Contoh Buku Kecil

ANALISIS POLA GENETIK BAKTERI Acinetobacter baumannii-
calcoaceticus complex RESISTAN KARBAPENEM DI RSUD dr.

SAIFUL ANWAR MALANG DAN RSUP Prof. dr. R. D. KANDOU
MANADO
DISERTASI
Untuk Memenuhi Persyaratan

Memperoleh Gelar Doktor
Oleh
HERIYANNIS HOMENTA
177070100111006
PROGRAM STUDI DOKTOR ILMU KEDOKTERAN

MINAT ILMU BIOMEDIK
JURUSAN KEDOKTERAN FAKULTAS KEDOKTERAN
UNIVERSITAS BRAWIJAYA
MALANG
2022
i
IDENTITAS TIM PENGUJI DISERTASI
JUDUL DISERTASI:
Analisis Pola Genetik Bakteri Acinetobacter baumannii-calcoaceticus
complex Resistan Karbapenem di RSUD dr. Saiful Anwar Malang dan RSUP
Prof. dr. R. D. Kandou Manado.
Nama Mahasiswa : Heriyannis Homenta

NIM : 177070100111006
Program studi : Doktor Ilmu Kedokteran
Minat : Ilmu Biomedik
KOMISI PEMBIMBING:
Promotor
Nama : Prof. Dr. dr. Noorhamdani AS, DMM, SpMK(K)
Institusi : Departemen Mikrobiologi Klinik FK UB Malang
Ko-promotor 1
Nama : dr. Dewi Santosaningsih, MKes, PhD, SpMK
Ko-promotor 2
Nama : Dr. dr. Hani Susianti, SpPK(K)
Institusi : Departemen Patologi Klinik FK UB Malang
TIM PENGUJI:
Penguji 1
Nama : Prof. Dr. dr. Sanarto Santoso, DTM&H, SpMK(K)
Penguji 2
Nama : dr. Hidayat Sujuti, MSc, PhD, SpM
Institusi : Departemen Ilmu Kesehatan Mata FK UB Malang
Penguji 3
Nama : Prof. Dr. dr. Kuntaman, MS, SpMK(K)
Institusi : Departemen Mikrobiologi Klinik FK Unair Surabaya
Tanggal Ujian Tertutup: 18 Oktober 2022
Tanggal Diseminasi : 14 November 2022
ii
KATA PENGANTAR
Dengan memanjatkan puji syukur ke hadirat Tuhan Yang Maha Esa, atas
limpahan rahmat dan hidayah-Mu Penulis dapat menyelesaikan disertasi yang
berjudul: Analisis Pola Genetik Bakteri Acinetobacter baumannii-calcoaceticus
complex Resistan Karbapenem di RSUD dr. Saiful Anwar Malang dan RSUP
Prof. dr. R. D. Kandou Manado.
Di dalam tulisan ini, disajikan pokok-pokok bahasan yang meliputi
pendahuluan, tinjauan pustaka, metode penelitian, hipotesis dan kerangka
konsep penelitian, hasil penelitian, pembahasan dan kesimpulan.
Dengan selesainya disertasi ini, Penulis menyampaikan ucapan terima
kasih yang sebesar-besarnya kepada:
1. Rektor Universitas Brawijaya, Prof. Widodo, MSi, PhD.Med.Sc dan Rektor
terdahulu Prof. Dr. Ir. Nuhfil Hasani, MS dan Prof. Dr. Ir. Mohammad Bisri,
MS atas ijin dan kesempatan yang diberikan kepada Penulis untuk
mengikuti pendidikan Program Studi Doktor Ilmu Kedokteran di
Universitas Brawijaya.
2. Dekan Fakultas Kedokteran Universitas Brawijaya, Dr. dr. Wisnu
Barlianto, MSi.Med, SpA(K) dan Dekan terdahulu, Dr. dr. Sri Andarini,
MKes atas kesempatan dan dukungan yang diberikan kepada Penulis
dalam menyelesaikan pendidikan Program Doktor Ilmu Kedokteran di
3. Ketua Program Studi Program Doktor Ilmu Kedokteran Universitas
Brawijaya, Prof. Dr. dr. Loeky Enggar Fitri, MKes, SpParK(K) dan Ketua
Program Studi terdahulu Prof. Dr. dr. Kusworini, MKes, SpPK, atas segala
iii
bimbingan, arahan dan dukungan fasilitas yang telah diberikan kepada
Penulis.
4. Pemerintah Republik Indonesia melalui Kementerian Pendidikan,
Kebudayaan, Riset, dan Pendidikan Tinggi yang telah memberikan
BPPDN Tahun 2017 kepada Penulis untuk menempuh Pendidikan
Program Studi Doktor Ilmu Kedokteran di Fakultas Kedokteran
5. Pemerintah Sulawesi Utara melalui Kepala Badan Penghubung di
Jakarta, Christian Singal, SKom, MSi yang telah memberikan kesempatan
kepada Penulis menempati fasilitas Guesthouse/Asrama Mahasiswa
Sulut di Malang.
6. Rektor Universitas Sam Ratulangi, Prof. Dr. Ir. Ellen Joan Kumaat, MSc,
DEA atas ijin dan kesempatan yang diberikan kepada Penulis untuk
mengikuti pendidikan Program Studi Doktor Ilmu Kedokteran di Fakultas
Kedokteran Universitas Brawijaya.
7. Dekan Fakultas Kedokteran Universitas Sam Ratulangi, Dr. dr. Billy
Kepel, MMedSc, SpKKLP dan Dekan terdahulu, Prof. Dr. dr. Adrian
Umboh, SpA(K), atas kesempatan dan dukungan yang diberikan kepada
Penulis dalam menyelesaikan pendidikan Program Doktor Ilmu
Kedokteran di Universitas Brawijaya.
8. Direktur RSUD dr. Saiful Anwar, Malang, Dr. dr. Kohar Hari Santoso,
SpAn, KIC, KAP yang telah memberikan kesempatan kepada Penulis
untuk melakukan penelitian di Laboratorium Mikrobiologi RSUD dr. Saiful
Anwar, Malang.
9. Direktur RSUP Prof. dr. R. D. Kandou, Manado, Dr. dr. Jimmy
Panelewen, SpB-KBD yang telah memberikan kesempatan kepada
iv
Penulis untuk melakukan penelitian di Laboratorium Mikrobiologi RSUP
Prof. dr. R. D. Kandou, Manado.
10. Prof. Dr. dr. Noorhamdani AS, DMM, SpMK(K) selaku Promotor dan juga
telah membimbing mulai Seminar Pra-Proposal sampai ujian proposal
disertasi yang telah banyak meluangkan waktu, tenaga, dan pikiran, serta
mengarahkan Penulis dalam penelitian dan penyusunan disertasi ini.
11. dr. Dewi Santosaningsih, MKes, PhD, SpMK selaku Ko-promotor 1 yang
telah membagikan ilmu pengetahuan, saran, masukan yang sangat kritis,
dukungan yang luar biasa, juga kesabaran, pengertian kepada Penulis
selama penelitian dan dalam penyusunan disertasi ini.
12. Dr. dr. Hani Susianti, SpPK(K) selaku Ko-Promotor 2 yang telah banyak
meluangkan waktu, tenaga, dan pikiran mulai dari Seminar Pra-Proposal
sampai ujian proposal disertasi selaku dosen Pembimbing Akademik, dan
telah banyak memberikan dukungan, wawasan, motivasi, saran, waktu
dan segala keikhlasan kepada Penulis sampai pada tahap penyusunan
disertasi ini.
13. dr. Hidayat Sujuti, MSc, PhD, SpM selaku Penguji 1 yang telah
memberikan pemikiran, saran dan masukan kepada Penulis untuk
penulisan disertasi yang lebih baik.
14. Prof. Dr. dr. Sanarto Santoso, DTM&H, SpMK(K) selaku Penguji 2 yang
telah memberikan kritik, saran dan masukan kepada Penulis untuk
penulisan disertasi yang lebih baik.
15. Prof. Dr. dr. Kuntaman, MS, SpMK(K) selaku Penguji 3 (Penguji
Luar/Tamu) yang telah memberikan kontrol positif gen resistan blaKPC
dan blaNDM isolat bakteri A. baumannii-calcoaceticus complex resistan
karbapenem, serta memberikan pemikiran, motivasi, saran dan masukan
kepada Penulis untuk penulisan disertasi yang lebih baik.
v
16. Dr. dr. Wisnu Barlianto, MSi.Med., SpA(K) yang telah telah membimbing,
memberikan saran dan masukan kepada Penulis pada Seminar Pra-
Proposal 1-4, sehingga Penulis bisa menyusun Proposal Disertasi dan
dapat melakukan penelitian dan menyelesaikan penulisan Disertasi.
17. Dr. Husnul Khotimah, SSi, MKes yang telah telah membimbing,
memberikan motivasi, saran dan masukan kepada Penulis pada Seminar
Pra-Proposal 1-4, sehingga Penulis bisa menyusun Proposal Disertasi
dan dapat melakukan penelitian dan menyelesaikan penulisan Disertasi.
18. Prof. Dr. dr. Kusworini, MKes, SpPK, selaku dosen MKPD Infeksi
Imunologi atas segala bimbingan, arahan dan materi yang telah diberikan
kepada Penulis, sehingga Penulis dapat mengerti dan memahami tentang
mekanisme infeksi dan respon imun yang menunjang dalam penulisan
disertasi.
19. Prof. Dr. drh. Aulanni’am, DES selaku dosen MKPD Instrumen atas
segala bimbingan, arahan dan materi yang telah diberikan kepada
Penulis, sehingga Penulis dapat melaksanakan penelitian dengan baik.
20. Dr. dr. Siswanto, MKes (Almarhum) selaku dosen MKPD Statistik atas
segala bimbingan, arahan dan materi yang telah diberikan kepada
Penulis, sehingga Penulis dapat mengolah data menggunakan metode
statistik dengan baik.
21. Seluruh Dosen Program Studi Doktor Ilmu Kedokteran FK UB yang telah
mengajar dan membagikan ilmunya.
22. dr. Fredine Rares, MKes selaku Ketua Bagian Mikrobiologi FK Unsrat dan
Ketua Bagian terdahulu, Almarhum Dr. dr. John Porotuo, MSi, MHA, AIFO
beserta sejawat dosen dr. Velma Buntuan, MKes, dr. Olivia Waworuntu,
MPH, SpMK, dr. Linda Tompodung, MPdKed yang telah mengijinkan dan
vi
memotivasi kepada Penulis untuk melanjutkan pendidikan Doktor di
PSDIK FK UB, Malang.
23. dr. Standy Soeliongan, MRepro, SpMK(K) selaku Ketua PAMKI Manado
yang telah memberikan arahan dan motivasi kepada Penulis selama
menempuh pendidikan Doktor di PSDIK FK UB, Malang.
24. Prof. Dr. dr. Starry H. Rampengan, SPJP(K), FIHA selaku Komisaris
Utama PT. RSIA Kirana Manado dan Direktur RSIA Kirana dr. Andrew
Ch. Pangemanan, MKes yang telah memotivasi kepada Penulis selama
menempuh pendidikan Doktor di PSDIK FK UB, Malang.
25. Dr. Yulia Rosa Saharman, MKes, PhD, SpMK yang telah memberikan
kontrol positif gen resistan blaOXA-23 isolat bakteri A. baumannii-
calcoaceticus complex resistan karbapenem kepada Penulis.
26. dr. Julyadharma, SpMK selaku penanggungjawab Laboratorium
Mikrobiologi RSUP Prof. dr. R. D. Kandou, Manado yang telah membantu
Penulis dalam pengumpulan sampel, isolasi dan identifikasi bakteri A.
baumannii-calcoaceticus complex.
27. Dr. dr. Dwi Yuni Nur Hidayati, MKes (Almarhumah) selaku Kepala
Laboratorium Mikrobiologi FK UB yang telah memberikan kesempatan
kepada Penulis melakukan penelitian di Laboratorium Mikrobiologi FK
UB, Malang.
28. Dr. rar. net. Triyudani Mardiningraras, MScApp selaku Kepala
Laboratorium Biokimia FKUB yang telah memberikan kesempatan
kepada Penulis melakukan penelitian di Laboratorium Biokimia FK UB,
Malang.
29. Oma Egnie Sugiyono-Rumambi selaku Ketua Kerukunan Keluarga
Kawanua (KKK Jatim-MR) beserta seluruh pengurus dan anggota yang
vii
telah menjadi orangtua bagi Penulis selama menempuh studi Doktor di
PSDIK FK UB Malang.
30. Dodi Safari, PhD selaku Kepala Divisi Bakteriologi Laboratorium Eijkman
Jakarta yang telah memberikan kesempatan kepada Penulis melakukan
penelitian sequensing di Laboratorium Eijkman Jakarta.
31. Pak Wisnu Trafoji, SSi yang telah membantu Penulis selama penelitian
epidemiologi molekular (MLST, eBURST, dan Mega X) bakteri A.
baumannii-calcoaceticus complex resistan karbapenem di Laboratorium
Eijkman Jakarta.
32. Seluruh staf pegawai Program Studi Doktor Ilmu Kedokteran FKUB: Indah
Wulandari, SAB; Winarti, SE, mas Hadi Santoso, dan pegawai
sebelumnya: Pak Samsul Arifin dan mas Deny yang telah membantu
Penulis dalam kegiatan akademik selama Penulis menempuh Pendidikan
Doktor di Program Studi Doktor Ilmu Kedokteran FKUB, Malang.
33. Altris Sepang, SIP dan Ibu Nurlis Masloman, SE yang telah membantu
Penulis dalam pengumpulan sampel, dan penyimpanan bakteri A.
baumannii-calcoaceticus complex resistan karbapenem di Laboratorium
FK Unsrat Manado.
34. Ibu Ucik, mas Ali, mas Slamet, Ibu Mega dan mas Derby yang telah
membantu Penulis selama penelitian di Laboratorium Mikrobiologi FK UB,
Malang.
35. Mbak Fitri yang telah membantu Penulis selama penelitian di
Laboratorium Biokimia FK UB, Malang.
36. Bu Adriani, Mbak Suci (Lab. Biomedik FKUB), Mbak Heni (Lab.
Parasitologi FKUB) untuk bantuan, konsultasi dan nempil bahan
penelitian kepada Penulis.
viii
37. Istri: Sandra Lidya Lontoh, SH dan anak: Kezia Christie Homenta untuk
kasih sayang, perhatian, semangat, dorongan, dan doanya untuk Penulis
sehingga Disertasi ini dapat diselesaikan dengan baik.
38. Papa Herman E. Homenta (Alm.) dan Ibu Ham Mei Je (Almh.), serta
keluarga dari Ci Herlin, Ci Heni, Ko Yadi, Ko Yantje, Ko Yanto, Ko
Yansen, Ko Yano, adik Herjelista untuk doa, perhatian, dukungan moral
dan material kepada Penulis.
39. Orang tua mantu: papa Amos Siwu dan mama Beatrix Mogot, SPd,
beserta adik ipar Jane siwu, SE, MSA; Petra Marpaung, ST; Dordia Siwu,
SE dan kemenakan Smart Marpaung yang telah memberikan perhatian,
dorongan, doa, dukungan moral dan material untuk Penulis.
40. Teman-teman mahasiswa Program Studi Doktor Ilmu Kedokteran FKUB
angkatan 2017: Dr. dr. Muh. S. Niam, MKes, SpB-KBD; Dr. dr. Herman
Wihastyoko, SpBP-RE(K); Dr. dr. Kurnia Penta Seputra, SpU(K); Dr. dr.
Nora Arianti, MKes, SpKK; Dr. dr. Sinta Murlistyarini, SpKK; Dr. dr. Ayling
Sanjaya, MKes, SpA; Dr. Khoirul Anam, SSi, M.Biomed.; Dr. Ika
Oktaviani, SSiT, MKeb.; Uswatun Hasanah, MKeb.; An Nisa Fithri,
AmdKeb., MKM; Ahmad Fahrudi Setiawan, SKom, MT; Achmad
Noercholis, ST, MT yang sudah banyak membantu dan kerjasama
selama kuliah dan penelitian.
41. Senior dan teman sejawat di Paguyuban Unsrat di Malang (PUDING)
yang telah memberikan perhatian, dorongan, dan doanya kepada Penulis.
42. Teman-teman mahasiswa Sulut di Guesthouse Mahasiswa Sulut dan
Formas di Malang yang telah memberikan perhatian, bantuan, dorongan,
dan doanya kepada Penulis.
ix
43. Alfian Ronal Lengkong, SP dan Detty Rattu, SH atas bantuan laptop dan
program/aplikasi di laptop kepada Penulis selama menyelesaikan studi
Doktoral.
44. Semua pihak yang tidak dapat saya sebutkan satu per satu yang telah
memberi doa, dukungan, dan bantuannya kepada Penulis.
Penulis telah berusaha memberikan yang terbaik dalam penulisan
Disertasi ini, namun Penulis juga menyadari masih terdapat kekurangan,
sehingga Penulis mengharapkan saran dan kritik yang membangun agar tulisan
Disertasi ini bermanfaat bagi yang membutuhkan dan untuk dunia kedokteran.
Malang, Oktober 2022
Penulis
x
RINGKASAN
Heriyannis Homenta, NIM.177070100111006. Program Doktor Ilmu Kedokteran Jurusan

Kedokteran Fakultas Kedokteran Universitas Brawijaya Malang Analisis Pola Genetik
Bakteri Acinetobacter baumannii-calcoaceticus complex Resistan Karbapenem di RSUD
dr. Saiful Anwar Malang dan RSUP Prof. dr. R. D. Kandou Manado. Komisi Pembimbing
Ketua: Sanarto Santoso, Anggota : Noorhamdani AS, Dewi Santosaningsih, Hani
Susianti.
Infeksi nosokomial atau healthcare associated infections (HCAI) adalah infeksi

yang terjadi pada pasien yang dirawat di rumah sakit atau fasilitas kesehatan lainnya,
tetapi pada saat pasien masuk rumah sakit tidak menderita infeksi tersebut. Salah satu
bakteri yang dapat menyebabkan infeksi nosokomial adalah bakteri Acinetobacter
baumannii-calcoaceticus complex (A. baumannii-calcoaceticus complex). Angka kejadian
infeksi yang disebabkan oleh bakteri A. baumannii-calcoaceticus complex terus
meningkat setiap tahun, baik di negara berkembang maupun negara maju. Selain itu,
telah terjadi resistansi bakteri A. baumannii-calcoaceticus complex terhadap antibiotik,
yaitu multidrug-resisten (MDR), extensively drug resistant (XDR), dan carbapenem
resistant A. baumannii-calcoaceticus complex. Sampai saat ini, belum ada penelitian
tentang produksi karbapenemase yang dikode oleh gen resistan, mekanisme resistansi,
sequence type (ST), clonal complex (CC), dan phylogenetic tree (PT) bakteri A.
baumannii-calcoaceticus complex resistan karbapenem di RSUD dr. Saiful Anwar,
Malang dan RSUP Prof. dr. R. D. Kandou, Manado.
Tujuan penelitian ini yaitu untuk mengetahui gambaran pola resistansi, produksi
karbapenemase, gen resistan, dan gambaran ST, CC, dan PT bakteri A. baumannii-
calcoaceticus complex resistan karbapenem di RSUD dr. Saiful Anwar, Malang dan
RSUP Prof. dr. R. D. Kandou, Manado.
Manfaat penelitian yaitu memberikan informasi tentang pola resistansi antibiotik
secara in vitro, produksi karbapenemase dan gen resistan karbapenem, serta
memberikan informasi tentang ST, CC, dan PT bakteri A. baumannii-calcoaceticus
complex resistan karbapenem di RSUD dr. Saiful Anwar, Malang dan RSUP Prof. dr. R.
D. Kandou, Manado.
Penelitian ini merupakan penelitian cross-sectional menggunakan metode
eksplorasi laboratorium yang dilakukan di Laboratorium Mikrobiologi Fakultas Kedokteran
Universitas Brawijaya/RSUD dr. Saiful Anwar, Malang; Laboratorium Mikrobiologi
Fakultas Kedokteran Universitas Sam Ratulangi/RSUP Prof. dr. R. D. Kandou, Manado;
Laboratorium Biokimia Fakultas Kedokteran Universitas Brawijaya, Malang, dan
Laboratorium Eijkmen, Jakarta. Penelitian ini dibagi menjadi tiga tahap. Penelitian tahap
pertama untuk isolasi dan identifikasi bakteri A. baumannii-calcoaceticus complex, dan
dilakukan uji sensitivitas untuk mengetahui bakteri A. baumannii-calcoaceticus complex
yang resistan karbapenem menggunakan Vitek2 system. Penelitian tahap kedua untuk
mengetahui produksi karbapenemase dan identifikasi gen resistan bakteri A. baumannii-
calcoaceticus complex resistan karbapenem, yaitu blaKPC (K. pneumaniae
carbapenemase), blaNDM (New-Delhi metallo-b-lactamase), blaOXA-23 (Oxacillinase).
Penelitian tahap ketiga, yaitu clonality study bakteri A. baumannii-calcoaceticus complex
resistan karbapenem meliputi uji Multiple-locus Variable-Number Tandem-Repeat
Analysis (MLVA), Multilocus sequence type (MLST), analisis clonal complex (CC)
menggunakan algoritma eBURST, dan phylogenetic tree menggunakan metode DMM
(Distance Matrix Method) dengan program MEGA X (Molecular Evolutionary Genetic
Analysis).
Data hasil penelitian yang diperoleh dianalisis menggunakan SPSS (Statistical
Package for the social Science) versi 20 untuk mendapatkan persentasi sensitivitas dan
membandingkan angka sensitivitas antibiotik secara in vitro bakteri A. baumannii-
xi
calcoaceticus complex di RSUD dr. Saiful Anwar, Malang dan RSUP Prof. dr. R. D.
Kandou, Manado.
Hasil penelitian menunjukkan bahwa jumlah isolat bakteri A. baumannii-
calcoaceticus complex sebanyak 473 isolat dengan prevalensi bakteri A. baumannii-
calcoaceticus complex resistan karbapenem sebanyak 43 isolat (9%) di RSUD dr. Saiful
Anwar, Malang, dan sebanyak 98 isolat bakteri A. baumannii-calcoaceticus complex
dengan prevalensi bakteri A. baumannii-calcoaceticus complex resistan karbapenem
sebanyak 30 isolat (30,6%) di RSUP Prof. dr. R. D. Kandou Manado. Bakteri A.
baumannii-calcoaceticus complex resistan karbapenem paling banyak diisolasi dari
spesimen sputum. Uji produksi karbapenemase menggunakan mCIM didapatkan hasil
positif di RSUP Prof. dr. R. D. Kandou Manado sebanyak 29 sampel (96,7%) dan di
RSUD dr. Saiful Anwar, Malang sebanyak 42 sampel (97,7%). Hasil uji eCIM
menunjukkan metalo-β-laktamase dominan di dua rumah sakit tersebut. Prevalensi gen
resistan karbapenemase di RSUP Prof. dr. R. D. Kandou, Manado diperoleh gen
blaOXA-23 pada 18 sampel (60%) dan gen blaNDM pada 1 sampel (3,3%); dan di RSUD
dr. Saiful Anwar, Malang ditemukan gen blaOXA-23 pada 39 sampel (90,7%) dan gen
blaNDM pada 2 sampel (4,6%). Gen resistan karbapenemase blaKPC tidak terdeteksi di
kedua rumah sakit tersebut. Uji MLVA bakteri A. baumannii-calcoaceticus complex
resistan karbapenem menunjukkan ada 3 MLVA type (MT) di RSUD dr. Saiful Anwar,
Malang dan 5 MT di RSUP Prof. dr. R. D. Kandou, Manado. Secara umum, hasil ST yang
diperoleh adalah ST2, ST641, ST642, ST823, ST1276 dengan didominasi ST642
tergabung dalam CC1.
Kebaruan dari hasil penelitian ini adalah adanya kesamaan hasil di dua rumah
sakit yaitu isolat A. baumannii-calcoaceticus complex resistan karbapenem yang paling
banyak ditemukan dari spesimen sputum, produksi karbapenemase didominasi oleh
Metallo-β-lactamase yang dikode secara dominan oleh gen resistan blaNDM dan
blaOXA-23; MT yang diperoleh adalah MT2 dan MT3. Namun diperoleh juga perbedaan
hasil di dua rumah sakit yaitu prevelensi bakteri A. baumannii-calcoaceticus complex
resistan karbapenem 9% RSUD dr. Saiful Anwar, Malang dan 30,6% di RSUP Prof. dr. R.
D. Kandou, Manado; ST642 didominasi di Kota Malang, sedangkan di Kota Manado tidak
ada dominasi ST; CC1 dominan di Malang dan CC2 dominan ditemukan di Manado.
Kesimpulan: bakteri A. baumannii-calcoaceticus complex resistan karbapenem
menunjukkan produksi karbapenemase yang dikode oleh gen resistan karbapenemase
blaOXA-23 tampak dominan di kedua rumah sakit tersier di Malang dan Manado. Hasil
MT2 dan MT3 dominan dan ST yang terbanyak adalah ST642 tergabung dalam CC1.
Hasil phylogenetic tree menunjukkan evolutionary relatedness adalah clade 1 di Kota
Malang dan clade 2 di Kota Manado.
xii
SUMMARY
Heriyannis Homenta, NIM.177070100111006. Doctoral Program of Medical Science for

