études sur les agents responsables de zoonoses, bien que les interactions avec le
microbiome ne se limitent pas aux pathogènes (Trinh, 2018 ; Berg, 2020). De même, peu de
données sont disponibles sur le rôle du microbiome du sol dans l’approche One Health.
Une étude récente (Banerjee, 2023) met en avant l’importance des communautés
microbiennes du sol en soulignant leur contribution à la santé des plantes, des animaux et
des humains.

Le sol, un réservoir renfermant une grande diversité de micro-

organismes
Les sols sont particulièrement riches en micro-organismes. Ils abritent notamment le
microbiome le plus diversifié et le plus complexe de la planète, renfermant souvent plus de
0,5 mg de biomasse microbienne carbonée et plus de 50 000 espèces par gramme (van der
Heijden, 2008; Fierer,2017). Les micro-organismes résidant dans le sol et en profondeur
constituent la plus grande fraction de la biomasse globale terrestre, après les plantes, et
servent ainsi de réservoir microbien.

Les micro-organismes dominants dans le sol sont généralement des bactéries et des
champignons, dont la biomasse est supérieure à celle des protistes et des archées, suivis par
les particules virales (Bar-On, 2018). Lorsque l’on compare différents compartiments du
microbiome – sol, plante, animal, humain, on constate que la diversité et les acteurs
dominants varient considérablement. Par exemple, le sol et la rhizosphère sont très
diversifiés et dominés par les Pseudomonadota, les Actinomycetota, les Cyanobacteria et les
Acidobacteriota. L’intestin humain est moins diversifié et dominé par les Bacillota et les
Bacteroidota, tandis que les microbiomes animaux sont relativement plus diversifiés, avec
une présence notable de Pseudomonadota (Fierer, 2017 ; Triveldi, 2020).

Le sol, grand contributeur et déterminant des microbiomes

végétaux, animaux et humains
Les micro-organismes relient le sol, les plantes, les animaux et la santé humaine, tandis que
les communautés microbiennes – c’est-à-dire le microbiote – relient les différents
écosystèmes.

En tant que réservoir microbien, le sol détermine en premier lieu le microbiome des
plantes. Les composants spécifiques du microbiote du sol se rassemblent dans la
rhizosphère des plantes et sont ainsi incorporés dans les racines de sorte que les plantes
bénéficient d’un sous-ensemble du microbiome du sol (Edwards, 2015). Les bactéries
favorisant la croissance des plantes peuvent également être transmises verticalement par
les semences (Rochefort, 2021). En fournissant plus de deux tiers de la diversité bactérienne
et fongique, le sol est ainsi le plus grand contributeur au microbiote endophytique des
plantes (Abdelfattah, 2021).
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Parallèlement, le sol détermine également le microbiome intestinal de l’homme et de

l’animal. En effet, le microbiote végétal renferme des micro-organismes issus du sol, qui
sont susceptibles d’être retrouvés dans le microbiome intestinal des humains et des
animaux. Pour exemple, les agriculteurs et les animaux d’élevage sont régulièrement
exposés aux sols, de même que nous inhalons des particules de sol comprenant des micro-
organismes à travers la poussière. Toutefois, l’apport alimentaire reste le principal
contributeur à la composition du microbiome intestinal de l’homme et de l’animal.

Microbiomes du sol, acteurs essentiels du One Health

Les microbiomes du sol jouent un rôle central dans les services écosystémiquese et
peuvent ainsi contribuer à l’approche “One Health” en influençant directement et
indirectement la santé des sols, des plantes, des animaux et des êtres humains (voir figure
1). Les microbiomes du sol interviennent dans une multitude de processus essentiels,
impliqués dans la santé des sols, tels que le recyclage des nutriments, la dynamique de la
matière organique, la structure du sol, les transformations et la séquestration du carbone
(Fierer, 2017 ; Naylor, 2020). De plus, les micro-organismes du sol conditionnent les cycles
biogéochimiques, ayant un impact direct sur l’atténuation du changement climatique
(Bender, 2016).

Par ailleurs, certains micro-organismes présents dans les sols peuvent impacter
positivement ou négativement la santé des plantes. Par exemple, les champignons
mycorhiziens, Trichoderma spp. et Piriformospora spp. sont connus pour leur rôle dans la
nutrition des plantes, la stimulation de la croissance, la régulation hormonale ainsi que le
contrôle du stress (Tamburini, 2020). A l’inverse, de nombreux pathogènes végétaux
transmis par le sol nuisent à la plante et peuvent provoquer des maladies mortelles chez
les animaux comme la “maladie du Charbon”, l’œdème malin ou encore la nocardiose
(Morris, 2002).

Chez l’animal, les microbiomes du sol sont capables d’influencer positivement leur
comportement social. En effet, une réduction de l’anxiété a été observée chez des souris
exposées à la poussière (Liddicoat, 2020). De même, l’exposition au sol permettrait de réduire
l’inflammation allergique et exercerait une influence positive sur l’axe intestin-poumon
chez les souris (Ottman, 2019).

Enfin, chez l’homme, les personnes les plus exposées au sol sont moins susceptibles de
développer de réactions allergiques. Néanmoins, certains micro-organismes peuvent
provoquer des maladies telluriques telle que la méningite fongique, la diarrhée, la dysenterie
amibienne et l’helminthiase (Wall, 2015).

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Figure 1 : Contribution des microbiomes du sol à l’approche « One Health (adapté de Banerjee et al,
2023)

Basé sur : Banerjee S, van der Heijden MGA. Soil microbiomes and one health. Nat Rev
Microbiol. 2023 Jan;21(1):6-20.

 Messages clés
Les sols sont des pierres angulaires de l’approche One Health et servent de
réservoir de pathogènes, de micro-organismes bénéfiques et de diversité
microbienne globale pour un large éventail d’organismes et d’écosystèmes.

Le microbiome du sol exerce de nombreuses fonctions qui contribuent

directement ou indirectement à la santé du sol, des plantes, des animaux et
de l’homme.

 Références 

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