Faculty Medicine Universitas Brawijaya. Analysis of Genetic Pattern of Carbapenem-
Resistant Acinetobacter baumannii-calcoaceticus complex Bacteria in dr. Saiful Anwar
Hospital, Malang and Prof. dr. R. D. Kandou Hospital, Manado. Chairman: Sanarto
Santoso, Members: Noorhamdani AS, Dewi Santosaningsih, Hani Susianti.
Nosocomial infections or healthcare associated infections (HCAI) are infections

that occur in patients who are hospitalized or other health facilities, but when patients are
admitted to the hospital they do not suffer from the infection. One of the bacteria that can
cause nosocomial infections is the bacterium of Acinetobacter baumannii-calcoaceticus
complex (A. baumannii-calcoaceticus complex). The incidence of infection caused by A.
baumannii-calcoaceticus complex bacteria continues to increase every year, both in
developing and developed countries. In addition, there has been resistance of A.
baumannii-calcoaceticus complex bacteria to antibiotics, namely multidrug-resistant
(MDR), extensively drug resistant (XDR), and carbapenem resistant A. baumannii-
calcoaceticus complex. So far, there have been no reports of studies about pattern of
molecular resistance genes, resistance mechanism, sequence type (ST), Clonal complex
(CC), and phylogenetic tree (PT) genes of carbapenem resistant A. baumannii-
calcoaceticus complex in General hospital of dr. Saiful Anwar, Malang and General
hospital of Prof. dr. R. D. Kandou, Manado.
This research objective that is to find out the pattern of resistance, carbapenemase
production, resistance genes, and the sequence type, clonal complex, phylogenetic tree
of carbapenem resistant A. baumannii-calcoaceticus complex in general hospital of dr.
Saiful Anwar, Malang, and general hospital of Prof. dr. R. D. Kandou, Manado.
Benefits of research: Providing information about in vitro antibiotic resistance
patterns, carbapenem resistance genes, and molecular antibiotic resistance mechanism,
as well as providing information about sequence type, clonal complex, and phylogenetic
tree of carbapenem resistant A. baumannii-calcoaceticus complex and in general hospital
of dr. Saiful Anwar, Malang and general hospital of Prof. dr. R. D. Kandou, Manado.
This study is cross-sectional study using laboratory exploratory research
methods. The study was conducted at the Laboratory of Microbiology, Faculty of
Medicine, University of Brawijaya/General hospital of dr. Saiful Anwar, Malang;
Laboratory of Microbiology, Faculty of Medicine, University of Sam Ratulangi/General
hospital of Prof. dr. R. D. Kandou, Manado; Laboratory of Biochemistry Faculty of
Medicine, University of Brawijaya, Malang; and Eijkman laboratory, Jakarta.
The design of this study divided into three steps. The first step of the study to
isolation and identification, and a sensitivity test was conducted to determine
carbapenem-resistant A. baumannii-calcoaceticus complex bacteria using vitek2 system.
The second step of the study to identify carbapenemase production and carbapenem
resistant gene of the A. baumannii-calcoaceticus complex bacterial, namely blaKPC (K.
pneumaniae carbapenemase), blaNDM (New-Delhi metallo-b-lactamase), blaOXA-23
(Oxacillinase). The third step study to identify the clonality study of carbapenem-resistant
A. baumannii-calcoaceticus complex bacteria involve Multiple-locus Variable-Number
Tandem-Repeat Analysis (MLVA) test, sequence type determination using Multilocus
sequence type (MLST), clonal complex analysis uses eBURST algorithm, and
phylogenetic tree was reconstructed using the Distance Matrix Method (DMM) with the
Molecular evolutionary genetic analysis (MEGA) program.
xiii
The research data obtained will be analyzed with SPSS (Statistical Package for
the social Science) version 20 to obtain the frequency in percent and compare number of
in vitro antibiotic resistance based on infection of A. baumannii-calcoaceticus complex
bacterial in General hospital of dr. Saiful Anwar, Malang and General hospital of Prof. dr.
R. D. Kandou, Manado.
The results showed that the number of isolates of bacteria A. baumannii-
calcoaceticus complex as many as 473 isolates with the prevalence of carbapenem-
resistant A. baumannii-calcoaceticus complex resistance as many as 43 isolates (9%) in
RSUD dr. Saiful Anwar, Malang, and 98 isolates of A. baumannii-calcoaceticus complex
with a prevalence of 30 isolates of carbapenem-resistant A. baumannii-calcoaceticus
complex bacteria (30.6%). Carbapenem-resistant A. baumannii-calcoaceticus complex
bacteria the most collected from sputum specimen. Carbapenemase production test
using mCIM obtained positive results on 29 samples (96,7%) and 42 samples (97,7%) in
Manado and Malang, respectively. The eCIM showed metallo-β-lactamase was dominant
in two tertiary care hospital. The prevalence of carbapenemase resistance genes at
RSUP Prof. dr. R. D. Kandou, Manado obtained blaOXA-23 gene in 18 samples (60%)
and blaNDM gene in 1 sample (3.3%); and in RSUD dr. Saiful Anwar, Malang found the
blaOXA-23 gene in 39 samples (90.7%) and the blaNDM gene in 2 samples (4.6%).
Carbapenemase resistance gene of blaKPC were not detected in the two tertiary care
hospital. The MLVA test for carbapenem-resistant A. baumannii-calcoaceticus complex
bacteria showed that there were 3 MLVA type (MT) of in general hospital of dr. Saiful
Anwar, Malang and 5 MT in general hospital of Prof. dr. R. D. Kandou, Manado. The
sequence type results obtained are ST2, ST641, ST642, ST823, and ST1276. ST642
were assigned to the same clone with CC1.
The novelty of this research results was similar in both hospitals, namely the most
samples were from sputum specimen; carbapenemase production is dominated by
Metallo-β-lactamase which is coded predominantly by resistance genes found blaNDM
and blaOXA-23; MLVA type (MT) obtained by MT2 and MT3. The difference in results in
the two hospitals, namely the prevalence of carbapenem-resistant A. baumannii-
calcoaceticus complex was 9% and 30.6% in RSUD dr. Saiful Anwar, Malang and Prof.
Hospital. dr. R. D. Kandou, Manado, respectively; ST642 was dominated in Malang while
in the city of Manado there is no ST dominance; CC1 was dominant in Malang and
dominant CC2 was found in Manado.
Conclusions: Carbapenem-resistant A. baumannii-calcoaceticus complex samples
positive result of carbapenemase production coded by carbapenemase resistance genes
of oxa-23 seem to be dominant in two tertiary care hospital in Malang and Manado. The
highest of MT2 and MT3, sequence type results were ST642 CC1. The results of the
phylogenetic tree show that evolutionary relatedness is clade 1 in Malang city and clade 2
in Manado city.
xiv
BAB 1
PENDAHULUAN
1.1 Latar Belakang
Bakteri Acinetobacter baumannii-calcoaceticus complex (A. baumannii-
calcoaceticus complex) merupakan bakteri patogen oportunistik, berbentuk
kokobasil, Gram negatif (Peleg et al., 2008; Tanguy et al., 2017). Bakteri dapat
bertahan di lingkungan rumah sakit, karena dapat membentuk biofilm di kateter,
alat ventilator, dan pada alat kesehatan yang lain, sehingga dapat
mengakibatkan infeksi pneumonia terkait ventilator [ventilator associated
pneumonia (VAP)], infeksi saluran kemih (ISK), infeksi kulit, dan meningitis (Pour
et al., 2011a; Soojhawon et al., 2017), serta dapat menyebabkan infeksi pada
mata, luka bakar, dan septikemia (Peleg et al., 2008). Bakteri A. baumannii-
calcoaceticus complex telah menjadi penyebab infeksi serius pada pasien yang
dirawat di rumah sakit, karena bakteri A. baumannii-calcoaceticus complex
merupakan penyebab infeksi nosokomial yang tergabung dalam singkatan
ESKAPE, yaitu Enterococcus faecium, Staphylococcus aureus, Klebsiella
pneumoniae, A. baumannii, Pseudomonas aeruginosa, dan Enterobacter spp.
(Sirijan & Nitaya, 2006; Tanguy et al., 2017; Tiwari et al., 2017).
Infeksi nosokomial yang sekarang disebut sebagai healthcare associated
infections (HCAI) menyebabkan peningkatan lama perawatan pasien, disabilitas
yang lama, resistansi antibiotik, peningkatan biaya perawatan, dan dapat terjadi
peningkatan angka kematian. Model transmisi dari infeksi tersebut dapat terjadi
melalui tangan tenaga kesehatan, maupun melalui peralatan medis yang bersifat
1
invasif, seperti kateter urine, kateter vena, dan ventilator (Khan et al., 2017;
Haque et al., 2018).
Angka kejadian infeksi yang disebabkan oleh bakteri A. baumannii-
calcoaceticus complex bervariasi, baik di negara berkembang maupun negara
maju sekitar 2-10% (Gaynes & Edwards, 2005; Peleg et al., 2008), dan sebesar
36,2% di ICU rumah sakit umum de Guadalajara, Meksiko (Morfín-Otero et al.,
2013). Centers for disease control and prevention (CDC) melaporkan infeksi
bakteri Acinetobacter sp. terkait infeksi nosokomial sekitar 8500 kasus, dan
sebanyak 700 kasus kematian berkaitan dengan resistan antibiotik (US CDC,
2019). Penelitian di RSUP dr. Cipto Mangunkusumo, Jakarta menunjukkan
bahwa 5 neonatus (17,8%) terinfeksi bakteri A. baumannii dari 28 neonatus
dengan diagnosis sepsis yang dipastikan dengan hasil kultur darah (Tjoa et al.,
2013a). Penelitian di RSUD dr. Sutomo, Surabaya menunjukkan insiden infeksi
A. baumannii sebesar 10,7% pada 700 spesimen urine yang diperiksa selama
bulan September 2015 sampai dengan April 2016 (Kuntaman et al., 2018).
Penelitian yang dilakukan di RSUD dr. Saiful Anwar, Malang ditemukan bakteri
A. baumannii-calcoaceticus complex pada sampel darah, urine dan sputum
sekitar 6 - 21,3% dengan tingkat resistansi secara in vitro adalah XDR dan telah
resistan terhadap karbapenem (Santoso et al., 2016).
Prevalensi infeksi bakteri A. baumannii-calcoaceticus complex terus
meningkat, dan ditemukan juga resistan terhadap karbapenem (meropenem dan
imipenem) (Aliramezani et al., 2016). Bakteri A. baumannii-calcoaceticus
complex resistan karbapenem dapat disebabkan oleh faktor intrinsik yaitu
transfer horizontal dan vertikal seperti produksi β-laktamase, porin dan protein
membran luar, serta kemampuan memperoleh dan mempertahankan gen
2
resistan melalui elemen genetik seluler bakteri A. baumannii-calcoaceticus
complex (Maiden et al., 2014; Matuszewska et al., 2020). Selain itu, faktor
ekstrinsik yaitu penggunaan antibiotik karbapenem yang sering dan lama
sebagai antibiotik pilihan untuk terapi infeksi bakteri A. baumannii pada tiga
dekade terakhir ini (Papp-Wallace et al., 2011; Evans et al., 2013), sehingga
menyebabkan perawatan pasien yang lama di rumah sakit, pasien menjalani
tindakan medis yang bersifat invasif, dan bertambah biaya perawatan (Khan et
al., 2017). World Health Organization (WHO) telah menetapkan bakteri A.
baumannii-calcoaceticus complex resistan karbapenem sebagai prioritas
pertama (critical) untuk penelitian dan pengembangan antibiotik baru (Tacconelli
et al., 2018).
Resistansi antibiotik molekuler menunjukkan penyebaran gen resistan
yang berbeda di setiap tempat penelitian (Doi et al., 2016; El Bannah et al.,
2017). Penelitian yang dilakukan di Los Angeles, California, AS ditemukan
plasmid-mediated OXA-23 enzyme (57.1%), dan ISAba1 (76,2%) (El-Shazly et
al., 2015). Penelitian di Mesir ditemukan OXA-23, KPC, dan NDM (El Bannah et
al., 2017). Penelitian di Nepal ditemukan gen karbapenemase OXA-23, OXA-51,
OXA-58 dan NDM-1 (Shrestha et al., 2015). Penelitian di Asia Tenggara
ditemukan OXA-23 di Thailand, Singapura, Malaysia, dan Filipina, sedangkan di
Vietnam ditemukan OXA-23, OXA-51, dan NDM-1 (L.-Y. Hsu et al., 2017).
Penelitian yang dilakukan di RSUP dr. Cipto Mangunkusumo, Jakarta ditemukan
gen resistan yaitu OXA-23, OXA-24, OXA-51, OXA-58, dan NDM (Saharman et
al., 2018), dan di RSUD dr. Soetomo, Surabaya ditemukan gen resistan yaitu
NDM (Kuntaman et al., 2018). Penelitian tentang resistansi karbapenem
terhadap bakteri A. baumannii-calcoaceticus complex yang dilakukan di Malang
3
dan Manado masih secara fenotipik, sehingga perlu dilakukan penelitian tentang
produksi karbapenemase yang dikode oleh gen resistan karbapenem bakteri A.
baumannii-calcoaceticus complex untuk mengetahui mekanisme resistan
karbapenem di RSUD dr. Saiful Anwar, Malang, dan RSUP Prof. dr. R. D.
Kandou, Manado.
Penyebaran pola genetik bakteri A. baumannii-calcoaceticus complex
resistan karbapenem dipengaruhi juga oleh transfer gen sesama bakteri (Maiden
et al., 2014; Matuszewska et al., 2020), serta mobilitas manusia antar negara
(MacPherson et al., 2009) sehingga memberikan gambaran yang berbeda-beda
tentang sequence type (ST), clonal complex (CC), dan phylogenetic tree (PT) di
setiap rumah sakit berdasarkan lokasi geografis. Penelitian di AS dan Eropa
ditemukan CC1 dan CC2 yang terbanyak (El-Shazly et al., 2015). Penelitian di
Nepal ditemukan ST1, ST2, dan ST149, serta CC1, CC2, dan CC149 (Shrestha
et al., 2015). Penelitian di negara-negara Asia ditemukan CC92 yang dominan
(Song et al., 2012; Kim et al., 2013). Peneltian di RSUP dr. Cipto
Mangunkusumo, Jakarta ditemukan ST bakteri A. baumannii-calcoaceticus
complex, yaitu ST195, ST208, ST218, ST624, dan ST baru (Saharman et al.,
2018), dan di RSUD dr. Soetomo ditemukan ST bakteri A. baumannii, yaitu
ST1000, ST1089, dan ST baru yang belum teridentifikasi (Kuntaman et al.,
2018). Kota Malang, Jawa Timur dan kota Manado, Sulawesi Utara merupakan
kota pendidikan dan kota pariwisata baik wisatawan domestik maupun
internasional, sehingga perlu dilakukan penelitian tentang sequence type, clonal
complex dan phylogenetic tree serta gen resistan bakteri A. baumannii-
calcoaceticus complex resistan karbapenem di RSUD dr. Saiful Anwar, Malang,
dan RSUP Prof. dr. R. D. Kandou, Manado.
4
1.2 Rumusan Masalah
1.2.1 Rumusan Masalah Umum
Apakah terdapat perbedaan pola genetik bakteri A. baumannii-
calcoaceticus complex resistan karbapenem di RSUD dr. Saiful Anwar, Malang,
dan RSUP Prof. dr. R. D. Kandou, Manado?
1.2.2 Rumusan Masalah Khusus
1. Apakah terdapat perbedaan prevalensi bakteri A. baumannii-
calcoaceticus complex resistan karbapenem secara in vitro di RSUD dr.
Saiful Anwar, Malang, dan RSUP Prof. dr. R. D. Kandou, Manado?
2. Apakah terdapat perbedaan produksi karbapenemase pada bakteri A.
baumannii-calcoaceticus complex resistan karbapenem di RSUD dr.
3. Apakah terdapat perbedaan prevalensi gen resistan karbapenem dan
mekanisme molekuler resistansi dari gen resistan karbapenem yaitu
blaKPC, blaNDM, dan blaOXA-23 pada bakteri A. baumannii-
calcoaceticus complex resistan karbapenem di RSUD dr. Saiful Anwar,
Malang, dan RSUP Prof. dr. R. D. Kandou, Manado?
4. Apakah terdapat perbedaan pola MLVA bakteri A. baumannii-
5. Apakah terdapat perbedaan pola sequence type bakteri A. baumannii-
5
6. Apakah terdapat perbedaan pola clonal complex bakteri A. baumannii-
7. Apakah terdapat perbedaan gambaran phylogenetic tree bakteri A.
1.3 Tujuan Penelitian
1.3.1 Tujuan Penelitian Umum
Untuk menganalisis pola genetik bakteri A. baumannii-calcoaceticus
complex resistan karbapenem di RSUD dr. Saiful Anwar, Malang, dan RSUP
1.3.2 Tujuan Penelitian Khusus
1. Untuk menentukan prevalensi bakteri A. baumannii-calcoaceticus
complex resistan karbapenem secara fenotipik di RSUD dr. Saiful Anwar,
Malang, dan RSUP Prof. dr. R. D. Kandou, Manado.
2. Untuk menganalisis pola produksi karbapenemase pada bakteri A.
Saiful Anwar, Malang dan RSUP Prof. dr. R. D. Kandou, Manado.
3. Untuk menentukan prevalensi gen resistan antibiotik karbapenem dan
menganalisis mekanisme molekuler resistansi dari gen resistan
karbapenem yaitu blaKPC, blaNDM, blaOXA-23 bakteri A. baumannii-
6
4. Untuk menganalisis pola MLVA bakteri A. baumannii-calcoaceticus
complex resistan karbapenem di RSUD dr. Saiful Anwar, Malang dan
5. Untuk menganalisis pola sequence type bakteri A. baumannii-
6. Untuk menganalisis pola clonal complex bakteri A. baumannii-
7. Untuk menganalisis phylogenetic tree bakteri A. baumannii-calcoaceticus
1.4 Manfaat Penelitian
1.4.1 Teoritis
1. Memberikan data ilmiah tentang prevalensi resistansi antibiotik secara
fenotipik bakteri A. baumannii-calcoaceticus complex resistan
karbapenem di RSUD dr. Saiful Anwar, Malang dan RSUP Prof. dr. R. D.
Kandou, Manado.
2. Mendapatkan data ilmiah tentang produksi karbapenemase, gen resistan
karbapenem, dan mekanisme resistansi antibiotik secara molekuler
bakteri A. baumannii-calcoaceticus complex resistan karbapenem di
RSUD dr. Saiful Anwar, Malang dan RSUP Prof. dr. R. D. Kandou,
Manado.
7
3. Mendapatkan data ilmiah tentang sequence type, clonal complex dan
phylogenetic tree bakteri A. baumannii-calcoaceticus complex resistan
Kandou, Manado.
1.4.2 Praktis
1. Memberikan informasi kepada klinisi mengenai tingkat resistansi antibiotik
secara in vitro bakteri A. baumannii-calcoaceticus complex resistan
Kandou, Manado.
2. Memberikan informasi kepada klinisi mengenai produksi karbapenemase
dan gen resistan karbapenem bakteri A. baumannii-calcoaceticus
3. Memberikan informasi kepada klinisi tentang MLVA, sequence type dan
clonal complex, sumber penyebaran dan evolusi bakteri bakteri A.
8
BAB 3
KERANGKA KONSEP DAN HIPOTESIS PENELITIAN
1.1 Kerangka Konsep Penelitian

OM IM Sitoplasma
Terapi karbapenem
irasional dan lama
Penurunan
ekspresi: Mutasi pada
OMP-AB gen OMP
Karbapenem
CarO
OprD
33-36 kDa Karbapenemase:
Kelas A: KPC, GES
Kelas B: NDM,
Hidrolisis IMP, VIM, SIM
Karbapenem Kelas D: OXA-23,
OXA-24, OXA-51,
OXA-58
Pompa - RND: AdeABC,

efluks: AdeFGH, AdeIJK
RND Over-ekspresi - SMR: AbeS
RND
SMR - MFS: TetA, TetB,
MFS CmlA
MATE - MATE: AbeM
Mobilitas
manusia
Transfer horizontal: konjugal;

Bakteri A. transduksi (integron,
baumannii- transposon dan R-plasmid)
calcoaceticus
complex resistan Transfer Ventrikal: ancestors
karbapenem kepada decendents
Bakteri A. baumannii- AST;

calcoaceticus complex Produksi Karbapenemase;
resistan karbapenem Gen Karbapenemase: blaKPC,
yang baru blaNDM, blaOXA-23
Clonality dan evolution

Evolusi genom bakteri A.
relationship bakteri A.
baumannii-calcoaceticus complex
baumannii-calcoaceticus
resistan karbapenem
complex resistan
karbapenem
Gambar 3.1 Kerangka Konsep Penelitian

Keterangan: : Menginduksi
: Menghambat
Warna biru : variable penelitian
OM : Outer Membrane
IM : Inner Membrane
9
Bakteri A. baumannii-calcoaceticus complex adalah bakteri Gram negatif,
berbentuk batang pendek dan bulat (kokobasil), berpasangan atau berkelompok,
aerobik, nonfermenter glukosa, katalase positif, oksidase negatif (Antunes et al.,
2014; Zarrilli et al., 2013). Bakteri A. baumannii-calcoaceticus complex sering
ditemukan di lingkungan rumah sakit, peralatan medis seperti ventilator, pompa
infus, tenaga kesehatan, makanan rumah sakit, dan tempat tidur pasien
(Manchanda et al., 2010). Infeksi bakteri A. baumannii-calcoaceticus complex
menyebabkan infeksi saluran kemih, bakteremia, meningitis sekunder, infeksi
luka operasi, pneumonia terkait ventilator terutama pada pasien yang dirawat di
ICU (Antunes et al., 2014; Mohammed et al., 2014), infeksi pada mata, infeksi
kulit, dan septikemia (Peleg et al., 2008; Antunes et al., 2014). Infeksi yang
disebabkan bakteri A. baumannii-calcoaceticus complex dapat juga
mengakibatkan terjadi resistansi antibiotik yang dipengaruhi oleh waktu
perawatan pasien yang lama, pasien dirawat di ICU, menggunakan peralatan
medis yang bersifat invasif, seperti ventilator, infus, pasien pasca operasi,
penggunaan antibiotik yang lama, dan penyakit penyerta yang berat (Falagas &
Kopterides, 2006; Manchanda et al., 2010).
Penggunaan antibiotik karbapenem yang umum dan menjadi antibiotik
pilihan untuk terapi infeksi bakteri A. baumannii pada tiga dekade terakhir ini oleh
tenaga kesehatan pada pasien yang menggunakan peralatan yang invasif atau
pasien yang dirawat di ICU untuk terapi infeksi bakteri A. baumannii secara luas
di beberapa tempat menyebabkan bakteri A. baumannii-calcoaceticus complex
resistan terhadap antibiotik karbapenem (Poirel & Nordmann, 2006; Papp-
Wallace et al., 2011; Evans et al., 2012; Hsu et al., 2017). Bakteri A. baumannii-
calcoaceticus complex memiliki kemampuan menyebabkan resistan antibiotik,
10
termasuk menyebabkan resistan terhadap karbapenem dengan cara transfer gen
resistan secara transfer horizontal dan transfer vertikal (Maiden et al., 2014;
Matuszewska et al., 2020). Faktor penting yang mengakibatkan resistansi
antibiotik pada Acinetobacter spp. adalah genetik seluler elemen genetik seluler
[Mobile Genetic Element (MGE)], yaitu: Plasmid R, transposon (TE), integron
(Int), dan genomic islands (GEIs). Integron adalah untaian sekuens gen DNA
konservasi yang mampu memperoleh dan membawa gen resistansi antibiotik
(Deng et al., 2015; Deylam Salehi et al., 2017). Bakteri A. baumannii-
calcoaceticus complex resistan karbapenem dipengaruhi oleh iklim, lingkungan,
peralatan, sterilisasi, penyakit, dan penanganan yang irasional dan lama di
berbagai daerah menyebabkan perbedaan gambaran klinis, resistan antibiotik,
dan prognosis infeksi bakteri A. baumannii-calcoaceticus complex (Doi et al.,
2015; El Bannah et al., 2017).
Mekanisme resistansi karbapenem pada bakteri A. baumannii-
calcoaceticus complex dapat terjadi melalui, yaitu (1) enzim menghidrolisis
antimikroba, (2) berkurangnya OMP (outer membrane protein), dan (3) terlalu
banyak ekspresi pompa efluks (Hsu et al., 2017). Karbapenemase menghidrolisis
antibiotik karbapenem, yang terdiri dari tiga kelas yaitu kelas A, kelas B (metallo-
β-lactamase), dan kelas D (oxacillinases) (Poirel & Nordmann, 2006).
Karbapenemase kelas A yang telah diketahui sepuluh gen blaKPC yang terdapat
pada bakteri A. baumannii-calcoaceticus complex, sedangkan blaKPC-2,
blaKPC-3, blaKPC-4, dan blaKPC-10 ditemukan pada bakteri A. baumannii yang
dilakukan penelitian di Puerto Rico (Robledo et al., 2010). Selain itu, enzim
blaGES yang menghidrolisis karbapenem dinamakan blaGES-14 yang
ditemukan di Paris, Perancis. Gen blaGES-14 terdapat pada integrin kelas 1 di
11
plasmid, dan perbedaan blaGES-14 dari blaGES-1 karena adanya substitusi dua
asam amino yang menyebabkan resistan terhadap β-laktam, yaitu sefalosporin,
aztreonam, dan karbapenem (Bonnin et al., 2011). Karbapenemase kelas B yaitu
metallo-β-lactamase (MBL) merupakan karbapenemase yang sangat kuat.
Empat kelompok MBL yang terdapat pada bakteri A. baumannii, yaitu enzim
blaIMP, blaVIM, blaSIM-1 dan blaNDM (Poirel et al., 2011). Identifikasi secara
genetika dari gen yang mengkode MBL pada bakteri A. baumannii yaitu gen
blaIMP, blaVIM, dan blaSIM yang terdapat pada struktur integron kelas 1 melalui
penyatuan gen “cassette”. MBL terbaru diidentifikasi pada bakteri A. baumannii
adalah enzim blaNDM. Gen blaNDM dilaporkan sebagian besar terdapat pada
Enterobacteriaceae sp., tetapi ada laporan blaNDM-1 pada bakteri A. baumannii
ditemukan di India dan Jerman (Göttig et al., 2010; Karthikeyan et al., 2010). Gen
blaNDM-2 yang mengkode enzim NDM-2 yang telah diidentifikasi pada bakteri A.
baumannii di Mesir dan dikaitkan dengan ISAba125, yang terlibat dalam ekspresi
gen NDM-2. Secara keseluruhan, MBL yang terdapat pada bakteri A. baumannii-
calcoaceticus complex menyebabkan resistan karbapenem dan juga resistan
terhadap β-laktam yang lain kecuali aztreonam (Kaase et al., 2011; Poirel et al.,
2011). Carbapenem-hydrolyzing class D β-lactamases (CHDL) sering
menyebabkan resistan bakteri A. baumannii-calcoaceticus complex terhadap
karbapenem. Bakteri A. baumannii-calcoaceticus complex memiliki kromosom
oxacillinase, yaitu blaOXA-51 dan variannya yang biasanya menunjukkan
ekspresi rendah, tetapi berpotensi menyebabkan resistan karbapenem apabila
diregulasi melalui penyisipan ISAba1 atau ISAba9 (Turton et al., 2006). CHDL
pertama yang diidentifikasi adalah blaOXA-23 (ARI-1) bersama dengan blaOXA-
27. Enzim blaOXA-23 merupakan CHDL yang paling luas yang terdapat pada
12
bakteri A. baumannii-calcoaceticus complex dan telah diidentifikasi di seluruh
dunia. Gen blaOXA-23 telah diidentifikasi sebagai bagian dari struktur
transposon, yaitu Tn2006, Tn2007, dan Tn2008 (Mugnier et al., 2010). Kelompok
kedua CHDL diidentifikasi pada kromosom atau plasmid pada bakteri A.
baumannii terdiri dari blaOXA-40 (blaOXA-24), blaOXA-25, dan blaOXA-26. Gen
blaOXA-40 juga telah dilaporkan terdapat di seluruh dunia, namun ditemukan
secara khusus di Amerika Serikat, Spanyol, dan Portugal. Kelompok ketiga
CHDL terdiri dari blaOXA-58 dan blaOXA-97. Survei epidemiologi telah
mengidentifikasi gen oxa-58 pada bakteri A. baumannii tersebar di seluruh dunia.
Gen blaOXA-58 telah diidentifikasi yang dikode plasmid dan terkait dengan IS
tertentu (tapi bukan bagian dari transposon) yang meningkatkan ekspresi gen
yang mengkodekan enzim tersebut (Poirel et al., 2011).
Mekanisme resistansi bakteri A. baumannii-calcoaceticus complex
terhadap karbapenem dapat terjadi karena jumlah protein membran luar yang
berkurang pada bakteri A. baumannii-calcoaceticus complex sehingga
menyebabkan bakteri kurang permeabel terhadap antibiotik (Tang et al., 2014;
Hsu et al., 2017). Tiga OMP yang dikaitkan dengan terjadinya resistansi
karbapenem, yaitu protein 29 kDa (CarO), protein 33-36 kDa, dan protein 43 kDa
yang homolog dengan OprD pada P. aeruginosa (Poirel et al., 2011). Mekanisme
resistansi karbapenem yang lain pada bakteri A. baumannii dapat terjadi melalui
pompa efluks famili RND, yaitu AdeABC, AdeFGH, dan AdeIJK. Ekspresi pompa
efluks dapat bersinergi dengan aktivitas enzim karbapenemase untuk
menyebabkan resistansi antibiotik karbapenem, tetapi peran pompa efluks lebih
sulit diukur (Yoon et al., 2015).
13
Penelitian tentang resistansi karbapenem yang terjadi pada bakteri A.
baumannii di Mesir ditemukan gen karbapenemase, yaitu blaOXA-23, blaKPC,
blaNDM (El Bannah et al., 2017). Penelitian tentang gen resistansi bakteri A.
baumannii terhadap karbapenem secara molekuler di Asia Tenggara, yaitu di
Thailand, Singapura, Malaysia, dan Filipina ditemukan blaOXA-23, sedangkan di
Vietnam ditemukan blaOXA-23, blaOXA-51, dan blaNDM-1 (L.-Y. Hsu et al.,
2017). Penelitian yang dilakukan bakteri A. baumannii-calcoaceticus complex
resistan karbapenem di RS Cipto Mangunkusumo, Jakarta ditemukan sequence
type, yaitu ST195, ST208, ST218, ST624, dan ST baru, serta gen resistansi
karbapenem yaitu blaOXA-23, blaOXA-24, blaOXA-51, blaOXA-58, dan blaNDM
(Saharman et al., 2018).
Gambaran clonality (ST & CC) dan evolution relationship (PT) bakteri A.
baumannii-calcoaceticus complex resistan karbapenem dipengaruhi oleh transfer
horizontal (konjugasi, transduksi dan transformasi) dan transfer vertikal
(ancestors to decendents) sesama bakteri (Maiden et al., 2014; Matuszewska et
al., 2020). Transfer DNA dapat terjadi melalui fragmen multigen besar, gen atau
elemen genetik yang berbeda, atau fragmen gen yang menyatu dalam
kromosom dengan cara rekombinasi homolog dan menghasilkan gen mosaik
yang akan menyebabkan evolusi yang berbeda. Selain itu, penyebaran strain
bakteri A. baumannii-calcoaceticus complex resistan karbapenem juga
dipengaruhi mobilitas manusia antar negara, yaitu imigran, turis atau traveler,
sehingga perlu dilakukan karakterisasi gen primer housekeeping bakteri A.
baumannii-calcoaceticus complex untuk mengetahui sequence type dan clonal
complex di setiap daerah (MacPherson et al., 2009). Sequence type bakteri A.
baumannii-calcoaceticus complex resistan antibiotik karbapenem adalah suatu
14
gambaran yang menunjukkan strain secara genetik bakteri A. baumannii-
calcoaceticus complex resistan antibiotik karbapenem melalui sekuens tujuh gen
primer “housekeeping” yang terdapat pada Pasteur MLST menggunakan analisis
Multilocus sequence type (MLST). Sequence type bakteri A. baumannii-
calcoaceticus complex resistan antibiotik karbapenem menunjukkan data yang
berbeda-beda pada setiap rumah sakit menurut lokasi geografis (El-Shazly et al.,
2015). Multilocus sequence type menganalisis fragmen internal dari tujuh gen
“housekeeping”, yaitu cpn60 (60-kDa chaperonin), fusA (elongation factor EF-G),
gltA (citrate synthase), pyrG (CTP synthase), recA (homologous recombination
factor), rplB (50S ribosomal protein L2), and rpoB (RNA polymerase subunit B)
(El-Shazly et al., 2015). Tujuh gen “housekeeping” ini mewakili tujuh lokus
berbeda yang terdapat pada kromosom bakteri A. baumannii (Diancourt et al.,
2010).
Clonal complex adalah strain/klon bakteri yang dikelompokkan menjadi
satu kelompok karena memiliki hubungan erat berdasarkan sequencing type dari
bakteri (Feil et al., 2004). Sequence type bakteri A. baumannii-calcoaceticus
complex yang diperoleh, selanjutnya dianalisis menggunakan MLST dengan
membandingkan data sequence type yang ada di Pasteur MLST, dan clonal
complex dari bakteri A. baumannii-calcoaceticus complex menggunakan
algoritma eBURST dari sequence type bakteri A. baumannii-calcoaceticus
complex (Zarrilli et al., 2013). Algoritma eBURST untuk menampilkan hubungan
antara spesies bakteri atau populasi yang terkait erat. Algoritma eBURST
mengidentifikasi genotip leluhur atau pendiri (ancestral or founding) masing-
masing kelompok, kemudian memprediksi genotip turunan dari genotip leluhur
pada genotip yang lain dalam kelompok tersebut, dengan menampilkan hasil
15
sebagai diagram radial (http://eburst.mlst.net). Selanjutnya sequence type
dianalisis dengan metode DMM (Distance Matrix Method) dengan program
MEGA (Molecular Evolutionary Genetic Analysis) untuk rekontruksi phylogenetic
tree bakteri A. baumannii-calcoaceticus complex resistan karbapenem.
Penelitian yang dilakukan El-Shazly di Los Angeles, California, AS
menemukan clonal complex bakteri A. baumannii-calcoaceticus complex memiliki
ST1 yang dikelompokkan ke CC1 dan 16 isolat (76,2%) memiliki ST2
dikelompokkan ke CC2 (El-Shazly et al., 2015). Penelitian yang dilakukan oleh
Shrestha di Nepal menemukan CC1 dan CC2, serta ST yang baru yaitu ST149
kemudian dikelompokkan pada CC149, sedangkan di Eropa biasanya MDR A.
baumannii masuk ke dalam CC1 dan CC2 (Shrestha et al., 2015). Penelitian
tentang clonal complex bakteri A. baumannii-calcoaceticus complex yang
dilakukan di Asia, yaitu di Hongkong, Taiwan, Korea Selatan dan Filipina
ditemukan CC92, di India dan Singapura ditemukan CC92 dan CC108, di
Thailand ditemukan CC92, CC119, dan CC254, di Malaysia ditemukan CC92,
CC108, dan CC254 (Kim et al., 2013).
Mobilitas manusia antar negara dan terjadinya transfer horizontal dan
vertikal sesama bakteri A. baumannii-calcoaceticus complex dapat
mempengaruhi gambaran gen pengkode resistan, clonality dan evolution
relationship bakteri A. baumannii-calcoaceticus complex resistan karbapenem,
sehingga menyebabkan gambaran yang berbeda-beda di setiap rumah sakit
menurut lokasi geografis (MacPherson et al., 2009; Maiden et al., 2014;
Matuszewska et al., 2020). Turis dan pelajar dari berbagai negara-negara Asia
tenggara yang berkunjung dan belajar di Malang, sedangkan di Manado
didominasi turis yang berasal dari Cina, Taiwan, Amerika dan Eropa, sehingga
16
dapat mempengaruhi perbedaan gambaran MLVA, sequence type dan clonal
complex, serta gen resistan bakteri A. baumannii resistan karbapenem antara
Malang dan Manado.
1.2 Hipotesis Penelitian
Terdapat perbedaan pola genetik bakteri A. baumannii-calcoaceticus
complex resistan karbapenem di RSUD dr. Saiful Anwar, Malang, Jawa Timur
dengan RSUP Prof. dr. R. D. Kandou, Manado, Sulawesi Utara.
1.2.1 Sub Hipotesis Penelitian
1. Terdapat perbedaan pola resistansi dan prevalensi bakteri A. baumannii-
calcoaceticus complex resistan karbapenem secara fenotipik di RSUD dr.
Saiful Anwar, Malang dengan di RSUP Prof. dr. R. D. Kandou, Manado.
2. Terdapat perbedaan produksi karbapenemase pada bakteri A. baumannii-
3. Terdapat perbedaan pola gen resistan antibiotik karbapenem mekanisme
molekuler resistansi dari gen resistan karbapenem yaitu blaKPC, blaNDM,
dan blaOXA-23 pada bakteri A. baumannii-calcoaceticus complex resistan
karbapenem di RSUD dr. Saiful Anwar, Malang, dan RSUP Prof. dr. R. D.
Kandou, Manado?
4. Terdapat perbedaan gambaran MLVA bakteri A. baumannii-calcoaceticus
complex resistan karbapenem di RSUD dr. Saiful Anwar, Malang dengan di
17
5. Terdapat perbedaan pola sequence type bakteri A. baumannii-
Malang dengan di RSUP Prof. dr. R. D. Kandou, Manado.
6. Terdapat perbedaan pola clonal complex bakteri A. baumannii-
Malang dengan di RSUP Prof. dr. R. D. Kandou, Manado.
7. Terdapat perbedaan clade bakteri A. baumannii-calcoaceticus complex
resistan karbapenem di RSUD dr. Saiful Anwar, Malang dengan di RSUP
18
BAB 4
METODE PENELITIAN
4.1 Rancangan Penelitian
Penelitian ini merupakan penelitian cross-sectional menggunakan metode
penelitian observasional laboratorium yang dibagi menjadi tiga tahap penelitian.
Tahap pertama untuk mengidentifikasi fenotipik bakteri A. baumannii-
calcoaceticus complex resistan karbapenem. Tahap kedua untuk mengetahui
produksi karbapenemase bakteri A. baumannii-calcoaceticus complex resistan
karbapenem dan menganalisis genotipik dengan mengidentifikasi gen pengkode
resistan karbapenem meliputi gen blaKPC, blaNDM, dan blaOXA-23. Tahap tiga
untuk menganalisis clonality menggunakan metode MLVA, sequence type dan
clonal complex serta phylogenetic tree bakteri A. baumannii-calcoaceticus
complex resistan karbapenem.
4.2 Tempat Penelitian
4.2.1 Penelitian dilakukan di Laboratorium Mikrobiologi Fakultas Kedokteran
Universitas Brawijaya/RSUD dr. Saiful Anwar, Malang, Jawa Timur.
4.2.2 Penelitian dilakukan di Laboratorium Mikrobiologi Fakultas Kedokteran
Universitas Sam Ratulangi/RSUP Prof. dr. R. D. Kandou, Manado,
Sulawesi Utara.
4.2.3 Penelitian dilakukan di Laboratorium Biokimia FKUB, Malang.
4.2.4 Penelitian dilakukan di Laboratorium Eijkman, Jakarta.
19
4.3 Jadwal Penelitian
Penelitian ini dilaksanakan pada bulan Maret 2019 sampai dengan
Desember 2021.
4.4 Alat dan Bahan
4.4.1 Alat yang digunakan untuk identifikasi bakteri A. baumannii-calcoaceticus
complex resistan karbapenem dan identifikasi produksi karbapenemase
adalah cawan petri, sengkelit 10 uL, gelas objek, eppendorf, inkubator,
dan alat vitek.
Alat untuk deteksi gen pengkode resistan karbapenem, dan uji MLVA,
yaitu alat PCR, sentrifus, pipet titer mikro, pipet titer makro, eppendorf,
alat elektroforesis horizontal dan alat Geldoc.
Alat untuk uji sequence type dan clonal complex bakteri A. baumannii-
calcoaceticus complex yaitu PCR, sentrifus, pipet titer mikro, pipet titer
makro, eppendorf, alat elektroforesis horizontal alat Geldoc, dan alat
sequencer.
4.4.2 Bahan yang diperlukan untuk identifikasi bakteri adalah media Mac
Conkey dan menggunakan alat Vitek dengan antibiotik, yaitu ampicillin,
ampicillin/sulbactam, piperacillin/tazobactam, cefazolin, ceftazidime,
ceftriaxone, cefepime, aztreonam, ertapenem, meropenem, amikasin,
gentamicin, ciprofloxacin, tigecycline, nitrofurantoin,
trimethoprim/sulfamethoxazole (Magiorakos et al., 2012; Clinical and
Laboratory Standards Institute, 2019). Media Muller-Hinton (biphasic
media) untuk uji sensitivitas bakteri A. baumannii-calcoaceticus complex
20
dengan metode Kirby-Bauer menggunakan antibiotik, yaitu antibiotik
imipenem.
Bahan untuk pewarnaan Gram, yaitu larutan gentian violet, larutan lugol,
larutan alkohol 96%, dan larutan safranin.
Bahan yang diperlukan pada uji MLVA (Multiple locus variable number
tandem repeat analysis) untuk menentukan hubungan epidemiologis
antara isolat A. baumannii-calcoaceticus complex resistan karbapenem
berdasarkan Pourcel et al., dan Primer (marker) nomor variabel tandem
yang diulang [variable number tandem repeat (VNTR)] yang digunakan
adalah L-repeats VNTR terdiri dari Abaum-3406, Abaum-3530, Abaum-
3002, Abaum-2240, dan S-repeats VNTR terdiri dari Abaum-0826,
Abaum-2396, Abaum-3468 dan Abaum-0845.
Bahan yang diperlukan untuk mengetahui gen pengkode resistan
antibiotik karbapenem secara molekuler adalah gen primer resistensi
molekuler antibiotik terdiri dari blaKPC (K. pneumonia carbapenemase):
Forward 5’-CGTCTAGTTCTGCTGTCTTG-3’; Reverse 5’-
CTTGTCATCCTTGTTAGGCG-3’; blaNDM (New-Delhi metallo-b-
lactamase): Forward 5’-GGTTTGGCGATCTGGTTTTC-3’; Reverse 5’-
CGGAATGGCTCATCACGATC-3’, blaOXA-23: Forward 5’-
GATCGGATTGGAGAACCAGA-3’; Reverse 5’-
ATTCTGACCGCATTTCCAT-3’.
Untuk mengetahui sequence type menggunakan tujuh gen primer, yaitu
cpn60 (60-kDa chaperonin), fusA (elongation factor EF-G), gltA (citrate
synthase), pyrG (CTP synthase), recA (homologous recombination
factor), rplB (50S ribosomal protein L2), and rpoB (RNA polymerase
21
subunit B) (El-Shazly et al., 2015), yang akan dibandingkan dengan data
ST bakteri A. baumannii-calcoaceticus complex di PasteurMLST. Untuk
menentukan clonal complex bakteri A. baumannii-calcoaceticus complex
resistan karbapenem menggunakan algoritma eBURST
(http://eburst.mlst.net).
4.5 Jumlah Sampel
Jumlah sampel bakteri A. baumannii-calcoaceticus complex yang
diperoleh sesuai dengan waktu isolasi dan identifikasi bakteri dari bulan
Maret 2019 sampai dengan Agustus 2019 di RSUD dr. Saiful Anwar,
Malang dan di RSUP Prof. dr. R. D. Kandou, Manado dari bulan Juni
2019 sampai dengan November 2019 (Wang et al., 2017b).
Isolat bakteri A. baumannii-calcoaceticus complex yang dikoleksi sebagai
stok bakteri A. baumannii-calcoaceticus complex yang diperiksa di
Laboratorium Mikrobiologi yang berasal dari sampel urine, sputum, pus
dan darah dari pasien yang dirawat inap di RSUD dr. Saiful Anwar,
Isolasi dan identifikasi sampel dilakukan sesuai prosedur standar
operasional [Standard Operating Procedure (SOP)] di Laboratorium
Mikrobiologi RSUD dr. Saiful Anwar, Malang dan RSUP Prof. dr. R. D.
Kandou, Manado.
22
4.6 Kriteria Inklusi dan Eksklusi
4.6.1 Kriteria Inklusi
1. Isolat bakteri A. baumannii-calcoaceticus complex sebagai stok di
Laboratorium Mikrobiologi yang berasal dari sampel urine, sputum,
pus dan darah dari pasien rawat inap di RSUD dr. Saiful Anwar,
2. Bakteri A. baumannii-calcoaceticus complex sebagai penyebab
tunggal pada setiap sampel pertama yang diperiksa.
3. Hasil uji sensitivitas bakteri A. baumannii-calcoaceticus complex
menunjukkan resistan terhadap antibiotik meropenem dan imipenem.
4.6.2 Kriteria Eksklusi
1. Data identitas spesimen yang dikirim ke laboratorium mikrobiologi
tidak lengkap.
2. Tidak ada pertumbuhan bakteri A. baumannii-calcoaceticus complex
pada media isolasi.
3. Bakteri A. baumannii-calcoaceticus complex pada identifikasi kedua
yang berasal dari pasien yang sama.
4.7 Definisi Operasional:
4.7.1 Isolat bakteri A. baumannii-calcoaceticus complex adalah isolat bakteri A.
baumannii dan A. calcoaceticus yang diidentifikasi secara fenotipik
menggunakan Vitek2 system dengan interpretasi menggunakan CLSI
tahun 2020 (Clinical and Laboratory Standards Institute, 2019). Bakteri A.
baumannii-calcoaceticus complex terdiri dari empat Acinetobacter spp.,

23
yaitu Acinetobacter baumannii, Acinetobacter genomic species 3,
Acinetobacter genomic species 13TU dan Acinetobacter calcoaceticus
yang sulit dibedakan secara fenotipik sehingga harus dilakukan
identifikasi gen gyrB, blaOXA-51, dan 16S rRNA sebagai konfirmasi
bakteri Acinetobacter baumannii (O’Shea, 2012; Shrestha et al., 2015).
Hasil dari alat Vitek2 system menyebutkan bakteri A. baumannii, tetapi
karena bakteri A. baumannii sulit dibedakan secara fenotipik dengan
bakteri A. calcoaceticus, maka peneliti selanjutnya menyebutkan sebagai
bakteri A. baumannii-calcoaceticus complex.
4.7.2 Isolat bakteri A. baumannii-calcoaceticus complex yang digunakan dalam
penelitian ini merupakan isolat pertama yang berasal dari spesimen
darah, urine, pus atau sputum dari pasien yang dirawat inap di RSUD dr.
4.7.3 Bakteri A. baumannii-calcoaceticus complex resistan karbapenem adalah
bakteri A. baumannii-calcoaceticus kompleks yang resistan terhadap
antibiotik imipenem dan meropenem (Aliramezani et al., 2016), dan
menunjukkan hasil uji konfirmasi positif memproduksi karbapenemase
menggunakan metode modified Carbapenem Inactivation Method (mCIM)
dan EDTA-Carbapenem Inactivation Method (eCIM) (Clinical and
Laboratory Standards Institute, 2019).
4.7.4 Resistansi antibiotik karbapenem secara molekuler adalah suatu
gambaran penyebaran genetik yang menyebabkan resistansi antibiotik
karbapenem secara molekuler dari bakteri A. baumannii-calcoaceticus
complex (El-Shazly et al., 2015). Gen pengkode resistan antibiotik
karbapenem yang dinilai yaitu blaKPC (K. pneumonia carbapenemase),
24
blaNDM (New-Delhi metallo-b-lactamase), blaOXA-23. Identifikasi gen
resistan bakteri A. baumannii-calcoaceticus complex menggunakan PCR
(El-Shazly et al., 2015; Shrestha et al., 2015).
4.7.5 Uji Produksi Karbapenemase adalah uji produksi karbapenemase yang
dimodifikasi untuk menilai adanya produksi karbapenemase pada bakteri
A. baumannii-calcoaceticus complex resistan karbapenem sesuai dengan
rekomendasi Clinical and laboratory Standards Institute (Clinical and
Laboratory Standards Institute, 2019). Uji produksi karbapenemase terdiri
dari modified Carbapenem Inactivation Method (mCIM) dan EDTA-
Carbapenem Inactivation Method (eCIM). Uji mCIM yang menunjukkan
hasil positif produksi karbapenemase apabila diameter zona 6 – 15 mm
atau adanya pertumbuhan koloni pinpoint pada zona 16 – 18 mm,
dilanjutkan dengan uji eCIM untuk mengetahui adanya produksi metallo-
β-lactamase atau produksi serine carbapenemase (Clinical and
4.7.6 Pola Genetik adalah gambaran hasil MLVA type (MT), ST, CC, dan
phylogenetic tree dari isolat bakteri A. baumannii-calcoaceticus complex
resistan karbapenem yang diperoleh menggunakan uji MLVA, MLST,
eBURST, MEGA X (Pourcel et al., 2011; El-Shazly et al., 2015; El
Bannah et al., 2017).
4.7.7 MLVA (Multiple locus variable number tandem repeat analysis) adalah tes
yang digunakan untuk menentukan hubungan epidemiologis antara isolat
A. baumannii-calcoaceticus complex resistan karbapenem berdasarkan
Pourcel et al., dan marker nomor variabel tandem yang diulang [variable
number tandem repeat (VNTR)] yang digunakan adalah L-repeats VNTR
25
terdiri dari Abaum-3406, Abaum-3530, Abaum-3002, Abaum-2240, dan
S- repeats VNTR terdiri dari Abaum-0826, Abaum-2396, Abaum-3468
dan Abaum-0845. Untuk menentukan MLVA bakteri A. baumannii-
calcoaceticus complex menggunakan PCR untuk setiap lokus VNTR, dan
penentuan indeks polimorfisme dari lokus tunggal atau gabungan VNTR
dan interval kepercayaan (CI) dihitung berdasarkan indeks
keanekaragaman Hunter-Gaston [Hunter-Gaston diversity index (HGDI)]
menggunakan perangkat bioinformatik hpa. Panjang pengulangan, jumlah
pengulangan dan ukuran yang disimpulkan dari flanking regions. Jumlah
pengulangan alel VNTR diperoleh dengan cara ukuran amplikon dari
isolat dikurangi dengan ukuran region yang mengapit, kemudian dibagi
dengan Panjang unit berulang. Sebutan "gagal (failed)" adalah tidak ada
amplifikasi atau pola amplikon ambigu yang diamati berulang kali pada
lokus tertentu, dan alel tersebut ditunjukkan dengan simbol "-" (Pourcel et
al., 2011). Hasil analisis MLVA dinyatakan dalam Tipe MLVA (MT).
4.7.8 Sequence type adalah suatu metode sekuens menggunakan PCR untuk
mengetahui jenis sekuens bakteri A. baumannii-calcoaceticus complex
berdasarkan tujuh gen primer “housekeeping” yang terdapat di Pasteur
MLST. Pasteur MLST adalah suatu metode standar baku dengan menilai
polimorfisme multi lokus dari sekuens gen bakteri A. baumannii-
calcoaceticus complex berdasarkan tujuh gen primer (Zarrilli et al., 2013;
El-Shazly et al., 2015). Gen primer terdiri dari cpn60 (60-kDa chaperonin),
fusA (elongation factor EF-G), gltA (citrate synthase), pyrG (CTP
synthase), recA (homologous recombination factor), rplB (50S ribosomal
protein L2), and rpoB (RNA polymerase subunit B) (El-Shazly et al.,
26
2015), kemudian dibandingkan dengan data ST bakteri A. baumannii di
Pasteur MLST (pubmlst.org/abaumannii;
http://www.pasteur.fr/recherche/genopole/PF8/mlst/references_Abauman
nii.html). Penentuan sequence type bakteri A. baumannii-calcoaceticus
complex resistan karbapenem menggunakan MLST (Kuntaman et al.,
2018; Saharman et al., 2018).
4.7.9 Clonal complex adalah kelompok strain/klon bakteri A. baumannii-
calcoaceticus complex berdasarkan hasil sequence type yang
dibandingkan dengan sequence type bakteri A. baumannii-calcoaceticus
complex yang ada di Pasteur MLST, untuk mengetahui primary founder,
subgroup founder dan desent dalam clonal complex menggunakan aturan
yang ketat, yaitu memiliki alel yang sama ≥ 6 pada 7 lokus. Algoritma
eBURST adalah suatu metode untuk menilai hubungan antara isolat
spesies bakteri atau populasi yang terkait erat melalui identifikasi
genotipe leluhur atau pendiri (ancestral or founding) masing-masing
kelompok, kemudian memprediksi genotip turunan dari genotip leluhur
pada genotip yang lain dalam kelompok tersebut, dengan menampilkan
hasil sebagai diagram radial. Penentuan clonal complex menggunakan
algoritma eBURST (http://eburst.mlst.net).
4.7.10 Phylogenetic tree adalah pohon evolusi bakteri A. baumannii-
calcoaceticus complex resistan karbapenem yang mengandung simpul
(nodes) untuk menjelaskan hubungan antara leluhur dan keturunan.
Analisis phylogenetic tree Bakteri A. baumannii-calcoaceticus complex
resistan karbapenem menggunakan MEGA X dengan metode neighbor-
joining (Diancourt et al., 2010; El Bannah et al., 2017).

27
1.8 Tahap I: Penelitian untuk Mengetahui Resistan Antibiotik
secara Fenotipik Bakteri A. baumannii-calcoaceticus complex
1.8.1 Isolasi dan Identifikasi Bakteri A. baumannii-calcoaceticus complex
Isolasi bakteri A. baumannii-calcoaceticus complex dari pasien
rawat inap yang sesuai dengan kriteria sampel dari pasien rawat inap di
RSUD dr. Saiful Anwar, Malang dan RSUP Prof. dr. R. D. Kandou,
Manado. Kemudian bakteri dikultur pada media MacConkey selama 24
jam. Selanjutnya, bakteri dilakukan pemeriksaan mikroskopis dengan
pewarnaan Gram, dan identifikasi bakteri A. baumannii-calcoaceticus
complex dilakukan dengan alat Vitek2 system (Kuntaman et al., 2018;
Saharman et al., 2018).
1.8.2 Uji Sensitivitas Antibiotik
4.8.2.1 Uji Sensitivitas Antibiotik Menggunakan Vitek2 System
Uji sensitivitas antibiotik terhadap bakteri A. baumannii-
calcoaceticus complex menggunakan metode mikrodilution (Vitek2
system) (Vitek AMS; BioMerieux Vitek Systems Inc., USA). Antibiotik
yang digunakan pada uji sensitivitas, yaitu ampicillin/sulbactam,
piperacillin/tazobactam, cefazolin, ceftazidime, ceftriaxone, cefepime,
meropenem, imipenem, amikasin, gentamicin, ciprofloxacin, tigecycline,
trimethoprim/sulfamethoxazole. Hasil uji sensitivitas dianalisis dan
diinterpretasi berdasarkan Pedoman Clinical and Laboratory Standards
Institute (Clinical and Laboratory Standards Institute, 2019). Bakteri A.
baumannii-calcoaceticus complex resistan karbapenem dimasukkan ke
28
dalam tabung eppendorf yang mengandung TSB (Trypticase soy broth)
dan glycerol 10%, kemudian disimpan pada suhu -80 °C (Kuntaman et
al., 2018; Saharman et al., 2018).
4.8.2.2 Uji Sensitivitas Antibiotik Imipenem (Clinical and Laboratory Standards

Institute, 2019)
1. Pembuatan suspensi bakteri A. baumannii-calcoaceticus complex
menggunakan metode Kirby Bauer, yaitu diambil satu ujung ose
koloni bakteri dari media subkultur, disuspensi dengan cairan NaCl
0,9% sampai kekeruhannya sama dengan standar Mc Farland 0,5.
2. Penanaman suspensi bakteri A. baumannii-calcoaceticus complex
pada media agar Muller-Hinton menggunakan lidi kapas steril yang
dicelupkan ke dalam tabung suspensi bakteri A. baumannii-
calcoaceticus complex, lidi kapas diangkat dan diperas dengan
menekan pada dinding tabung bagian dalam sambil diputar-putar.
Selanjutnya, lidi kapas tadi digoreskan pada permukaan media agar
Muller-Hinton sampai seluruh permukaan tertutup rapat dengan
goresan lidi kapas. Kemudian, biarkan media agar Muller-Hinton di
atas meja selama 5-15 menit supaya suspensi bakteri A. baumannii-
calcoaceticus complex meresap ke dalam agar Muller-Hinton.
3. Penempelan obat disk Imipenem 10 µg menggunakan pinset dan
ditekan sedemikian rupa supaya terjadi kontak yang baik antara obat
disk imipenem dengan agar Muller-Hinton.
4. Inkubasi pada suhu 35-37 ºC selama 18-24 jam.
29
5. Pembacaan dan pengukuran menggunakan mistar atau dial caliper.
Hasil uji sensitivitas dianalisis dan diinterpretasi berdasarkan
pedoman Clinical and Laboratory Standards Institute (CLSI, 2019),
yaitu resistan dengan nilai diameter zona hambat ≤ 13 mm;
intermediate dengan nilai diameter zona hambat 14-15 mm; dan
sensitif dengan nilai diameter zona hambat ≥ 16 mm.
30
Isolasi A. baumannii-
calcoaceticus complex
Medium Agar MacConkey, Inkubasi

pada suhu 37 oC selama 24 jam
Mikroskopis, Pewarnaan Gram
Identifikasi menggunakan alat

Vitek2 system
Bakteri A. baumannii-calcoaceticus
complex
Uji sensitivitas dengan imipenem

menggunakan metode Kirby-Bauer
Bakteri A. baumannii-calcoaceticus complex

resistan karbapenem
Bakteri A. baumannii-calcoaceticus complex

resistan karbapenem disimpan pada media
TSB + Glycerol 10% dalam 4 tabung eppendorf
pada suhu -80 oC sebagai stok
Gambar 4.1 Penelitian Tahap I: Isolasi, Identifikasi dan Uji Sensitivitas

Antibiotik secara in vitro Bakteri A. baumannii-calcoaceticus
complex
31
Keterangan :
Isolasi sampel bakteri A. baumannii-calcoaceticus complex dari pasien
yang dirawat inap di rumah sakit yang sesuai dengan kriteria inklusi. Selanjutnya
bakteri dikultur di medium agar MacConkey. Tahap selanjutnya dilakukan
pemeriksaan mikroskopis dengan pewarnaan Gram untuk menentukan bentuk
dan jenis bakteri. Identifikasi menggunakan Vitek2 system dan dilanjutkan uji
sensitivitas dengan antibiotik imipenem untuk memastikan bakteri A. baumannii-
calcoaceticus complex yang resistan karbapenem. Bakteri A. baumannii-
calcoaceticus complex resistan karbapenem dikultur pada media cair TSB dan
glycerol 10%, dan disimpan dalam tabung eppendorf pada suhu -80°C sebagai
stok bakteri A. baumannii-calcoaceticus complex resistan karbapenem.
32
4.9 Penelitian Tahap II: Penelitian Uji Produksi Karbapenemase
dan Identifikasi Gen Resistan Bakteri A. baumannii-
calcoaceticus complex Resistan Karbapenem
4.9.1 Uji Produksi Karbapenemase Bakteri A. baumannii-calcoaceticus
complex
Penanaman bakteri A. baumannii-calcoaceticus complex resistan
karbapenem pada blood agar plate dan diinkubasi overnight. Kemudian
diambil sebanyak 10 µL loopful dimasukkan ke dalam 400 µL TSB pada 2
mL tabung ependorf, dan divortex selama 10 – 15 detik, selanjutnya disk
meropenem 10 µg dimasukkan ke dalam tabung ependorf, lakukan vortex
selama 10 – 30 detik dan diinkubasi pada suhu 35 ± 2°C selama 4 jam ±
15 menit. Kontrol negatif, yaitu memasukkan disk meropenem 10 µg
dimasukkan ke dalam 400 µL TSB tanpa bakteri A. baumannii-
calcoaceticus complex resistan karbapenem pada 2 µL tabung ependorf.
Pembuatan suspensi bakteri Escherichia coli ATCC 25922 dalam larutan
salin sesuai dengan McFarland 0,5. Kemudian, suspensi tadi dilakukan
streaking pada media agar Muller-Hinton dan dibiarkan selama 3 – 10
menit sebelum ditempelkan disk meropenem. Pengambilan disk
meropenem 10 µg dari dalam tabung ependorf tadi dan ditempelkan ke
media agar Muller-Hinton yang telah distreaking dengan bakteri
Escherichia coli ATCC 25922 dengan kapasitas 4 disk meropenem pada
100 mm atau 8 disk meropenem pada 150 mm media agar Muller-Hinton.
Selanjutnya diinkubasi pada suhu 35 ± 2°C selama 18 – 24 jam.
Interpretasi hasil sebagai berikut karbapenemase positif apabila diameter
zona 6 – 15 mm atau adanya pertumbuhan koloni pinpoint pada zona 16

33
– 18 mm, karbapenemase indeterminat apabila diameter zona 16 – 18
mm atau adanya pertumbuhan koloni pinpoint pada zona ≥ 19 mm, dan
karbapenemase negatif apabila diameter zona ≥ 19 mm (clear zone)
(McMullen et al., 2017; Simner et al., 2018; Clinical and Laboratory
Standards Institute, 2019).
Isolat bakteri A. baumannii-calcoaceticus complex resistan
karbapenem yang positif memproduksi karbapenemase, dilanjutkan
pengujian untuk mengetahui adanya produksi metallo-β-lactamase
dengan menambahkan 50 µL 0,5 M EDTA ke dalam 400 µL TSB pada 2
mL tabung ependorf dan selanjutnya sesuai dengan prosedur seperti di
atas. Interpretasi hasil sebagai berikut metallo-β-lactamase positif apabila
terdapat perbedaan ukuran diameter zona ≥ 5 mm disk meropenem untuk
isolat yang diinkubasi EDTA dibandingkan dengan tanpa EDTA, contoh:
isolat dengan EDTA = 15 mm, dan isolat tanpa EDTA = 6 mm, dan
metallo-β-lactamase negatif apabila terdapat perbedaan ukuran diameter
zona ≤ 4 mm disk meropenem untuk isolat yang diinkubasi EDTA
dibandingkan dengan tanpa EDTA, contoh: isolat dengan EDTA = 8 mm,
dan isolat tanpa EDTA = 6 mm (McMullen et al., 2017; Simner et al.,
2018; Clinical and Laboratory Standards Institute, 2019).
4.9.2 Identifikasi Gen Resistan Bakteri A. baumannii-calcoaceticus
complex
Untuk mengetahui adanya gen resistan menggunakan PCR
(Polimerase Chain Reaction) yaitu GoTaq Green Master Mix (Promega,
USA). PCR dilakukan dalam sistem GeneAmp 9700 (Perkin-Elmer, IL,
34
USA) menggunakan kondisi yang ditentukan untuk setiap primer sesuai
dengan sumber referensi. PCR dilakukan untuk gen resistan antibiotik
karbapenem yaitu blaKPC (K. pneumonia carbapenemase), blaNDM
(New-Delhi metallo-b-lactamase), blaOXA-23 (Oxacillinase).
Tabel 4.1 Gen Primer yang Digunakan untuk Amplifikasi PCR Gen Resistan
Antibiotik pada Isolat Bakteri A. baumannii-calcoaceticus
complex (El-Shazly et al., 2015)
Gene Ukuran Tm ºC Sekuens primer

amplicon
blaKPC 798 bp 58 CGTCTAGTTCTGCTGTCTTG (Forward)
CTTGTCATCCTTGTTAGGCG (Reverse)
blaNDM 621 bp 65 GGTTTGGCGATCTGGTTTTC (Forward)
CGGAATGGCTCATCACGATC (Reverse)
blaOXA- 501 bp 52 GATCGGATTGGAGAACCAGA (Forward)
23 ATTCTGACCGCATTTCCAT (Reverse)
Produk PCR dimurnikan menggunakan kit pemurni Qiagen
(Qiagen, AS) sesuai instruksi pabrik, dan kedua strand diurutkan dengan
sekuenser DNA ABI 3100 otomatis (Applied Biosystems). Program
BLAST Pusat Nasional Informasi Bioteknologi
(http://www.ncbi.nlm.nih.gov) digunakan untuk mencari dan
membandingkan dengan database untuk urutan asam nukleotida yang
sama.
35
Prosedur kerja:
A. Melisiskan sel bakteri A. baumannii-calcoaceticus complex (Ibarz
Pavón & Maiden, 2009):
1. Diambil 500 µL kultur bakteri di BHI broth
2. Dilakukan sentrifus dengan kecepatan 10.000 g selama 1 menit
1. Supernatan dibuang
2. Ditambahkan sebanyak 300 µL Lysis buffer dan 2 µL RNase A
pada pellet
3. Dilakukan vortex selama 30-60 detik
4. Ditambahkan sebanyak 6 µL proteinase K dan lakukan pipetting
5. Inkubasi pada suhu 60 °C selama 10 menit dan dinginkan
selama 5 menit
6. Ditambahkan sebanyak 300 µL binaing buffer dan dilakukan
vortex secara singkat
7. Dimasukkan ke dalam es selama 5 menit
8. Dilakukan sentifus dengan kecepatan 10.000 g selama 5 menit
B. Amplifikasi PCR untuk menilai ketiga gen resistensi karbapenem:
blaKPC, blaNDM, blaOXA-23 (El-Shazly et al., 2015; Shoja et al.,
2017):
1. Inisialisasi: sampel dipanaskan sampai pada suhu 94 °C
selama 1 menit untuk denaturasi protein.
2. Langkah-langkah berikut diulangi sebanyak 30 siklus:
a. Denaturasi pada suhu 94 °C selama 30 detik.
36
b. Aneling primer pada suhu 50-60 °C selama 30 detik: primer
menempel pada template DNA.
c. Ekstension pada suhu 72 °C selama 1 menit: Taq
polymerase menggunakan dNTP untuk mensintesis
untaian DNA baru melengkapi template DNA.
3. Elongasi akhir pada suhu 72 °C selama 5 menit untuk
memastikan semua fragmen diperpanjang secara sempurna.
4. Reaksi harus dilakukan pada suhu 4 °C sampai dikeluarkan
dari thermocycler.
C. Gel elektroforesis (El-Shazly et al., 2015):
1. Timbang dan larutkan 0,25 gr powder agarosa dengan 25 ml
TAE buffer.
2. Dipanaskan agarosa sampai larut sempurna dalam TAE buffer.
3. Larutan agarosa didinginkan hingga mencapai suhu ± 50 °C.
4. Ditambahkan sebanyak 2 µL ethidum bromide (EtBr), kemudian
digoyang perlahan sampai EtBr terlarut sempurna.
5. Larutan agarosa dituang pada cetakan dan masukkan sisir gel,
tunggu sampai gel agarosa mengeras.
6. Pindahkan gel dengan cetakannya ke dalam DNA elektroforesis
chamber.
7. Tuangkan larutan TAE buffer sampai gel terendam sempurna.
8. Masukkan ke masing-masing well, total volume 5 µL (3 µL
sampel + 2 µL loading dye).
9. Masukkan DNA ladder (tanpa penambahan loading dye) ke
dalam well dengan volume 3 µL.
37
10. Running elektroforesis pada tegangan 80 volt selama 40 menit.
11. Visualisasi DNA dengan menggunakan program GelDoc.
Sampel dari pasien
Uji sensitivitas secara

in vitro dengan Vitek dan
metode Kirby-Bauer
complex resistan karbapenem
Uji produksi karbapenemase dan

identifikasi gen pengkode resistan
karbapenem
kpc, ndm, oxa-23
Produksi karbapenemase dan

gen resistansi antibiotik
karbapenem yang terdeteksi
Gambar 4.2 Rancangan Penelitian Tahap II: Uji Produksi Karbapenemase

dan Identifikasi Gen Resistan Antibiotik Karbapenem pada
Bakteri A. baumannii-calcoaceticus complex resistan
karbapenem
38
Keterangan :
Bakteri A. baumannii-calcoaceticus complex yang resistan karbapenem
dilakukan uji produksi karbapenemase dan identifikasi gen resistan karbapenem
yaitu blaKPC (K. pneumonia carbapenase), blaNDM (New-Delhi metallo-b-
lactamase), blaOXA-23 (Oxacillinase). Identifikasi gen resistan karbapenem
menggunakan PCR GoTaq Green Master Mix (Promega, USA) untuk
mengetahui gen resistan karbapenem bakteri A. baumannii-calcoaceticus
complex resistan karbapenem.
39
4.10 Penelitian Tahap III: Penelitian untuk Mengetahui MLVA, Sequence
Type, Clonal Complex, dan Phylogenetic tree Bakteri A. baumannii-
4.10.1 Uji MLVA Bakteri A. baumannii-calcoaceticus complex Resistan
Karbapenem
Uji MLVA (Multiple locus variable number tandem repeat analysis)
digunakan untuk menentukan hubungan epidemiologis antara isolat A.
baumannii-calcoaceticus complex resistan karbapenem berdasarkan
Pourcel et al., dan marker nomor variabel tandem yang diulang [variable
number tandem repeat (VNTR)] yang digunakan adalah L-repeats VNTR
terdiri dari Abaum-3530, Abaum-3002, Abaum-2240, Abaum-1988 dan S-
repeats VNTR terdiri dari Abaum-0826, Abaum-2396, Abaum-3468 dan
Abaum-0845.
Amplifikasi PCR untuk setiap lokus VNTR dilakukan dengan
ketentuan sebagai berikut: denaturasi awal selama lima menit pada 94
°C, diikuti 30 siklus (denaturasi pada 94 °C selama 30 detik, aneling
selama 30 detik, dan ekstensi pada 72 °C selama 60 detik) dilanjutkan
dengan ekstensi akhir 7 menit pada 72 °C. Sekuens primer dan suhu
aniling masing-masing primer VNTR ditunjukkan pada Tabel 4.2.
Kemudian, produk PCR di gel agarose 1,5% dimuat di 0,5 Buffer tris-
borate-EDTA dan elektroforesis dilakukan selama 3 jam (Pourcel et al.,
2011; Azimi et al., 2016).
40
Tabel 4.2 Gen Primer Lokus VNTR Bakteri A. baumannii-calcoaceticus
complex Resistan Karbapenem (Pourcel et al., 2011)
Marker Desain Primer Sekuens primer (5’ → 3’) Temperatur Ukuran Ukuran
VNTR aneling (°C) Pengulangan Regio
Flanking
Abaum-1988 Abaum-1988-L GGCAAGGCATGCTCAAGGGCC 55 26 77
Abaum-1988-R CAGTAGACTGCTGGTTAATGAG 55
Abaum-3530 Abaum-3530-L TGCAACCGGTATTCTAGGAAC 55 60 121
Abaum-3530-R CCTTGAACAACATCGATTACTGGA 55
Abaum-3002 Abaum-3002-L GACTGAAGCAAGACTAAAACGT 55 57 121
Abaum-3002-R TCTGGGCAGCTTCTTCTTGAGC 55
Abaum-2240 Abaum-2240-L CCCGCAGTACATCATGGTTC 55 99 494
Abaum-2240-R AGAACATGTATACGCAACTG 55
Abaum-0826 Abaum-0826-L TGACTACTGAAACAGTTTTTG 50 9 208
Abaum-0826-R ATGATTGTACCGAGTAAAAGA 50
Abaum-2396 Abaum-2396-L CAAGTCCAATCAACTCATGATG 55 6 105
Abaum-2396-R CTCCTGTAAGTGCTGTTCAGCC 55
Abaum-3468 Abaum-3468-L CAGAAGTCACTGCATCTGCAAC 55 6 147
Abaum-3468-R CGGTTGAAATTTTTTATAATGAAG 55
Abaum-0845 Abaum-0845-L AATTTTAATTCCAAATTGCTCC 50 7 105
Abaum-0845-R ACTTAAAATCGCATTTTTATCA 50
Indeks polimorfisme dari lokus tunggal atau gabungan VNTR dan
interval kepercayaan (CI) dihitung berdasarkan indeks keanekaragaman
Hunter-Gaston [Hunter-Gaston diversity index (HGDI)] menggunakan
perangkat bioinformatik hpa (Grundmann et al., 2001). Jumlah
pengulangan alel VNTR diperoleh dengan cara ukuran amplikon dari
isolat dikurangi dengan ukuran region yang mengapit, kemudian dibagi
dengan Panjang unit berulang. Sebutan "gagal (failed)" adalah tidak ada
amplifikasi atau pola amplikon ambigu yang diamati berulang kali pada
41
lokus tertentu, dan alel tersebut ditunjukkan dengan simbol "-" (Pourcel et
al., 2011).
4.10.2 Multi-locus Sequence Type (MLST)
Analisis MLST berdasarkan pada analisis sekuens fragmen
internal dari tujuh gen housekeeping, yaitu cpn60 (60-kDa chaperonin),
fusA (elongation factor EF-G), gltA (citrate synthase), pyrG (CTP
synthase), recA (homologous recombination factor), rplB (50S ribosomal
protein L2), and rpoB (RNA polymerase subunit B) (El-Shazly et al.,
2015). Skema MLST termasuk amplifikasi dan sekuens primer, sekuens
alel, dan sequence typing (ST) yang tersedia di PubMLST
(pubmlst.org/abaumannii). Gen housekeeping untuk skema MLST dipilih
atas dasar ketersediaan sekuens di Gen Bank dan penelitian sebelumnya
hubungan filogenetik untuk genus Acinetobacter pada skema MLST.
Primer PCR dipilih dari penelitian sebelumnya atau dirancang untuk
amplifikasi dari tujuh gen yang dipilih pada Tabel 4.3.
DNA bakteri A. baumannii diekstraksi menggunakan QIAquick
PCR Purification Kit (Qiagen, USA). Primer gen yang digunakan untuk
amplikasi PCR menggunakan tujuh gen “housekeeping” bakteri A.
baumannii-calcoaceticus kompleks seperti pada Tabel 4.3.
42
Tabel 4.3 Gen Primer yang Digunakan untuk Mendeteksi Gen
Housekeeping dengan PCR pada Gen Isolat Klinis A.
baumannii-calcoaceticus complex
Gene Sekuens primer Ukuran

amplicon
cpn60-F ACTGTACTTGCTCAAGC 405 bp
cpn60-R TTCAGCGATGATAAGAAGTGG
fusA-F ATCGGTATTTCTGCKCACATYGAT 633 bp
fusA-R CCAACATACKYTGWACACCTTTGTT
gltA-F AATTTACAGTGGCACATTAGGTCCC 483 bp
gltA-R GCAGAGATACCAGCAGAGATACACG
pyrG-F GGTGTTGTTTCATCACTAGGWAAAGG 297 bp
pyrG-R ATAAATGGTAAAGAYTCGATRTCACCMA
recA-F CCTGAATCTTCYGGTAAAAC 372 bp
recA-R GTTTCTGGGCTGCCAAACATTAC
rplB-F GTAGAGCGTATTGAATACGATCCTAACC 330 bp
rplB-R CACCACCACCRTGYGGGTGATC
rpoB-F GGTCCTGGTGGTTTAACACG 456 bp
rpoB-R CGAATAACGATACGAGAAGCA
Semua amplifikasi PCR dilakukan dengan menggunakan GoTaq
Green Master Mix (Promega, USA) dengan ketentuan sebagai berikut: 35
siklus (denaturasi pada 94 °C selama 30 detik, aniling pada suhu 50 °C
selama 30 detik, dan ekstensi pada 72 °C selama 30 detik) dilanjutkan
dengan denaturasi 2 menit pada 94 °C dan diikuti dengan ekstensi 5
menit pada 72 °C. Produk PCR langsung dimurnikan dari campuran
reaksi dengan Kit Pemurnian PCR QIAquick (Qiagen GmbH, Hilden,
Jerman) menurut rekomendasi pabrik. Sekuensing fragmen DNA internal
dari 297 bp sampai dengan 633 bp menggunakan sekuenser ABI Prism
43
377, yaitu ABI Prism BigDye Terminator Cycle Sequencing Ready
Reaction Kit v.3.1 (PE Applied Biosystems, Foster City, CA) menurut
rekomendasi pabrik. Analisis penyejajaran data sekuens menggunakan
ClustalW (http://www.ebi.ac.uk/Tools/msa/clustalw2/).
Prosedur kerja:
A. Melisiskan sel bakteri A. baumannii-calcoaceticus complex (Ibarz
Pavón & Maiden, 2009):
1. Diambil 500 µL bakteri yang dikultur di BHI broth
2. Sentrifus dengan kecepatan 10.000 g selama 1 menit
3. Supernatan dibuang
4. Ditambahkan 300 µL Lysis buffer dan 2 µL RNase A pada pellet
5. Dilakukan vortex selama 30-60 detik
6. Ditambahkan 6 µL proteinase K dan lakukan pipetting
7. Inkubasi pada suhu 60 °C selama 10 menit dan dinginkan selama
5 menit
8. Ditambahkan 300 µL binaing buffer dan vortex secara singkat
9. Dimasukkan ke dalam es selama 5 menit
10. Sentifus dengan kecepatan 10.000 g selama 5 menit
B. Amplifikasi PCR untuk menilai ketujuh gen primer housekeeping:
cpn60, fusA, gltA, pyrG, recA, rplB, dan rpoB (El-Shazly et al., 2015):
1. Inisialisasi: sampel dipanaskan sampai pada suhu 94 °C selama 1
menit untuk denaturasi protein.
2. Langkah-langkah berikut diulangi sebanyak 25-30 siklus:
a. Denaturasi pada suhu 94 °C selama 30 detik.
44
b. Aneling primer pada suhu 50-60 °C selama 30 detik: primer
menempel pada template DNA.
c. Ekstension pada suhu 72 °C selama 1-2 menit: Taq
polymerase menggunakan dNTP untuk mensintesis untaian
DNA baru melengkapi template DNA.
3. Elongasi selesai pada suhu 72 °C selama 5-10 menit untuk
memastikan semua fragmen diperpanjang secara sempurna.
4. Reaksi harus dilakukan pada suhu 4 °C sampai dikeluarkan dari
thermocycler.
C. Gel elektroforesis (El-Shazly et al., 2015):
1. Disiapkan gel agarose 1% (w / v) dengan menambahkan 1 g
agarose ke 100 mL buffer TBE.
2. Dipanaskan dalam microwave sampai mendidih.
3. Didinginkan larutan agarosa sampai mencapi suhu ± 50 °C.
4. Ditambahkan 5 μL etidium bromide.
5. Ditempatkan sisir pada gel dan tunggu sampai gel mengeras.
6. Pindahkan gel ke dalam DNA electrophoresis chamber dan sisir
dikeluarkan.
7. Tuangkan larutan TBE buffer sampai gel terendam sempurna.
8. Masukkan sampel ke masing-masing well sebanyak 5 μL (3 μL
sampel ditambah 2 μL loading dye).
9. Hubungkan ke sumber listrik dengan tegangan 140 V selama 15-
20 menit.
10. Visualisasikan gel menggunakan transilluminator UV.
45
D. Pemurnian Amplifon (El-Shazly et al., 2015):
1. Dipindahkan isi setiap pita PCR ke dalam tabung Eppendorf 1,5
mL yang berlabel.
2. Ditambahkan 60 μL 20% (w / v) PEG 8000, 2,5 M natrium klorida
ke setiap tabung dan campurkan. Inkubasi selama 30 menit pada
suhu kamar.
3. Pellet produk PCR dilakukan sentrifus dengan kecepatan 2750 g
selama 15 menit.
4. Supernatan dibuang dan pelet DNA dicuci dengan menambahkan
0,5 mL etanol 70% dan sentrifus dengan kecepatan 2750 g
selama 5 menit.
5. Supernatan dibuang dan pellet dikeringkan dengan pengering
vakum.
E. Reaksi Ekstensi sekuens Nukleotida (El-Shazly et al., 2015):
1. Dicampurkan dengan primer, template, dan reagen sekuens
dalam proporsi yang optimal.
2. Dilakukan reaksi ekstensi dalam thermocycler, pertama lakukan
denaturasi pada suhu 96 °C selama 1 menit.
3. Diulangi selama 25 siklus: 96 °C selama 10 detik, 50 °C selama
5 detik, 60 °C selama 40 menit.
4. Dipertahankan reaksi pada suhu 4 °C sampai dikeluarkan dari
thermocycler.
F. Pemurnian Produk Sekuensing (c):
1. Dipindahkan isi setiap tabung PCR ke dalam tabung Eppendorf
1,5 mL yang berlabel.
46
2. Ditambahkan 2 μL 3 M sodium asetat dan 50 μL etanol 95% ke
setiap tabung dan campurkan. Inkubasi selama 45 menit pada
suhu kamar.
3. Pellet produk PCR disentrifus dengan kecepatan 2750 g selama
15 menit.
4. Supernatan dibuang dan pelet DNA dicuci dengan
menambahkan 0,5 mL etanol 70% dan sentrifus dengan
kecepatan 2750 g selama 5 menit.
5. Supernatan dibuang dan pellet dikeringkan dengan pengering
vakum.
4.10.3 Clonal Complex berdasarkan Algoritma eBURST
Sequence type (ST) yang digunakan untuk menentukan clonal
complex (CC) berdasarkan hubungan genetik kelompok berdasarkan alel
pada ≥ 6 dari 7 lokus menggunakan algoritma eBURST versi 3
(http://eburst.mlst.net/). Clonal complex terdiri dari leluhur sebagai pendiri
ST, dan beberapa ST lainnya yang terkait erat sebagai ST turunan
(Shrestha et al., 2015; El Bannah et al., 2017).
4.10.4 Analisis Phylogenetic tree
Analisis phylogenetic tree Bakteri A. baumannii-calcoaceticus
complex resistan karbapenem menggunakan MEGA X dengan metode
neighbor-joining (El-Shazly et al., 2015); El Bannah et al., 2017).
47
Bakteri A. baumannii-
Uji sensitivitas secara in vitro dengan

Vitek dan metode Kirby-Bauer
Uji MLVA bakteri A. baumannii-calcoaceticus

Sequence type gen primer ”housekeeping”:

cpn60, fusA, gltA, pyrG, recA, rplB, rpoB
PasteurMLST
Sequence type Sequence type baru
Clonal complex Clonal complex

yang baru
Phylogenetic tree
Gambar 4.3 Rancangan Penelitian Tahap III: Identifikasi MLVA, Sequence

Type, Clonal Complex, dan Phylogenetic tree Bakteri A.
baumannii-calcoaceticus complex Resistan Karbapenem.
48
Keterangan :
Bakteri A. baumannii-calcoaceticus complex resistan karbapenem
dilakukan uji MLVA untuk mengetahui tipe MLVA bakteri A. baumannii-
calcoaceticus complex resistan karbapenem dari dua rumah sakit. Penentuan
sequence type (ST) bakteri A. baumannii-calcoaceticus complex resistan
karbapenem menggunakan analisis MLST, melalui perbandingan hasil sekuens
gen primer dengan ST yang terdapat di Pasteur MLST. Kemudian hasil ST yang
diperoleh dianalisis menggunakan algoritma eBURST untuk menentukan clonal
complex (CC) bakteri A. baumannii-calcoaceticus complex resistan karbapenem.
Analisis phylogenetic tree bakteri A. baumannii-calcoaceticus complex resistan
karbapenem menggunakan MEGA X dengan metode neighbor-joining.
49
Uji sensitivitas secara in

vitro dengan Vitek2
system dan metode
Kirby-Bauer
resistan karbapenem Uji Produksi
Karbapenemase
Uji MLVA
Identifikasi gen
resistansi
karbapenem
Sequence tujuh gen
”housekeeping”
blaKPC, blaNDM,
blaOXA-23
PasteurMLST
Sequence type
yang baru Gen resistansi
Sequence type antibiotik karbapenem
yang terdeteksi
Clonal complex
Clonal complex yang baru
Phylogenetic tree
Gambar 4.4 Bagan Alur Penelitian Uji Produksi Karbapenemase, Gen

Resistansi dan Epidemiologi Molekuler Bakteri A. baumannii-
calcoaceticus complex Resistan Karbapenem.
50
4.11 Analisis Data
Data hasil penelitian yang diperoleh dianalisis menggunakan SPSS
(Statistical Package for the Social Science) versi 20. Analisis sensitivitas
antibiotik ditampilkan dalam bentuk persentase di RSUD dr. Saiful Anwar,
Malang dan RSUP Prof. dr. R. D. Kandou, Manado menggunakan Chi square
atau Fisher’s exact. Nilai signifikan secara statistik apabila nilai p (p-value)
kurang dari 0,05 (El Bannah et al., 2017; Saharman et al., 2018).
51
BAB 5
HASIL PENELITIAN
5.1 Identifikasi dan Prevalensi Bakteri A. baumannii-calcoaceticus

complex Resistan Karbapenem di RSUD dr. Saiful Anwar Malang dan
RSUP Prof. dr. R. D. Kandou Manado
Isolasi sampel bakteri A. baumannii-calcoaceticus complex berasal dari
darah, urine, pus, dan sputum dari pasien yang dirawat inap. Identifikasi dan uji
sensitivitas bakteri A. baumannii-calcoaceticus complex resistan karbapenem
menggunakan alat Vitek2 system yang dilakukan di Laboratorium Mikrobiologi
RSUD dr. Saiful Anwar, Malang dan RSUP Prof. dr. R. D. Kandou, Manado. Alat
Vitek2 system memberikan hasil bakteri A. baumannii, tetapi karena sulit
dibedakan dengan bakteri A. calcoaceticus secara fenotipik, maka peneliti
menyebutkan bakteri A. baumannii-calcoaceticus complex.
Hasil penelitian di RSUD dr. Saiful Anwar selama bulan Maret 2019
sampai dengan bulan Agustus 2019 diperoleh jumlah isolat bakteri A. baumannii-
calcoaceticus complex sebanyak 473 isolat dengan prevalensi bakteri A.
baumannii-calcoaceticus kompleks resistan karbapenem sebanyak 43 isolat
(9%). Penelitian yang dilakukan di RSUP Prof. dr. R. D. Kandou, Manado dari
bulan Juni 2019 sampai dengan bulan November 2019 diperoleh jumlah infeksi
bakteri A. baumannii-calcoaceticus complex sebanyak 98 isolat dengan
prevalensi bakteri A. baumannii-calcoaceticus complex resistan karbapenem
sebanyak 30 isolat (30,6%).
Gambaran sumber sampel bakteri A. baumannii-calcoaceticus complex
resistan karbapenem yang berasal dari darah, urine, pus, dan sputum dari pasien
52
yang dirawat inap di RSUD dr. Saiful Anwar, Malang dan RSUP Prof. dr. R. D.
Kandou, Manado dapat dilihat pada Tabel 5.1 yang menunjukkan sampel
terbanyak berasal dari sputum pasien rawat inap di kedua rumah sakit tersebut.
Tabel 5.1 Isolat Bakteri A. baumannii-calcoaceticus complex Resistan

Karbapenem di RSUD dr. Saiful Anwar, Malang dan RSUP Prof.
dr. R. D. Kandou, Manado
RSUD dr. Saiful Anwar, RSUP Prof. dr. R. D.

Malang Kandou, Manado
Sampel Bakteri A. Persentase Bakteri A. Persentase Total

baumannii- (%) baumannii- (%) Sampel
calcoaceticus calcoaceticus
complex complex
resistan resistan
karbapenem karbapenem
Darah 9 20,9 2 6,6 11
Urine 5 11,6 3 10 8
Sputum 28 65,2 14 46,7 42
Pus 1 2,3 11 36,7 12
Total 43 100 30 100 73
Keterangan: Isolasi sampel bakteri A. baumannii-calcoaceticus complex resistan
karbapenem sebagai infeksi tunggal terbanyak ditemukan pada sputum
pasien rawat inap di kedua rumah sakit.
Hasil uji sensitivitas isolat bakteri A. baumannii-calcoaceticus complex
resistan karbapenem dapat dilihat pada Tabel 5.2 menunjukkan sampel bakteri
A. baumannii-calcoaceticus complex resistan karbapenem menjelaskan terjadi
perbedaan bermakna pada antibiotik tigesiklin di kedua rumah sakit, dan
ditemukan di RSUP Prof. dr. R. D. Kandou, Manado terdapat 2 isolat (6,7%)
bakteri A. baumannii-calcoaceticus kompleks resistan karbapenem yang masih
sensitif terhadap antibiotik Ciprofloxacin. Bakteri A. baumannii-calcoaceticus
53
complex resistan karbapenem telah menunjukkan XDR karena telah terjadi
resistan terhadap antibiotik yang lain di RSUD dr. Saiful Anwar, Malang, dan
Tabel 5.2 Hasil Antibiogram di RSUD dr. Saiful Anwar, Malang dan RSUP
Prof. dr. R. D. Kandou, Manado
RSUD dr. Saiful Anwar, RSUP Prof. dr. R. D.

Antibiotik Malang Kandou, Manado p-value
Sensitif (%) Sensitif (%)

A/S 0 0 ND
P/T 0 0 ND
CFZ 0 0 ND
CAZ 0 0 ND
CRO 0 0 ND
CPM 0 0 ND
MEM 0 0 ND
AMK 37,2 53,3 0.172
GEN 0 3,3 0.228
CIP 0 6,7 0.086
TGC 62,8 96,7 0.001
SXT 34,9 43,3 0.465
IPM 0 0 ND
Keterangan: ND, not determined.
Antibiotik: A/S, Ampicillin/Sulbactam; P/T, Piperacillin/Tazobactam; CFZ, Cefazolin;
CAZ, Ceftazidime; CRO, Ceftriaxone; CPM, Cefepime; MEM, Meropenem; AMK,
Amikasin; GEN, Gentamicin; CIP, Ciprofloxacin; TGC, Tigecycline; SXT,
Trimethoprim/Sulfamethoxazole; IPM, Imipenem.
54
5.2 Uji Produksi Karbapenemase Bakteri A. baumannii-calcoaceticus

complex Resistan Karbapenem di RSUD dr. Saiful Anwar Malang
Hasil uji produksi enzim karbapenemase pada bakteri A. baumannii-
calcoaceticus complex resistan karbapenem dari RSUD dr. Saiful Anwar, Malang
tampak juga pada Tabel. 5.3 dan pada Gambar 5.1 yaitu uji modified
Carbapenem Inactivation Method (mCIM) dan EDTA-Carbapenem Inhibitor
Method (eCIM).
Gambar 5.1 Hasil Uji Produksi Karbapenemase Bakteri A. baumannii-

calcoaceticus complex Resistan Karbapenem RSUD dr. Saiful Anwar
Malang.
Keterangan: Gambar A. Hasil uji produksi karbapenemase menggunakan modified
Carbapenem Inactivation Method; Gambar B. Hasil identifikasi produksi metallo-β-
lactamase menggunakan EDTA-Carbapenem Inactivation Method.
Hasil uji produksi karbapenemase menggunakan mCIM pada 43 sampel
bakteri A. baumannii-calcoaceticus complex resistan karbapenem RSUD dr.
Saiful Anwar, Malang menunjukkan hasil positif pada 41 sampel (95,3%) bakteri
A. baumannii-calcoaceticus complex resistan karbapenem, 1 sampel dengan
55
hasil indeterminate dan 1 sampel memperlihatkan hasil negatif atau tidak ada
produksi karbapenemase. Kemudian, dilanjutkan dengan uji eCIM memberikan
hasil 39 sampel menunjukkan hasil positif metallo-β-lactamase, dan 2 sampel
memperlihatkan hasil positif serine carbapenemase pada bakteri A. baumannii-
calcoaceticus complex resistan karbapenem RSUD dr. Saiful Anwar, Malang.

complex Resistan Karbapenem di RSUP Prof. dr. R. D. Kandou
Manado
Hasil uji produksi enzim karbapenemase pada bakteri A. baumannii-
calcoaceticus complex resistan karbapenem dari RSUP Prof. dr. R. D. Kandou,
Manado pada Tabel. 5.3. dan dapat dilihat juga pada Gambar 5.2 yaitu uji
modified Carbapenem Inhibitor Method (mCIM) dan EDTA- Carbapenem Inhibitor
Method (eCIM).
Gambar 5.2 Hasil Uji Produksi Karbapenemase Bakteri A. baumannii-

calcoaceticus complex Resistan Karbapenem RSUP Prof. dr. R. D. Kandou,
Manado.
Keterangan: Gambar A. Hasil uji produksi karbapenemase menggunakan modified
Carbapenem Inactivation Method; Gambar B. Hasil identifikasi produksi metallo-β-
lactamase menggunakan EDTA-Carbapenem Inactivation Method.
56
Uji produksi karbapenemase pada 30 sampel bakteri A. baumannii-
calcoaceticus complex resistan karbapenem RSUP Prof. dr. R. D. Kandou,
Manado menggunakan mCIM diperoleh hasil positif pada 28 sampel (93,3%)
bakteri A. baumannii-calcoaceticus complex resistan karbapenem, juga diperoleh
hasil 1 sampel dengan hasil indeterminate dan 1 sampel menunjukkan hasil
negatif atau tidak ada produksi karbapenemase. Selanjutnya, dilanjutkan dengan
uji eCIM memberikan hasil 28 sampel (93,3%) menunjukkan hasil positif metallo-
β-lactamase, dan 2 sampel (6,7%) memperlihatkan hasil positif serine
carbapenemase pada bakteri A. baumannii-calcoaceticus complex resistan
karbapenem RSUP Prof. dr. R. D. Kandou, Manado.
5.3 Identifikasi Gen Resistan Bakteri A. baumannii-calcoaceticus


complex Resistan Karbapenem di RSUD dr. Saiful Anwar Malang
Pada penelitian tahap kedua, yaitu untuk mengetahui adanya produksi
enzim karbapenemase dan gen resistan blaKPC, blaNDM, blaOXA-23 pada
bakteri A. baumannii-calcoaceticus complex resistan karbapenem dari pasien
rawat inap di RSUD dr. Saiful Anwar, Malang. Identifikasi gen resistan pada
bakteri A. baumannii-calcoaceticus complex resistan karbapenem dari RSUD dr.
Saiful Anwar, Malang dapat dilihat pada Tabel. 5.3 memperlihatkan gen resistan
yaitu blaNDM yang tampak pada Gambar 5.3 dan blaOXA-23 yang dilihat pada
Gambar 5.4, serta gen resistan bakteri A. baumannii-calcoaceticus complex
resistan karbapenem yang terbanyak adalah blaOXA-23.
57
Gambar 5.3 Hasil PCR Simplex Gen Resistan blaNDM pada Sampel Bakteri
A. baumannii-calcoaceticus complex Resistan Karbapenem RSUD dr. Saiful
Anwar Malang.
Keterangan: Jalur 1: Marker, Jalur 2: Kontrol negatif (Aquades), Jalur 3: Kontrol positif
blaNDM, Jalur 4, 6-20: Sampel MLG-15, MLG-17 sampai dengan MLG-31 dengan hasil
negatif blaNDM, Jalur 5: Sampel MLG-16 dengan hasil positif blaNDM.
Hasil identifikasi gen resistan blaNDM menggunakan metode PCR
simplex diperoleh hasil positif pada dua sampel (4,6%) bakteri A. baumannii-
calcoaceticus complex resistan karbapenem yaitu sampel MLG-13 dan MLG-16
dan juga sesuai dengan hasil positif pada uji mCIM dan eCIM pada bakteri A.
baumannii-calcoaceticus complex resistan karbapenem dari RSUD dr. Saiful
Anwar, Malang.
58
Gambar 5.4 Hasil PCR Simplex Gen Resistan blaOXA-23 pada Sampel
Bakteri A. baumannii-calcoaceticus complex Resistan Karbapenem RSUD
dr. Saiful Anwar Malang.
blaOXA-23, Jalur 4-20: Sampel MLG-15 sampai dengan MLG-31 dengan hasil positif
blaOXA-23.
Hasil identifikasi gen resistan blaOXA-23 menggunakan metode PCR
simplex diperoleh hasil positif pada 39 sampel (90,7%) bakteri A. baumannii-
calcoaceticus complex resistan karbapenem dan juga sesuai dengan hasil positif
pada uji mCIM dan eCIM pada bakteri A. baumannii-calcoaceticus complex
resistan karbapenem dari RSUD dr. Saiful Anwar, Malang. Selain itu, ditemukan
4 sampel (9,3%) tidak memiliki gen resistan karbapenemase blaKPC, blaNDM,
blaOXA-23 bakteri A. baumannii-calcoaceticus complex resistan karbapenem
dari RSUD dr. Saiful Anwar, Malang.
59
complex Resistan Karbapenem di RSUP Prof. dr. R. D. Kandou
Manado
Penelitian tahap kedua, yaitu untuk mengetahui adanya produksi enzim
karbapenemase dan gen resistan blaKPC, blaNDM, blaOXA-23 pada bakteri A.
baumannii-calcoaceticus complex resistan karbapenem dari pasien rawat inap di
RSUP Prof. dr. R. D. Kandou, Manado yang ditunjukkan pada Tabel. 5.3
memperlihatkan bahwa gen resistan terdeteksi yaitu blaNDM dapat dilihat pada
Gambar 5.5, dan blaOXA-23 dapat dilihat pada Gambar 5.6, dengan dominan
gen resistan karbapenem adalah gen blaOXA-23.
Gambar 5.5 Hasil PCR Simplex Gen Resistan blaNDM pada Sampel Bakteri
A. baumannii-calcoaceticus complex Resistan Karbapenem RSUP Prof. dr.
R. D. Kandou, Manado.
blaNDM, Jalur 4, 6-20: Sampel MDO-1, MDO-3 sampai dengan MDO-17 dengan hasil
negatif blaNDM, Jalur 5: Sampel MDO-2 dengan hasil positif blaNDM.
Hasil identifikasi gen resistan blaNDM menggunakan metode PCR
simplex diperoleh hasil positif pada satu sampel (3,3%) bakteri A. baumannii-
calcoaceticus complex resistan karbapenem yaitu sampel MDO-2, dan juga

60
menunjukkan hasil positif pada uji mCIM dan eCIM pada bakteri A. baumannii-
calcoaceticus complex resistan karbapenem dari RSUP Prof. dr. R. D. Kandou,
Manado.
Gambar 5.6 Hasil PCR Simplex Gen Resistan blaOXA-23 pada Sampel
Bakteri A. baumannii-calcoaceticus complex Resistan Karbapenem RSUP
blaOXA-23, Jalur 4, 6, 10, 11, 14, 16, 19, 20: Sampel MDO-1, MDO-3, MDO-7, MDO-8,
MDO-11, MDO-13, MDO-16, MDO-17 dengan hasil positif blaOXA-23, Jalur 5, 7, 8, 9, 12,
13, 15, 17, 18: Sampel MDO-2, MDO-4, MDO-5, MDO-6, MDO-9, MDO-10, MDO-12,
MDO-14, MDO-15 dengan hasil negatif blaOXA-23.
Hasil identifikasi gen resistan blaOXA-23 menggunakan metode PCR
simplex diperoleh hasil positif pada 18 sampel (60%) bakteri A. baumannii-
calcoaceticus complex resistan karbapenem dan juga sesuai dengan hasil positif
pada uji mCIM dan eCIM pada bakteri A. baumannii-calcoaceticus complex
resistan karbapenem dari RSUP Prof. dr. R. D. Kandou, Manado. Selain itu,
ditemukan 11 sampel (36,7%) tidak memiliki gen resistan karbapenemase
blaKPC, blaNDM, blaOXA-23 bakteri A. baumannii-calcoaceticus complex
resistan karbapenem dari RSUP Prof. dr. R. D. Kandou, Manado.

61
Tabel 5.3 Distribusi Gen Resistan Karbapenemase dan Produksi Karbapenemase Pada Isolat bakteri A. baumannii-
calcoaceticus complex Resistan Karbapenem di RSUD dr. Saiful Anwar, Malang dan RSUP Prof. dr. R. D. Kandou, Manado
Rumah Sakit Sampel Total Gen Resistansi Karbapenem mCIM eCIM

Sampel
blaKPC blaNDM blaOXA-23 Positif Negatif Metallo-β- Serine-β-
lactamase lactamase
RSUD Darah 9 0 0 7 (77.8%)a 9 (100%) - 9 (100%) -
dr. Saiful Urine 5 0 0 5 (100%) 5 (100%) - 4 (80%) -
Anwar,
Sputum 28 0 2 (7.1%) 26 (92.9%) 27 (96.4%) 1 (3.6%) 25 (89.3%) 2 (7.1%)
Malang
Pus 1 0 0 1 (100%) 1 (100%) - 1 (100%) -
RSUP Prof. Darah 2 0 0 2 (100%) 2 (100%) - 2 (100%) -
dr. R. D. Urine 3 0 0 2 (66.7%)b 3 (100%) - 3 (100%) -
Kandou,
Sputum 14 0 0 8 (57.1%)c 13 (92.9%) 1 (7.1%) 14 (100%) -
Manado
d
Pus 11 0 1 (9%) 6 (54.5%) 11 (100%) - 9 (81.8%) 2 (18.2%)
Keterangan: Gen Resistansi bakteri A. baumannii-calcoaceticus complex resistan karbapenem terbanyak ditemukan pada Gen blaOXA-23.
blaKPC: K. pneumonia carbapenemase, blaNDM: New Delhi metallo-β-lactamase, blaOXA-23: Oxacillinase-23, mCIM: modified Carbapenem
Inactivation Method, eCIM: EDTA-Carbapenem Inhibitor Method.
a
dua isolat A. baumannii-calcoaceticus complex resistan karbapenem dari sampel darah di RSUD dr. Saiful Anwar hospital Malang tidak
terdeteksi ketiga gen resistan karbapenem.
b
satu isolat A. baumannii-calcoaceticus complex resistan karbapenem dari sampel urine di RSUP Prof. dr. RD. Kandou Manado tidak terdeteksi
ketiga gen resistan karbapenem.
c
enam isolat A. baumannii-calcoaceticus complex resistan karbapenem dari sampel sputum di RSUP Prof. dr. RD. Kandou hospital Manado
tidak terdeteksi ketiga gen resistan karbapenem.
d
empat isolat A. baumannii-calcoaceticus complex resistan karbapenem dari sampel pus di RSUP Prof. dr. RD. Kandou hospital Manado tidak
terdeteksi ketiga gen resistan karbapenem.
62
5.4 Uji Multiple-locus Variable-Number Tandem-Repeat Analysis (MLVA)
Bakteri A. baumannii-calcoaceticus complex Resistan Karbapenem
di RSUD dr. Saiful Anwar, Malang dan RSUP Prof. dr. RD. Kandou,
Manado
5.4.1 Uji Multiple-locus Variable-Number Tandem-Repeat Analysis (MLVA)

di RSUD dr. Saiful Anwar, Malang
Uji Multiple-locus Variable-Number Tandem-Repeat Analysis (MLVA)
menggunakan delapan gen primer yaitu Abaum-1988, Abaum-3530, Abaum-
3002, Abaum-2240, Abaum-0826, Abaum-2396, Abaum-3468, Abaum-0845.
Penentuan angka jumlah pengulangan alel VNTR yang dihitung berdasarkan
angka ukuran amplikon dari isolat yang diuji dikurangi dengan ukuran region
yang mengapit, dan nilai yang diperoleh dibagi dengan panjang unit berulang.
Pada uji MLVA jika tidak ada amplifikasi atau pola amplikon ambigu yang diamati
berulang kali pada lokus tertentu, dan alel tersebut, maka disebut sebagai "gagal
(failed)" yang ditunjukkan dengan simbol "-" (Pourcel et al., 2011).
Hasil penelitian uji MLVA bakteri A. baumannii-calcoaceticus complex
resistan karbapenem di RSUD dr. Saiful Anwar, Malang dapat dilihat pada
Gambar 5.7 dan Tabel 5.4.
63
Gambar 5.7 Hasil Uji MLVA Bakteri A. baumannii-calcoaceticus complex
Resistan Karbapenem di RSUD dr. Saiful Anwar, Malang
Keterangan: Hasil uji MLVA diperoleh MT2 dan MT3 dominan di RSUD dr. Saiful Anwar,
Malang
Hasil uji MLVA dari bakteri A. baumannii-calcoaceticus complex resistan
karbapenem di RSUD dr. Saiful Anwar, Malang diperoleh 3 MLVA type (MT),
yaitu MT1 terdiri dari sampel MLG-14, 16, 42, 43; MT2 terdiri dari sampel MLG-4,
6, 10,12, 13 17, 18, 21, 24, 25, 30, 33, 35, 36, 38 – 4; MT3 terdiri dari sampel
MLG-1, 2, 3, 5, 7, 8, 9, 11, 15, 19, 20, 22, 23, 26 – 29, 31, 32, 34, 37.
64
5.4.2 Uji Multiple-locus Variable-Number Tandem-Repeat Analysis (MLVA)
di RSUP Prof. dr. R. D. Kandou, Manado
Pada penelitian Multiple-locus Variable-Number Tandem-Repeat Analysis
(MLVA) bakteri A. baumannii-calcoaceticus complex resistan karbapenem di
RSUP Prof. dr. R. D. Kandou, Manado dapat dilihat pada Gambar 5.8 dan Tabel
5.4.
Gambar 5.8 Hasil Uji MLVA Bakteri A. baumannii-calcoaceticus complex

Resistan Karbapenem di RSUP Prof. dr. R. D. Kandou Manado
Keterangan: Hasil uji MLVA diperoleh MT2 dominan di RSUP Prof. dr. R. D. Kandou.
65
Hasil uji MLVA pada bakteri A. baumannii-calcoaceticus complex resistan
karbapenem di RSUP Prof. dr. R. D. Kandou diperoleh grup MLVA sebanyak
lima grup dari, yaitu MT2 terdiri dari sampel MDO-3, 7, 10-12, 16-19, 21, 22, 24-
29; MT3 terdiri dari sampel MDO-1, 8, 23, 30; MT4 terdiri dari sampel MDO-5, 6,
13, 14, 15; MT5 terdiri dari sampel MDO-4 dan MDO-2; MT6 terdiri dari sampel
MDO-9 dan MDO-20.
Hasil uji MLVA yang diperoleh dari kedua rumah sakit penelitian
menunjukkan didominasi MT2 yang berasal dari spesimen lower respiratory tract
(24/35 [68.5%]), darah (5/35 [14.3%]), pus (3/35 [8.6%]), dan urine (3/35 [8.6%]).
MT 2 diperoleh sebanyak 18 isolat bakteri A. baumannii-calcoaceticus complex
resistan karbapenem dari RSUD dr. Saiful Anwar, Malang dan sebanyak 17 isolat
bakteri A. baumannii-calcoaceticus complex resistan karbapenem dari RSUP
Selain itu, kedua terbanyak MT3 yang berasal dari spesimen lower
respiratory tract (12/25 [48%]), darah (6/25 [24%]), pus (4/25 [16%]), dan urine
(3/25 [12%]) ditemukan sebanyak 21 isolat bakteri A. baumannii-calcoaceticus
complex resistan karbapenem dari RSUD dr. Saiful Anwar, Malang dan sebanyak
4 isolat bakteri A. baumannii-calcoaceticus complex resistan karbapenem dari
66
Tabel 5.4 Hasil Uji MLVA Bakteri A. baumannii-calcoaceticus complex
Resistan Karbapenem di RSUD dr. Saiful Anwar Malang dan
No. MLVA RSUD dr. RSUP Prof.
Abaum-1988
Abaum-3530
Abaum-3002
Abaum-2240
Abaum-0826
Abaum-2396
Abaum-3468
Abaum-0845
Type Saiful Anwar dr. R. D.
(MT) Malang Kandou
Manado
1. MT1 5 6 7 3 15 17 12 20 4 (9,3%)
2. MT2 9 7 7 4 17 12 12 20 18 (41,9%) 17 (56,6%)
3. MT3 5 6 8 3 17 22 12 22 21 (48,8%) 4 (13,3%)
4. MT4 5 1 7 3 17 12 12 22 5 (16,7%)
5. MT5 8 6 8 3 - 17 13 20 2 (6,7%)
6. MT6 9 1 - - - 17 9 20 2 (6,7%)
Keterangan: Hasil MLVA diperoleh MT2 dan MT3 dominan di RSUD dr. Saiful Anwar,
Malang, dan MT2 dominan di RSUP Prof. dr. R. D. Kandou.
Pemilihan sebelas isolat bakteri A. baumannii--calcoaceticus complex
resistan karbapenem yang ditentukan berdasarkan jumlah isolat pada keenam
MT dan secara random dengan rincian sebagai berikut satu isolat dari MT1,
empat isolat dari MT2, tiga isolat dari MT3, dan masing-masing satu isolat dari
MT4, MT5, MT6. Kesebelas strain A. baumannii-calcoaceticus complex resistan
karbapenem mewakili dari enam MT dilanjutkan untuk analisis sequence type,
clonal complex, dan phylogenetic tree.
67
5.5 Identifikasi Gen “housekeeping” dan MLST bakteri A. baumannii-
calcoaceticus complex resistan karbapenem
Hasil sebelas isolat bakteri A. baumannii--calcoaceticus complex resistan
karbapenem yang dilakukan uji MLST diperoleh hasil ST2 sebanyak 3 isolat,
ST641 sebanyak 1 isolat, ST642 sebanyak 5 isolat, ST823 sebanyak 1 isolat,
ST1276 sebanyak 1 isolat. ST642 ditemukan terbanyak di RSUD dr. Saiful Anwar
Malang, sedangkan hasil MLST bervariasi di RSUP Prof. dr. R. D. Kandou
Manado, dan hasil MLST dapat dilihat di Tabel 5.5.
5.6 Uji Clonal Complex bakteri A. baumannii-calcoaceticus complex
resistan karbapenem
Hasil uji clonal complex dari sebelas isolat bakteri A. baumannii-
calcoaceticus complex resistan karbapenem menggunakan uji algoritma
eBURST versi 3 (http://eburst.mlst.net/) diperoleh hasil CC1 mendominasi di
RSUD dr. Saiful Anwar, Malang, sedangkan CC2 terbanyak di RSUP Prof. dr. R.
D. Kandou, Manado, dan hasil clonal complex dapat dilihat di Tabel 5.5.
5.7 Phylogenetic tree bakteri A. baumanni-calcoaceticus complex
resistan karbapenem
Hasil uji sequence type bakteri A. baumannii-calcoaceticus complex
iresistan karbapenem menggunakan PCR, dilanjutkan pengujian untuk
memperoleh hasil Phylogenetic tree bakteri A. baumannii-calcoaceticus complex
resistan karbapenem menggunakan MEGA X dengan metode Neighbor-joining.
Analisis filogenetik menunjukkan hubungan yang erat antara empat isolat
dari Malang, yaitu MLG-8, MLG-31, MLG-32, dan MLG-42 (clade 1). Selain itu,
68
MLG-30 dari Malang berkerabat dekat dengan MDO-9 dan MDO-26 dari Manado
(clade 2) dari RSUD dr. Saiful Anwar Malang dan RSUP Prof. dr. R. D. Kandou
Manado dapat dilihat pada Gambar 5.9.
Gambar 5.9 Phylogenetic Tree Bakteri A. baumannii-calcoaceticus complex

Resistan Karbapenem Menggunakan Metode Neighbor-Joining
Keterangan: Hasil Phylogenetic relatednes diperoleh 2 clade yaitu CC1 dominan di

RSUD dr. Saiful Anwar, Malang, dan CC2 dominan di RSUP Prof. dr. R. D. Kandou.
69
Tabel 5.5 Hasil Uji Sequencing Type dan Clonal Complex Bakteri A. baumannii-calcoaceticus complex Resistan
Karbapenem di RSUD dr. Saiful Anwar Malang dan RSUP Prof. dr. R. D. Kandou Manado
No. MLVA Sampel Locus sequence and allele number Sequencing Clonal
Type (MT) cpn60 fusA gltA pyrG recA rpiB rpoB Type (ST) Complex (CC)
1. MT 1 MLG-42 1 1 1 1 9 1 1 642 1
2. MT 2 MLG-30 2 2 2 2 2 2 2 2 2
3. MLG-41 2 2 2 2 2 2 2 2 2
4. MDO-18 2 125 2 2 2 2 2 823 2
5. MDO-26 2 2 2 2 2 2 2 2 2
6. MT 3 MLG-8 1 1 1 1 9 1 1 642 1
7. MLG-31 1 1 1 1 9 1 1 642 1
8. MLG-32 1 1 1 1 9 1 1 642 1
9. MT 4 MDO-6 382 267 14 188 9 17 1 642 1
10. MT 5 MDO-2 192 26 91 14 192 16 47 1276 singleton
11. MT 6 MDO-9 2 1 1 2 68 2 201 641 2
Keterangan: Hasil ST diperoleh ST642 dan CC1 dominan di RSUD dr. Saiful Anwar, Malang, dan ST bervariasi dan CC2 dominan di RSUP
Prof. dr. R. D. Kandou.
70
BAB 6
PEMBAHASAN
6.1 Pola dan Prevalensi Bakteri A. baumannii-calcoaceticus complex

Resistan Karbapenem di RSUD dr. Saiful Anwar, Malang dan RSUP
Penelitian ini merupakan penelitian pertama untuk eksplorasi dan
mengetahui epidemiologi molekuler bakteri A. baumannii-calcoaceticus complex
resistan karbapenem yang dilakukan di dua rumah sakit rujukan, yaitu RSUD dr.
Saiful Anwar, Malang, Jawa Timur, dan RSUP Prof. dr. R. D. Kandou, Manado,
Sulawesi Utara.
Penelitian yang dilakukan di RSUD dr. Saiful Anwar, Malang diisolasi dan
diidentifikasi bakteri A. baumannii--calcoaceticus complex resistan karbapenem
berasal dari sampel darah sebanyak 9 (20,9%), sputum sebanyak 28 (65,2%),
urine sebanyak 5 (11,6%), dan pus sebanyak 1 (2,3%). Angka kejadian infeksi
bakteri A. baumannii-calcoaceticus complex resistan karbapenem pada
penelitian saat ini terjadi peningkatan jika dibandingkan angka kejadian pada
tahun 2016 (Santoso et al., 2016). Penelitian yang dilakukan di RSUP Prof. dr. R.
D. Kandou, Manado diperoleh hasil isolasi bakteri A. baumannii-calcoaceticus
complex resistan karbapenem berasal dari sampel darah sebanyak 2 (6,6%),
sputum sebanyak 14 (46,7%), urine sebanyak 3 (10%), dan pus sebanyak 11
(36,7%). Hasil isolasi bakteri A. baumannii-calcoaceticus complex resistan
karbapenem dari urine di RSUP Prof. dr. R. D. Kandou, Manado sebanding
penelitian yang dilakukan di RSUD dr. Soetomo, Surabaya dengan angka
71
kejadian infeksi bakteri A. baumannii resistan karbapenem dari urine sebesar
10,7% (Kuntaman et al., 2018).
Hasil penelitian uji sensitivitas antibiotik bakteri A. baumannii-
calcoaceticus complex resistan karbapenem di RSUD dr. Saiful Anwar, Malang
dan RSUP Prof. dr. R. D. Kandou, Manado menunjukkan kategori resistansi
antibiotik extensively drug resistant (XDR), hasil ini berbeda dengan hasil
penelitian yang masih multidrug resistant (MDR) di Jakarta dan Surabaya
(Kuntaman et al., 2018; Saharman et al., 2018) dan juga di Mesir (El Bannah et
al., 2017; Kashef, 2017), Taiwan (C. Y. Lin et al., 2016), Nepal (Shrestha et al.,
2015), dan Los Angeles (El-Shazly et al., 2015). Hal ini menunjukkan bahwa
telah terjadi peningkatan insiden resistan antibiotik dan penyebaran yang luas
gen resistan karbapenemase dari bakteri A. baumannii-calcoaceticus complex
resistan karbapenem secara luas, termasuk di RSUD dr. Saiful Anwar, Malang,
Jawa Timur, dan RSUP Prof. dr. R. D. Kandou, Manado, Sulawesi Utara,
sehingga menjadi peringatan kepada semua tenaga medis di setiap rumah sakit
di Indonesia untuk waspada dan bijak dalam penggunaan antibiotik yang
digunakan kepada pasien rawat inap di rumah sakit.
Bakteri A. baumannii-calcoaceticus complex resistan karbapenem telah
menunjukkan tingkat resistan antibiotik XDR di RSUD dr. Saiful Anwar, Malang
dan RSUP Prof. dr. R. D. Kandou, Manado, tetapi masih ada beberapa antibiotik
yang memberikan hasil uji sensitivitas yang masih sensitif terhadap bakteri A.
baumannii-calcoaceticus complex resistan karbapenem, yaitu di RSUD dr. Saiful
Anwar, Malang masih ada sebanyak 14 sampel (32,5%) yang sensitif terhadap
antibiotik trimethoprim-sulfamethoxazole, sebanyak 15 sampel (34,9%) yang
sensitif terhadap antibiotik amikasin, dan sebanyak 24 sampel (55,8%) yang
72
sensitif terhadap antibiotik tigesiklin, sedangkan di RSUP Prof. dr. R. D. Kandou,
Manado masih ada sebanyak 13 sampel (43,3%) yang sensitif terhadap antibiotik
trimethoprim-sulfamethoxazole, sebanyak 16 sampel (53,3%) yang sensitif
terhadap antibiotik amikasin, dan sebanyak 29 sampel (96,7%) yang sensitif
terhadap antibiotik tigesiklin. Hal ini memberikan alternatif dan terapi yang
relevan baik secara terapi tunggal atau terapi kombinasi antibiotik terhadap
infeksi bakteri A. baumannii-calcoaceticus complex resistan karbapenem dan
juga perlu penelitian lebih lanjut terhadap ketiga antibiotik tersebut, sehingga
diperoleh kejelasan tentang mekanisme kerja obat dan dapat dilakukan penelitian
senyawa ekstrak yang memiliki mekanisme kerja seperti ketiga obat tersebut.
Hasil penelitian ini sama juga yang ditemukan di RSUD dr. Soetomo, Surabaya
(Kuntaman et al., 2018), Nepal (Shrestha et al., 2015), dan Los Angeles (El-
Shazly et al., 2015).
6.2 Identifikasi Isolat Produksi Karbapenemase Bakteri A. baumannii-

calcoaceticus complex Resistan Karbapenem di RSUD dr. Saiful
Anwar, Malang dan RSUP Prof. dr. R. D. Kandou, Manado
Bakteri A. baumannii-calcoaceticus complex resistan karbapenem dari
RSUD dr. Saiful Anwar, Malang dan RSUP Prof. dr. R. D. Kandou, Manado
dilakukan uji produksi karbapenemase menggunakan modified carbapenem
inactivation method (mCIM), dan apabila hasil uji produksi karbapenemase positif
maka akan dilanjutkan dengan EDTA-carbapenem inactivation method (eCIM)
untuk mengetahui isolat bakteri Bakteri A. baumannii-calcoaceticus complex
resistan karbapenem menghasilkan metallo-β-lactamase atau serine
73
carbapenemase (McMullen et al., 2017; Simner et al., 2018; Clinical and
Isolat bakteri A. baumannii-calcoaceticus complex resistan karbapenem
dari RSUD dr. Saiful Anwar, Malang diperoleh 42 sampel positif memproduksi
karbapenemase dengan 1 sampel (sampel MLG-17) negatif produksi
karbapenemase tetapi ditemukan adanya gen resistan karbapenemase OXA-23.
Hal ini perlu penelitian lebih lanjut tentang gen resistan karbapenemase yang lain
dan juga meneliti mekanisme resistansi antibiotik dari mekanisme yang lain
seperti identifikasi porin dan pompa efluks pada isolat bakteri A. baumannii-
calcoaceticus complex resistan karbapenem dari RSUD dr. Saiful Anwar,
Malang. Hasil penelitian yang diperoleh sesuai dengan penelitian yang dilakukan
di Washington dan Maryland, USA (McMullen et al., 2017; Simner et al., 2018).
Penelitian uji produksi karbapenemase di RSUP Prof. dr. R. D. Kandou,
Manado diperoleh 29 sampel memproduksi karbapenemase, dan 1 sampel
(MDO-14) negatif produksi karbapenemase dan tidak terdeteksi gen resistan
karbapenem. Hasil penelitian sesuai penelitian yang dilakukan di Washington
dan RSUD dr. Soetomo, Surabaya (McMullen et al., 2017; Kuntaman et al.,
2018).
Produksi karbapenemase negatif disebabkan oleh bakteri A. baumannii-
calcoaceticus complex memiliki derajat rendah permeabilitas OMP (Sun et al.,
2017) dan OXA (blaOXA-23) merupakan jenis karbapenemase paling umum
yang diproduksi oleh bakteri A. baumannii-calcoaceticus complex, tetapi tidak
efisien dan karbapenemase tereduksi, berbeda dengan serin kelas A (blaKPC)
dan kelas B metallo-β-laktamase (blaNDM) lainnya. Bakteri A. baumannii-
calcoaceticus complex resistan karbapenem juga dapat disebabkan oleh

74
mekanisme resistansi lain, seperti mutasi porin atau pompa efluks (Potron et al.,
2015). Hasil eCIM menunjukkan metallo-β-laktamase dominan di dua rumah
sakit di Manado dan Malang.
6.3 Identifikasi Gen Resistan Bakteri A. baumannii-calcoaceticus

complex Resistan Karbapenem di RSUD dr. Saiful Anwar, Malang
dan RSUP Prof. dr. R. D. Kandou, Manado
Identifikasi gen resistan karbapenemase merupakan penelitian pertama
kali dilakukan untuk mengidentifikasi gen resistan blaKPC, blaNDM, blaOXA-23
menggunakan metode simplex PCR pada bakteri bakteri A. baumannii-
calcoaceticus complex resistan karbapenem di dua rumah sakit rujukan, yaitu
RSUD dr. Saiful Anwar, Malang, Jawa Timur, dan RSUP Prof. dr. R. D. Kandou,
Manado, Sulawesi Utara.
Hasil identifikasi gen resistan blaKPC, blaNDM, blaOXA-23 pada sampel
yang diisolasi dari RSUD dr. Saiful Anwar, Malang ditemukan 2 sampel (4,6%)
positif gen resistan karbapenemase blaNDM dan blaOXA-23 yaitu sampel MLG-
13 dan sampel MLG-16. Ditemukan 39 sampel (90,7%) positif gen resistan
karbapenemase blaOXA-23, dan 4 sampel (9,3%) tidak ditemukan gen resistan
karbapenem yaitu sampel MLG-3, MLG-5, MLG-12, MLG-14. Penelitian gen
resistan karbapenemase di RSUP Prof. dr. R. D. Kandou, Manado diperoleh hasil
identifikas 1 sampel (3,3%) positif gen resistan karbapenemase blaNDM, dan 18
sampel (60%) positif gen resistan karbapenemase blaOXA-23 serta 11 sampel
(36,7%) tidak terdeteksi gen resistan karbapenem. Hasil penelitian ini sesuai
dengan penelitian di Jakarta diperoleh gen resistan karbapenemase blaNDM dan
blaOXA-23 (1,3%) dan blaOXA-23 (91,8%) (Saharman et al., 2018), Japan

75
diperoleh gen resistan karbapenemase blaOXA-23 (85%) (Kubo et al., 2015),
Mesir diperoleh gen resistan karbapenemase blaNDM dan blaOXA-23 (2%) dan
blaOXA-23 (72%) (El Bannah et al., 2017), Los Angeles, California, USA
ditemukan gen resistan karbapenemase blaOXA-23 (57,1%) (El-Shazly et al.,
2015). Hal ini menunjukkan gen resistan karbapenemase OXA-23 sudah tersebar
luas di dunia, termasuk di Asia tenggara (Hsu et al., 2017). Hasil penelitian
berbeda dengan hasil penelitian di RSUD dr. Soetomo, Surabaya yang
menunjukkan gen resistan yang dominan adalah blaNDM (Kuntaman et al.,
2018), dan perbedaan ini dapat disebabkan karena perbedaan tempat penelitian
dan juga mobilitas manusia yang akan mempengaruhi penyebaran strain bakteri
A. baumannii-calcoaceticus complex resistan karbapenem (MacPherson et al.,
2009).
Penelitian ini ditemukan gen resistan karbapenem blaNDM menunjukkan
resistansi terhadap antibiotik golongan penisilin, sefalosporin, sulfonamid,
fluorokuinolon, karbapenem dan sebagian aminoglikosida, tetapi masih sensitif
terhadap antibiotik amikasin dan tigesiklin. Gen resistan karbapenem blaOXA-23
menunjukkan resistansi terhadap antibiotik golongan penisilin, sefalosporin,
fluorokuinolon, karbapenem dan sebagian aminoglikosida, tetapi masih sensitif
terhadap antibiotik amikasin, tigesiklin dan trimethoprim-sulfametoxazol. Hal ini
terjadi karena blaOXA-23 dapat menghidrolisis antibiotik golongan penisilin,
sefalosporin, fluorokuinolon dan karbapenem (Nowak & Paluchowska, 2016), dan
sesuai penelitian di Vietnam menunjukkan sensitif hanya antibitik trimethoprim-
sulfametoxazol (Quoc et al., 2019). Menariknya, dua sampel yang teridentikasi
gen resistan karbapenem blaNDM dan blaOXA-23 cuma sensitif terhadap
trimethoprim-sulfametoxazol, sedangkan satu sampel yang lain masih sensitif
76
terhadap antibiotik amikasin dan tigesiklin, tetapi untuk zona hambat
menunjukkan hasil yang sama. Peneliti menduga pada sampel yang
teridentifikasi satu gen resistan karbapenem bisa terdapat gen resistan yang lain
yang tidak diteliti pada penelitian ini.
Penelitian di RSUD dr. Saiful Anwar, Malang, Jawa Timur, dan RSUP
Prof. dr. R. D. Kandou, Manado, Sulawesi Utara ditemukan produksi
karbapenemase positif, tetapi tidak ditemukan gen resistan karbapenemase
blaKPC, blaNDM, blaOXA-23. Oleh sebab itu, perlu penelitian lebih lanjut tentang
gen resistan metallo-β-lactamase yang lain, seperti blaIMP, blaVIM, dan blaSIM
atau gen resistan serine carbapenemase dari kelas A dan D, dan juga meneliti
mekanisme resistansi antibiotik dari mekanisme yang lain seperti identifikasi
porin dan pompa efluks (Bonomo & Szabo, 2006; Vila et al., 2007; Manchanda et
al., 2010) pada isolat bakteri A. baumannii-calcoaceticus complex resistan
karbapenem dari RSUD dr. Saiful Anwar, Malang dan RSUP Prof. dr. R. D.
Kandou, Manado.
6.4 Uji MLVA Bakteri A. baumannii-calcoaceticus complex Resistan

Karbapenem di RSUD dr. Saiful Anwar, Malang dan RSUP Prof. dr. R.
D. Kandou, Manado
Uji MLVA yang dilakukan pada sampel bakteri A. baumannii-
calcoaceticus complex resistan karbapenem di RSUD dr. Saiful Anwar Malang
dan RSUP Prof. dr. R. D. Kandou Manado, maka diperoleh hasil tipe MLVA
sebanyak tiga tipe MLVA di RSUD dr. Saiful Anwar Malang dan sebanyak lima
tipe MLVA dari bakteri A. baumannii-calcoaceticus complex resistan karbapenem
di RSUP Prof. dr. R. D. Kandou. Ada dua tipe MLVA yang dominan di RSUD dr.
77
Saiful Anwar Malang, yaitu MT2 dan MT3, sedangkan di RSUP Prof. dr. R. D.
Kandou Manado diperoleh MT2 yang dominan. Hal ini menunjukkan bahwa
adanya mobilisasi manusia baik secara domestik maupun internasional ke kedua
kota Malang dan Manado, karena kedua kota tersebut merupakan kota
pariwisata baik nasional maupun internasional. Selain itu, terdapat perbedaan
tipe MLVA di Malang dan Manado yang dapat dipengaruhi oleh iklim,
penggunaan antibiotik, geografis dan mobilisasi manusia (MacPherson et al.,
2009). Hasil MLVA yang diperoleh sesuai dengan penelitian yang dilakukan di
Maryland USA (Johnson et al., 2016), Perancis (Pourcel et al., 2011), Cina (Hu et
al., 2013), Iran (Azimi et al., 2016), Italia dan Malaysia (http://mlva.u-
psud.fr/MLVAnet/). Peneliti berpendapat bahwa telah terjadi penyebaran strain
atau grup dari satu tempat ke tempat lain yang dipengaruhi oleh transfer konjugal
bakteri A. baumannii-calcoaceticus complex resistan karbapenem dan adanya
mobilitas manusia antar negara atau benua (MacPherson et al., 2009).
Hasil uji MLVA bakteri A. baumannii-calcoaceticus complex resistan
karbapenem dilanjutkan uji MLST berdasarkan persentasi masing-masing tipe
MLVA dengan pemilihan sampel menggunakan proporsional random. Hasil uji
MLVA bisa digunakan sebagai data awal (baseline data) di dua rumah sakit,
sehingga apabila terjadi outbreak infeksi bakteri A. baumannii-calcoaceticus
complex resistan karbapenem bisa menggunakan uji MLVA untuk menentukan
clonality relatedness atau evolution relationship di dua rumah sakit tersebut.
78
6.5 Uji MLST Bakteri A. baumannii-calcoaceticus complex Resistan
Karbapenem
Hasil MLST yang diperoleh dari perwakilan hasil tipe MLVA bakteri A.
baumannii-calcoaceticus complex resistan karbapenem dari RSUD dr. Saiful
Anwar, Malang dan RSUP Prof. dr. R. D. Kandou, Manado adalah ST2, ST641,
ST642, ST823, ST1276.
Hasil sequence type bakteri A. baumannii-calcoaceticus complex resistan
karbapenem yang diperoleh ada yang sama dengan hasil penelitian yang
dilakukan di Jakarta (Saharman et al., 2018) yaitu ST642. Hasil sequence type
bakteri A. baumannii-calcoaceticus complex resistan karbapenem sama dengan
penelitian yang dilakukan di Nepal (Shrestha et al., 2015) dan Los Angeles (El-
Shazly et al., 2015) yaitu ST2. Hal ini dapat diduga telah terjadi penyebaran
strain atau grup dari satu tempat ke tempat lain yang dipengaruhi oleh transfer
konjugal bakteri A. baumannii-calcoaceticus complex resistan karbapenem dan
adanya mobilitas manusia antar negara atau benua (MacPherson et al., 2009),
lebih khusus ST642 yang dominan ditemukan di Malang, dan menunjukkan
kesamaan hasil dengan Jakarta karena Jakarta dan Malang berada dalam satu
pulau yaitu pulau Jawa. Selain itu, ST642 juga ditemukan di Pakistan (Khurshid
et al., 2020), hal ini dapat diduga telah terjadi penyebaran ST642 di Asia.
Penemuan bakteri A. baumannii-calcoaceticus complex resistan
karbapenem dengan ST642 yang dominan di RSUD dr. Saiful Anwar, Malang
menunjukkan telah terjadi transmisi bakteri A. baumannii-calcoaceticus complex
resistan karbapenem di RSUD dr. Saiful Anwar, Malang, sehingga harus lebih
lagi diperketat monitoring dan supervisi tentang pemutusan transmisi infeksi
79
nosokomial dan penggunaan antibiotik karbapenem oleh tim pencegahan dan
pengendalian infeksi di RSUD dr. Saiful Anwar, Malang.
Hasil ST2 kedua terbanyak yang ditemukan sebanyak dua isolat bakteri
A. baumannii-calcoaceticus complex resistan karbapenem di RSUD dr. Saiful
Anwar, Malang dan satu isolat bakteri A. baumannii-calcoaceticus complex
resistan karbapenem di RSUP Prof. dr. R. D. Kandou, Manado. Hasil penelitian
ST2 ditemukan juga di Nepal (Shrestha et al., 2015) dan Los Angeles (El-Shazly
et al., 2015).
Pada penelitian ini, ditemukan juga hasil sekuensing yang lain, yaitu
ST641, ST823, dan ST1276. Hasil ST641 ditemukan di Kolombia (Correa et al.,
2018), ST823 sama ditemukan di Cina (Bi et al., 2019), dan ST1276 ditemukan di
Taiwan [PubMLST database (http://pubmlst.org/abaumannii/)]. Peneliti menduga
telah terjadi penyebaran ketiga ST di atas, karena adanya kesepakatan kerja
sama di bidang pariwisata Pemerintah Daerah Sulawesi Utara dengan
Pemerintah Cina dan Taiwan dengan telah dibuka penerbangan langsung antara
Manado dengan Cina dan Taiwan.
Pada penelitian ini juga ditemukan hasil sequence type yang baru bakteri
A. baumannii-calcoaceticus complex resistan karbapenem di kedua rumah sakit
tersebut adalah ST823 dan ST1276 di Malang dan Manado.
6.6 Uji Clonal Complex Bakteri A. baumannii-calcoaceticus complex
Resistan Karbapenem
Hasil clonal complex yang diperoleh dari perwakilan hasil tipe MLVA
bakteri A. baumannii-calcoaceticus complex resistan karbapenem dari RSUD dr.
80
Saiful Anwar, Malang dan RSUP Prof. dr. R. D. Kandou, Manado adalah CC1
dan CC2.
Bakteri A. baumannii-calcoaceticus complex pada CC1 resistan terhadap
antibiotik yaitu kelas aminoglikosida yaitu gentamisin, amikasin, tobramisin, dan
kelas fluorokuinolon, yaitu ofloxacin, sedangkan CC2 menunjukkan resistan
terhadap antibiotik ampisilin-sulbaktam, imipenem, gentamisin, amikasin,
tobramisin, ofloxacin, tetrasiklin, dan sulfametoksasol-trimetoprim (Diancourt et
al., 2010).
Hasil clonal complex bakteri A. baumannii-calcoaceticus complex resistan
karbapenem yang diperoleh ada yang sama dengan hasil penelitian yang
dilakukan di Nepal (Shrestha et al., 2015) dan Los Angeles (El-Shazly et al.,
2015) yaitu CC1 dan CC2. Hasil penelitian ini menunjukkan telah terjadi
penyebaran strain atau grup dari satu tempat ke tempat lain yang dipengaruhi
oleh transfer konjugal bakteri A. baumannii-calcoaceticus complex resistan
karbapenem dan adanya mobilitas manusia antar negara atau benua
(MacPherson et al., 2009).
6.7 Phylogenetic Tree Bakteri A. baumannii-calcoaceticus complex
Resistan Karbapenem
Isolat MDO-2 yang memiliki ST1276 berdiri sendiri, diduga karena telah
terjadi mutasi dibandingkan dengan isolat lain dalam CC1 dan CC2 dan masih
singleton. Isolat MDO-6 masih berkerabat dekat dengan ancestor (root of the
tree), sehingga dapat diasumsikan tidak banyak mengalami mutasi, dan
termasuk dalam CC1.
81
Phylogenetic Tree menunjukkan dua klon utama isolat bakteri A.
baumannii-calcoaceticus complex resistan karbapenem yaitu CC1 dan CC2. CC1
ditemukan dominan di isolat Malang, sedangkan CC2 lebih dominan
prevalensinya di Manado (Si-Tuan et al., 2017). Peneliti menduga dinamika
populasi antara Malang dan Manado rendah.
6.8 Keterbatasan Penelitian
Penelitian ini memiliki keterbatasan yaitu tidak menampilkan data klinis
dari pasien; tidak mengidentifikasi gen resistansi yang lain dari Kelas A (GES,
PER, TEM, VEB), kelas B (IMP, VIM, SIM) dan kelas D (OXA-24, OXA-25, OXA-
40, OXA-51, OXA-58), dan mekanisme resistansi karbapenem yang lain seperti
porin, OMP dan pompa efluks; tidak melakukan sequensing semua sampel
bakteri A. baumannii-calcoaceticus complex resistan karbapenem.
6.9 Kebaruan (Novelty) Penelitian
Kebaruan hasil penelitian ini berdasarkan hasil epidemiologi molekular
isolat A. baumannii-calcoaceticus complex resistan karbapenem ditemukan
ST642 CC1 didominasi di RSUD dr. Saiful Anwar, Malang, dan ditemukan juga di
RSUP dr. Cipto Mangunkusumo, Jakarta, serta di RSUP Prof. dr. R. D. Kandou,
Manado. Berdasarkan publikasi sebelumnya ST642 belum tercatat di dalam
international biobank sebagai bagian dari CC1. Oleh karena itu, ST642 CC1
pada penelitian ini akan diregistrasikan sebagai ST baru anggota dari CC1 ke
pubMLST. Clonal complex 1 memiliki pola resistansi antibiotik yang khas, yaitu
resistan terhadap kelas aminoglikosida yaitu gentamisin, amikasin, tobramisin,
dan kelas fluorokuinolon yaitu ofloxacin. Dominasi CC1 pada penelitian ini diduga
82
terkait dengan penggunaan secara intensif antibiotik kelas aminoglikosida dan
fluorokuinolon di RSUD dr. Saiful Anwar, Malang, namun perlu penelitian lebih
lanjut tentang hal ini.
Berbeda dengan RSUD dr. Saiful Anwar, Malang, hasil penelitian
epidemiologi molekular isolat A. baumannii-calcoaceticus complex resistan
karbapenem menunjukkan bervariasi di RSUP Prof. dr. R. D. Kandou, Manado,
tetapi menariknya ditemukan singleton ST1276 yang dapat disebabkan oleh
mutasi gen pada bakteri. Mutasi dapat terjadi secara spontan atau disebabkan
oleh paparan agen yang dapat menginduksi mutasi seperti antibiotik, lingkungan
dan iklim. Hasil ST1276 yang ditemukan pada penelitian dikelompokkan pada
new clone karena belum ada di pubMLST.
Clone utama
Transmisi silang
ST642 CC1
resistan karbapenem
Antibiotik
Mutasi
Mutasi Lingkungan
spontan
Iklim
Clone baru
Singleton ST1276
Gambar 6.1 Kebaruan (Novelty) Konsep Ilmiah Bakteri A. baumannii-

83
BAB 7
KESIMPULAN DAN SARAN
7.1 Kesimpulan
7.1.1 Kesimpulan Umum
Terdapat perbedaan pola genetik bakteri A. baumannii-calcoaceticus
complex antara RSUD dr. Saiful Anwar, Malang dengan RSUP Prof. dr. R. D.
Kandou Manado. Bakteri A. baumannii-calcoaceticus complex ditemukan
dominan pada spesimen sputum; produksi karbapenemase didominasi oleh
Metallo-β-lactamase yang dikode secara dominan oleh gen blaOXA-23; MT
didominasi MT2 dan MT3 di RSUD dr. Saiful Anwar, Malang dan di RSUP Prof.
dr. R. D. Kandou Manado.
7.1.2 Kesimpulan Khusus
1. Terdapat perbedaan prevalensi infeksi bakteri A. baumannii-calcoaceticus
RSUP Prof. dr. R. D. Kandou Manado,
2. Bakteri A. baumannii-calcoaceticus complex resistan karbapenem
memproduksi karbapenemase dan didominasi oleh metallo-β-lactamase
di RSUD dr. Saiful Anwar, Malang dan RSUP Prof. dr. R. D. Kandou
Manado.
3. Ditemukan gen resistansi karbapenemase bakteri A. baumannii-
calcoaceticus complex resistan karbapenem, yaitu blaNDM dan blaOXA-
84
23 di RSUD dr. Saiful Anwar, Malang dan RSUP Prof. dr. R. D. Kandou
Manado, dan ditemukan gen blaOXA-23 terbanyak di kedua rumah sakit.
4. Hasil uji MLVA sampel bakteri A. baumannii-calcoaceticus complex
resistan karbapenem ditemukan didominasi MT2 dan MT3 di RSUD dr.
Saiful Anwar Malang, dan MT2 terbanyak di RSUP Prof. dr. R. D. Kandou
Manado.
5. Hasil uji MLST sampel bakteri A. baumannii-calcoaceticus complex
resistan karbapenem ditemukan ST2, ST641, ST642, ST823, dan
ST1276. ST642 mendominasi di RSUD dr. Saiful Anwar Malang.
6. Hasil uji clonal complex sampel bakteri A. baumannii-calcoaceticus
complex resistan karbapenem didominasi CC1 di RSUD dr. Saiful Anwar
Malang dan CC2 di RSUP Prof. dr. R. D. Kandou Manado.
7. Phylogenetic tree menunjukkan dua klon utama isolat bakteri A.
baumannii-calcoaceticus complex resistan karbapenem yaitu CC1 di
RSUD dr. Saiful Anwar Malang dan CC2 di RSUP Prof. dr. R. D. Kandou
Manado.
7.2 Saran
1. Penelitian selanjutnya sebaiknya ditambahkan data klinis dari setiap
sampel dari pasien yang terlibat dalam penelitian.
2. Penelitian yang berikut harus ditambah dengan gen resistan
karbapenemase yang lain.
3. Penelitian berikut sebaiknya dilakukan investigasi juga terhadap
mekanisme resistan yang lain, seperti porin dan pompa efluks.
85
4. Penelitian selanjutnya sebaiknya melibatkan rumah sakit di setiap provinsi
sehingga diperoleh data bakteri A. baumannii-calcoaceticus complex
resistan karbapenem yang komprehensif di tingkat nasional.
5. Pencegahan dan pengendalian infeksi lebih diperhatikan untuk
mengantisipasi penularan infeksi bakteri A. baumannii-calcoaceticus
complex resistan karbapenem terutama yang memiliki kombinasi gen
resistan NDM dan OXA-23, serta monitoring ketat penggunaan antibiotik
karbapenem di dua rumah sakit.
86
DAFTAR PUSTAKA
Aliramezani, A., Douraghi, M., Hajihasani, A., Mohammadzadeh, M., Rahbar, M.

2016. Clonal relatedness and biofilm formation of OXA-23-producing
carbapenem resistant Acinetobacter baumannii isolates from hospital
environment. Microbial Pathogenesis, 99: 204–208.
https://doi.org/10.1016/j.micpath.2016.08.034
Amaral, L., Martins, A., Spengler, G., Molnar, J. 2014. Efflux pumps of Gram-
negative bacteria: What they do, how they do it, with what and how to deal
with them. Frontiers in Pharmacology, 4: 1–11.
https://doi.org/10.3389/fphar.2013.00168
Antunes, L. C. S., Visca, P., Towner, K. J. 2014. Acinetobacter baumannii:
Evolution of a global pathogen. Pathogens and Disease, 71(3): 292–301.
https://doi.org/10.1111/2049-632X.12125
Azimi, L., Talebi, M., Khodaei, F., Najafi, M., Lari, A. R. 2016. Comparison of
multiple-locus variable-number tandem-repeat analysis with pulsed-field gel
electrophoresis typing of carbapenemases producing Acinetobacter
baumannii isolated from burn patients. Burns, 42(2): 441–445.
https://doi.org/10.1016/j.burns.2015.08.024
Bartual, S. G., Seifert, H., Hippler, C., Luzon, M. A. D., Wisplinghoff, H.,
Rodríguez-Valera, F. 2005. Development of a multilocus sequence typing
scheme for characterization of clinical isolates of Acinetobacter baumannii.
Journal of Clinical Microbiology, 43(9): 4382–4390.
https://doi.org/10.1128/JCM.43.9.4382-4390.2005
Bassetti, M., Nicolini, L., Esposito, S., Righi, E., Viscoli, C. 2009. Current Status
of Newer Carbapenems. Current Medicinal Chemistry.
https://doi.org/10.2174/092986709787458498
Beceiro, A., Moreno, A., Fernández, N., Vallejo, J. A., Aranda, J., Adler, B., et al.
2014. Biological cost of different mechanisms of colistin resistance and their
impact on virulence in Acinetobacter baumannii. Antimicrobial Agents and
Chemotherapy, 58(1): 518–526. https://doi.org/10.1128/AAC.01597-13
Bergogne-Bé, E., Zin, R. É., Towner, K. J. 1996. Acinetobacter spp. as
nosocomial Pathogens: Clinical Microbiology Reviews, 9(2): 148–165.
87
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC172888/pdf/090148.pdf
Bi, D., Xie, R., Zheng, J., Yang, H., Zhu, X., Ou, H.-Y., et al. 2019. Large-Scale
Identification of AbaR-Type Genomic Islands in Acinetobacter baumannii
Reveals Diverse Insertion Sites and Clonal Lineage-Specific Antimicrobial
Resistance Gene Profiles Dexi. Antimicrob Agents Chemother, 63(4): 1–9.
https://doi.org/https://doi.org/10.1128/AAC .02526-18.
Blanco, P., Hernando-Amado, S., Reales-Calderon, J., Corona, F., Lira, F.,
Alcalde-Rico, M., et al. 2016. Bacterial Multidrug Efflux Pumps: Much More
Than Antibiotic Resistance Determinants. Microorganisms, 4(1): 14.
https://doi.org/10.3390/microorganisms4010014
Bonnin, R. A., Nordmann, P., Potron, A., Lecuyer, H., Zahar, J. R., Poirel, L.
2011. Carbapenem-hydrolyzing GES-type extended-spectrum β-lactamase
in Acinetobacter baumannii. Antimicrobial Agents and Chemotherapy.
https://doi.org/10.1128/AAC.00773-10
Bonomo, R. A., Szabo, D. 2006. Mechanisms of multidrug resistance in
Acinetobacter species and Pseudomonas aeruginosa. Clinical Infectious
Diseases. https://doi.org/10.1086/504477
Braun, G., Vidotto, M. C. 2004. Evaluation of adherence, hemagglutination, and
presence of genes codifying for virulence factors of Acinetobacter baumannii
causing urinary tract infection. Memorias Do Instituto Oswaldo Cruz.
https://doi.org/10.1590/S0074-02762004000800010
Brown, S., Amyes, S. 2006. OXA β-lactamases in Acinetobacter: The story so
far. Journal of Antimicrobial Chemotherapy, 57(1): 1–3.
https://doi.org/10.1093/jac/dki425
Canduela, M. J., Gallego, L., Sevillano, E., Valderrey, C., Calvo, F., Pérez, J.
2006. Evolution of multidrug-resistant Acinetobacter baumannii isolates
obtained from elderly patients with respiratory tract infections. Journal of
Antimicrobial Chemotherapy. https://doi.org/10.1093/jac/dkl129
Choi, C. H., Lee, E. Y., Lee, Y. C., Park, T. I., Kim, H. J., Hyun, S. H., et al. 2005.
Outer membrane protein 38 of Acinetobacter baumannii localizes to the
mitochondria and induces apoptosis of epithelial cells. Cellular Microbiology.
https://doi.org/10.1111/j.1462-5822.2005.00538.x
Choi, C. H., Lee, J. S., Lee, Y. C., Park, T. I., Lee, J. C. 2008. Acinetobacter
88
baumannii invades epithelial cells and outer membrane protein A mediates
interactions with epithelial cells. BMC Microbiology, 8: 1–11.
https://doi.org/10.1186/1471-2180-8-216
Clinical and Laboratory Standards Institute. (2019). https://doi.org/10.1007/978-3-
662-48986-4_300416
Coelho, J. M., Turton, J. F., Kaufmann, M. E., Glover, J., Woodford, N., Warner,
M., et al. 2006. Occurrence of carbapenem-resistant Acinetobacter
baumannii clones at multiple hospitals in London and Southeast England.
Journal of Clinical Microbiology, 44(10): 3623–3627.
https://doi.org/10.1128/JCM.00699-06
Correa, A., Del Campo, R., Escandón-Vargas, K., Perenguez, M., Rodríguez-
Banõs, M., Hernández-Gómez, C., et al. 2018. Distinct Genetic Diversity of
Carbapenem-Resistant Acinetobacter baumannii from Colombian Hospitals.
Microbial Drug Resistance, 24(1): 48–54.
https://doi.org/10.1089/mdr.2016.0190
Davies, J. 1994. Inactivation of antibiotics and the disseminaton of resistance
genes . Science, 264: 375–382.
Deng, Y., Bao, X., Ji, L., Chen, L., Liu, J., Miao, J., et al. 2015. Resistance
integrons: Class 1, 2 and 3 integrons. Annals of Clinical Microbiology and
Antimicrobials, 14(1): 1–11. https://doi.org/10.1186/s12941-015-0100-6
Desper, R., Gascuel, O. 2002. Fast and accurate phylogeny reconstruction
algorithms based on the Minimum-Evolution principle. Journal of
Computational Biology. https://doi.org/10.1089/106652702761034136
Deylam Salehi, M., Ferdosi-Shahandashti, E., Yahyapour, Y., Khafri, S.,
Pournajaf, A., Rajabnia, R. 2017. Integron-Mediated Antibiotic Resistance in
Acinetobacter baumannii Isolated from Intensive Care Unit Patients, Babol,
North of Iran. BioMed Research International.
https://doi.org/10.1155/2017/7157923
Diancourt, L., Passet, V., Nemec, A., Dijkshoorn, L., Brisse, S. 2010. The
population structure of Acinetobacter baumannii: Expanding multiresistant
clones from an ancestral susceptible genetic pool. PLoS ONE, 5(4).
https://doi.org/10.1371/journal.pone.0010034
Dijkshoorn, L., Aucken, H., Gerner-Smidt, P., Janssen, P., Kaufmann, M. E.,
89
Garaizar, J., et al. 1996. Comparison of outbreak and nonoutbreak
Acinetobacter baumannii strains by genotypic and phenotypic methods.
Journal of Clinical Microbiology. https://doi.org/10.1128/jcm.34.6.1519-
1525.1996
Doi, Y., Murray, G. L., Peleg, A. Y. 2015. Acinetobacter baumannii: Evolution of
antimicrobial resistance-treatment options. Seminars in Respiratory and
Critical Care Medicine. https://doi.org/10.1055/s-0034-1398388
Doi, Y., Murray, G. L., Peleg, A. Y., Hospital, A. 2016. HHS Public Access. 36(1):
85–98. https://doi.org/10.1055/s-0034-1398388.Acinetobacter
El-Shazly, S., Dashti, A., Vali, L., Bolaris, M., Ibrahim, A. S. 2015. Molecular
epidemiology and characterization of multiple drug-resistant (MDR) clinical
isolates of Acinetobacter baumannii. International Journal of Infectious
Diseases, 41: 42–49. https://doi.org/10.1016/j.ijid.2015.10.016
El Bannah, A. M. S., Nawar, N. N., Hassan, R. M. M., Salem, S. T. B. 2017.
Molecular Epidemiology of Carbapenem-Resistant Acinetobacter baumannii
in a Tertiary Care Hospital in Egypt: Clonal Spread of bla OXA-23. Microbial
Drug Resistance, 00(00), mdr.2017.0057.
https://doi.org/10.1089/mdr.2017.0057
Evans, B., Hamouda, A., G.B. Amyes, S. 2012. The Rise of Carbapenem-
Resistant Acinetobacter baumannii. Current Pharmaceutical Design.
https://doi.org/10.2174/13816128130204
Eveillard, M., Kempf, M., Belmonte, O., Pailhoriès, H., Joly-Guillou, M. L. 2013.
Reservoirs of Acinetobacter baumannii outside the hospital and potential
involvement in emerging human community-acquired infections.
International Journal of Infectious Diseases, 17(10): 4–7.
https://doi.org/10.1016/j.ijid.2013.03.021
Falagas, M. E., Kopterides, P. 2006. Risk factors for the isolation of multi-drug-
resistant Acinetobacter baumannii and Pseudomonas aeruginosa: a
systematic review of the literature. In Journal of Hospital Infection.
https://doi.org/10.1016/j.jhin.2006.04.015
Feil, E. J., Li, B. C., Aanensen, D. M., Hanage, W. P., Spratt, B. G. 2004.
eBURST: Inferring Patterns of Evolutionary Descent among Clusters of
Related Bacterial Genotypes from Multilocus Sequence Typing Data.
90
Journal of Bacteriology, 186(5): 1518–1530.
https://doi.org/10.1128/JB.186.5.1518-1530.2004
Fernández, L., Hancock, R. E. W. 2012. Adaptive and mutational resistance:
Role of porins and efflux pumps in drug resistance. Clinical Microbiology
Reviews, 25(4): 661–681. https://doi.org/10.1128/CMR.00043-12
Gascuel, O., Steel, M. 2006. Neighbor-joining revealed. In Molecular Biology and
Evolution. https://doi.org/10.1093/molbev/msl072
Gaynes, R., Edwards, J. R. 2005. Overview of nosocomial infections caused by
Gram-negative bacilli. Clinical Infectious Diseases, 41(6): 848–854.
https://doi.org/10.1086/432803
Ghaith, D. M., Zafer, M. M., Al-Agamy, M. H., Alyamani, E. J., Booq, R. Y.,
Almoazzamy, O. 2017. The emergence of a novel sequence type of MDR
Acinetobacter baumannii from the intensive care unit of an Egyptian tertiary
care hospital. Annals of Clinical Microbiology and Antimicrobials, 16(1): 1–8.
https://doi.org/10.1186/s12941-017-0208-y
Giamarellou, H., Antoniadou, A., Kanellakopoulou, K. 2008. Acinetobacter
baumannii: a universal threat to public health? In International Journal of
Antimicrobial Agents. https://doi.org/10.1016/j.ijantimicag.2008.02.013
Gohl, O., Friedrich, A., Hoppert, M., Averhoff, B. 2006. The thin pili of
Acinetobacter sp. strain BD413 mediate adhesion to biotic and abiotic
surfaces. Applied and Environmental Microbiology, 72(2): 1394–1401.
https://doi.org/10.1128/AEM.72.2.1394-1401.2006
Gordon, N. C., Wareham, D. W. 2010. Multidrug-resistant Acinetobacter
baumannii: mechanisms of virulence and resistance. International Journal of
Antimicrobial Agents, 35(3): 219–226.
https://doi.org/10.1016/j.ijantimicag.2009.10.024
Göttig, S., Pfeifer, Y., Wichelhaus, T. A., Zacharowski, K., Bingold, T., Averhoff,
B., et al. 2010. Global spread of New Delhi metallo-β-lactamase 1. In The
Lancet Infectious Diseases. https://doi.org/10.1016/S1473-3099(10)70275-9
Grundmann, H., Hori, S., Tanner, G. 2001. Determining confidence intervals
when measuring genetic diversity and the Discriminatory Abilities of Typing
Methods for Microorganisms. J. Clin Microbiol., 39(11): 4190–4192.
https://doi.org/10.1128/JCM.39.11.4190
91
Haque, M., Sartelli, M., McKimm, J., Bakar, M. A. 2018. Health care-associated
infections – An overview. In Infection and Drug Resistance.
https://doi.org/10.2147/IDR.S177247
Helmy, O. M., Kashef, M. T. 2017. Different phenotypic and molecular
mechanisms associated with multidrug resistance in Gram-negative clinical
isolates from Egypt. Infection and Drug Resistance, 10: 479–498.
Héritier, C., Poirel, L., Nordmann, P. 2006. Cephalosporinase over-expression
resulting from insertion of ISAba1 in Acinetobacter baumannii. Clinical
Microbiology and Infection. https://doi.org/10.1111/j.1469-
0691.2005.01320.x
Homenta, H., Prawiro, S. R., Sardjono, T. W., Noorhamdani, A.S. 2014. The 38.8
kDa Pili Subunit Hemaglutinin Protein of Acinetobacter baumannii is an
Adhesin Protein that can activate s-IgA Production. IOSR Journal of
Pharmacy and Biological Sciences. https://doi.org/10.9790/3008-09142633
Hsu, L.-Y., Apisarnthanarak, A., Khan, E., Suwantarat, N., Ghafur, A., Tambyah,
P. A. 2017. Carbapenem-resistant Acinetobacter baumannii and
Enterobacteriaceae in south and southeast Asia. Clinical Microbiology
Reviews, 30(1): 1–22. https://doi.org/10.1128/CMR.00042-16
Hu, Y., Li, B., Jin, D., Cui, Z., Tao, X., Zhang, B., et al. 2013. Comparison of
multiple-locus variable-number tandem-repeat analysis with pulsed-field gel
electrophoresis typing of Acinetobacter baumannii in China. Journal of
Clinical Microbiology, 51(4): 1263–1268. https://doi.org/10.1128/JCM.03108-
12
Huang, H., Dong, Y., Yang, Z. L., Luo, H., Zhang, X., Gao, F. 2014. Complete
Sequence of pABTJ2, A Plasmid from Acinetobacter baumannii MDR-TJ,
Carrying Many Phage-like Elements. Genomics, Proteomics and
Bioinformatics, 12(4): 172–177. https://doi.org/10.1016/j.gpb.2014.05.001
Huelsenbeck, J. P., Ronquist, F. 2001. MRBAYES: Bayesian inference of
phylogenetic trees. Bioinformatics, 17(8): 754–755.
https://doi.org/10.1093/bioinformatics/17.8.754
Hugonnet, J. E., Tremblay, L. W., Boshoff, H. I., Barry, C. E., Blanchard, J. S.
2009. Meropenem-clavulanate is effective against extensively drug-resistant
Mycobacterium tuberculosis. Science.
92
https://doi.org/10.1126/science.1167498
Hujer, K. M., Hamza, N. S., Hujer, A. M., Perez, F., Helfand, M. S., Bethel, C. R.,
et al. 2005. Identification of a new allelic variant of the Acinetobacter
baumannii cephalosporinase, ADC-7 β-lactamase: Defining a unique family
of class C enzymes. Antimicrobial Agents and Chemotherapy, 49(7): 2941–
2948. https://doi.org/10.1128/AAC.49.7.2941-2948.2005
Ibarz Pavón, A. B., Maiden, M. C. J. 2009. Multilocus sequence typing. Methods
in Molecular Biology (Clifton, N.J.). https://doi.org/10.1007/978-1-60327-999-
4_11
Jenkins, D. R. 2017. Nosocomial infections and infection control. Medicine
(United Kingdom), 45(10): 629–633.
https://doi.org/10.1016/j.mpmed.2017.07.005
Jin, J. S., Kwon, S. O., Moon, D. C., Gurung, M., Lee, J. H., Kim, S. Il, et al. 2011.
Acinetobacter baumannii secretes cytotoxic outer membrane protein a via
outer membrane vesicles. PLoS ONE.
Johnson, E. N., Burns, T. C., Hayda, R. A., Hospenthal, D. R., Murray, C. K.
2007. Infectious complications of open type III tibial fractures among combat
casualties. Clinical Infectious Diseases. https://doi.org/10.1086/520029
Johnson, J. K., Robinson, G. L., Zhao, L. C., Harris, A. D., Stine, O. C., Thom, K.
A. 2016. Comparison of molecular typing methods for the analyses of
Acinetobacter baumannii from ICU patients. Diagnostic Microbiology and
Infectious Disease. https://doi.org/10.1016/j.diagmicrobio.2016.08.024
Kaase, M., Nordmann, P., Wichelhaus, T. A., Gatermann, S. G., Bonnin, R. A.,
Poirel, L. 2011. NDM-2 carbapenemase in Acinetobacter baumannii from
Egypt. Journal of Antimicrobial Chemotherapy.
https://doi.org/10.1093/jac/dkr135
Karthikeyan, K., Thirunarayan, M. A., Krishnan, P. 2010. Coexistence of blaOXA-
23 with blaNDM-1 and armA in clinical isolates of Acinetobacter baumannii
from India. In Journal of Antimicrobial Chemotherapy.
https://doi.org/10.1093/jac/dkq273
Kattan, J. N., Villegas, M. V., Quinn, J. P. 2008. New developments in
carbapenems. In Clinical Microbiology and Infection.
93
https://doi.org/10.1111/j.1469-0691.2008.02101.x
Khan, H. A., Baig, F. K., Mehboob, R. 2017. Nosocomial infections:
Epidemiology, prevention, control and surveillance. Asian Pacific Journal of
Tropical Biomedicine, 7(5): 478–482.
https://doi.org/10.1016/j.apjtb.2017.01.019
Khurshid, M., Rasool, M. H., Ashfaq, U. A., Aslam, B., Waseem, M., Xu, Q., et al.
2020. Dissemination of blaOXA-23-harbouring carbapenem-resistant
Acinetobacter baumannii clones in Pakistan. Journal of Global Antimicrobial
Resistance, 21: 357–362. https://doi.org/10.1016/j.jgar.2020.01.001
Kim, D. H., Choi, J. Y., Kim, H. W., Kim, S. H., Chung, D. R., Peck, K. R., et al.
2013. Spread of carbapenem-resistant Acinetobacter baumannii global
clone 2 in Asia and AbaR-type resistance islands. Antimicrobial Agents and
Chemotherapy. https://doi.org/10.1128/AAC.00633-13
Kobayashi, Y. 2005. Study of the synergism between carbapenems and
vancomycin or teicoplanin against MRSA, focusing on S-4661, a
carbapenem newly developed in Japan. Journal of Infection and
Chemotherapy. https://doi.org/10.1007/s10156-005-0402-2
Kubo, Y., Komatsu, M., Tanimoto, E., Sugimoto, K., Tanaka, S., Migita, S., et al.
2015. Spread of OXA-23-producing Acinetobacter baumannii ST2 and
ST246 in a hospital in Japan. Journal of Medical Microbiology, 64(7): 739–
744. https://doi.org/10.1099/jmm.0.000077
Kuehn, M. J., Kesty, N. C. 2005. Bacterial outer membrane vesicles and the host-
pathogen interaction. In Genes and Development.
https://doi.org/10.1101/gad.1299905
Kuntaman, K., Shigemura, K., Osawa, K., Kitagawa, K., Sato, K., Yamada, N., et
al. 2018. Occurrence and characterization of carbapenem-resistant Gram-
negative bacilli: A collaborative study of antibiotic-resistant bacteria between
Indonesia and Japan. International Journal of Urology, 25(11): 966–972.
https://doi.org/10.1111/iju.13787
Kurioka, T., Yunou, Y., Kita, E. 1998. Enhancement of Susceptibility to Shiga
Toxin-Producing Escherichia coli O157:H7 by Protein Calorie Malnutrition in
Mice. Infection and Immunity. https://doi.org/10.1128/iai.66.4.1726-
1734.1998
94
Ladavac, R., Bedenić, B., Vranić-Ladavac, M., Barišić, N., Karčić, N., Pompe, K.,
et al. 2017. Emergence of different Acinetobacter baumannii clones in a
Croatian hospital and correlation with antibiotic susceptibility. Journal of
Global Antimicrobial Resistance, 10: 213–218.
https://doi.org/10.1016/j.jgar.2017.07.001
Lean, S. S., Yeo, C. C., Suhaili, Z., Thong, K. L. 2015. Whole-genome analysis of
an extensively drug-resistant clinical isolate of Acinetobacter baumannii
AC12: Insights into the mechanisms of resistance of an ST195 clone from
Malaysia. International Journal of Antimicrobial Agents, 45(2): 178–182.
Lee, J. S., Lee, J. C., Lee, C. M., Jung, I. D., Jeong, Y. Il, Seong, E. Y., et al.
2007. Outer membrane protein A of Acinetobacter baumannii induces
differentiation of CD4+ T cells toward a Th1 polarizing phenotype through
the activation of dendritic cells. Biochemical Pharmacology.
https://doi.org/10.1016/j.bcp.2007.02.012
Lee, N.-Y., Lee, H.-C., Ko, N.-Y., Chang, C.-M., Shih, H.-I., Wu, C.-J., et al. 2007.
Clinical and Economic Impact of Multidrug Resistance in Nosocomial
Acinetobacter baumannii Bacteremia . Infection Control & Hospital
Epidemiology. https://doi.org/10.1086/517954
Lepelletier, D., Cady, A., Caroff, N., Marraillac, J., Reynaud, A., Lucet, J. C., et al.
2010. Imipenem-resistant Pseudomonas aeruginosa gastrointestinal
carriage among hospitalized patients: risk factors and resistance
mechanisms. Diagnostic Microbiology and Infectious Disease.
https://doi.org/10.1016/j.diagmicrobio.2009.08.014
Li, J., Nation, R. L., Milne, R. W., Turnidge, J. D., Coulthard, K. 2005. Evaluation
of colistin as an agent against multi-resistant Gram-negative bacteria. In
International Journal of Antimicrobial Agents.
Li, Y. jun, Pan, C. zhi, Fang, C. quan, Zhao, Z. xiang, Chen, H. ling, Guo, P. hao,
et al. 2017. Pneumonia caused by extensive drug-resistant Acinetobacter
baumannii among hospitalized patients: Genetic relationships, risk factors
and mortality. BMC Infectious Diseases, 17(1): 1–10.
https://doi.org/10.1186/s12879-017-2471-0
95
Limansky, A. S., Mussi, M. A., Viale, A. M. 2002. Loss of a 29-kilodalton outer
membrane protein in Acinetobacter baumannii is associated with imipenem
resistance. Journal of Clinical Microbiology.
https://doi.org/10.1128/JCM.40.12.4776-4778.2002
Lin, C. Y., Chen, Y. M., Lin, M. C., Chang, Y. P., Chao, T. Y., Wang, C. C., et al.
(2016). Risk factors of multidrug-resistant Acinetobacter baumannii
recurrence after successful eradication in ventilated patients. Biomedical
Journal, 39(2): 130–138. https://doi.org/10.1016/j.bj.2015.07.001
Lin, H. C., Lin, S. M., Kuo, C. H., Chung, F. T., Yu, C. T., Liu, C. Y., et al. 2011.
Incidence and outcome of healthcare-associated Acinetobacter baumannii in
chronically ventilated patients in a tertiary care hospital in Taiwan. American
Journal of the Medical Sciences.
https://doi.org/10.1097/MAJ.0b013e318206eb7e
Livermore, D. M., Woodford, N. 2006. The β-lactamase threat in
Enterobacteriaceae, Pseudomonas and Acinetobacter. In Trends in
Microbiology. https://doi.org/10.1016/j.tim.2006.07.008
Luo, G., Lin, L., Ibrahim, A. S., Baquir, B., Pantapalangkoor, P., Bonomo, R. A.,
et al. 2012. Active and passive immunization protects against lethal,
extreme drug resistant-Acinetobacter baumannii infection. PLoS ONE.
MacPherson, D. W., Gushulak, B. D., Baine, W. B., Bala, S., Gubbins, P. O.,
Holtom, P., et al. 2009. Population mobility, globalization, and antimicrobial
drug resistance. Emerging Infectious Diseases, 15(11): 1727–1732.
https://doi.org/10.3201/eid1511.090419
Magiorakos, A. P., Srinivasan, A., Carey, R. B., Carmeli, Y., Falagas, M. E.,
Giske, C. G., et al. 2012. Multidrug-resistant, extensively drug-resistant and
pandrug-resistant bacteria: An international expert proposal for interim
standard definitions for acquired resistance. Clinical Microbiology and
Infection, 18(3): 268–281. https://doi.org/10.1111/j.1469-0691.2011.03570.x
Maiden, M. C. J., Rensburg, M. J. J. Van, Bray, J. E., Earle, S. G., Ford, S. A,
Jolley, K. A, et al. 2014. Europe PMC Funders Group Europe PMC Funders
Author Manuscripts MLST revisited : the gene-by-gene approach to bacterial
genomics. Nat Rev Microbiol, 11(10), 728–736.
96
https://doi.org/10.1038/nrmicro3093.MLST
Malhotra S, Sharma S, Hans C. 2014. Prevalence of Hospital Acquired Infections
in a tertiary care hospital in India. In International Invention Journal of
Medicine and Medical Sciences.
Manchanda, V., Sinha, S., Singh, N. 2010. Multidrug resistant Acinetobacter.
Journal of Global Infectious Diseases. https://doi.org/10.4103/0974-
777x.68538
Mandell, L. 2009. Doripenem: A new carbapenem in the treatment of nosocomial
infection. In Clinical Infectious Diseases. https://doi.org/10.1086/599809
Manikal, V. M., Landman, D., Saurina, G., Oydna, E., Lal, H., Quale, J. 2000.
Endemic carbapenem-resistant Acinetobacter species in Brooklyn, New
York: Citywide prevalence, interinstitutional spread, and relation to antibiotic
usage. Clinical Infectious Diseases. https://doi.org/10.1086/313902
Maragakis, L. L., Perl, T. M. 2008. Antimicrobial Resistance: Acinetobacter
baumannii: Epidemiology, Antimicrobial Resistance, and Treatment Options.
Clinical Infectious Diseases, 46(8): 1254–1263.
https://doi.org/10.1086/529198
Marti, S., Chabane, Y. N., Alexandre, S., Coquet, L., Vila, J., Jouenne, T., et al.
2011. Growth of Acinetobacter baumannii in pellicle enhanced the
expression of potential virulence factors. PLoS ONE.
Martínez-Martínez, L. 2008. Extended-spectrum β-lactamases and the
permeability barrier. In Clinical Microbiology and Infection.
https://doi.org/10.1111/j.1469-0691.2007.01860.x
Matuszewska, M., Murray, G. G. R., Harrison, E. M., Holmes, M. A., Weinert, L.
A. 2020. The Evolutionary Genomics of Host Specificity in Staphylococcus
aureus. Trends in Microbiology, 28(6): 465–477.
https://doi.org/10.1016/j.tim.2019.12.007
McMullen, A. R., Yarbrough, M. L., Wallace, M. A., Shupe, A., Burnham, C. A. D.
2017. Evaluation of genotypic and phenotypic methods to detect
carbapenemase production in gram-negative bacilli. Clinical Chemistry,
63(3): 723–730. https://doi.org/10.1373/clinchem.2016.264804
Meroueh, S. O., Bencze, K. Z., Hesek, D., Lee, M., Fisher, J. F., Stemmler, T. L.,
97
et al. 2006. Three-dimensional structure of the bacterial cell wall
peptidoglycan. Proceedings of the National Academy of Sciences of the
United States of America. https://doi.org/10.1073/pnas.0510182103
Metan, G., Alp, E., Aygen, B., Sumerkan, B. 2007. Acinetobacter baumannii
meningitis in post-neurosurgical patients: Clinical outcome and impact of
carbapenem resistance. In Journal of Antimicrobial Chemotherapy.
https://doi.org/10.1093/jac/dkm181
Moehario, L.H., Tjoa, E., Kiranasari, A., Ningsih, I., Rosana, Y., Karuniawati, A.
2009. Trends in antimicrobial susceptibility of Gram-negative bacteria
isolated from blood in Jakarta from 2002 to 2008. Journal of Infection in
Developing Countries., 3(11): 843-8. doi: 10.3855/jidc.85
Mohajeri, P., Farahani, A., Mehrabzadeh, R. S. 2017. Molecular characterization
of multidrug resistant strains of Acinetobacter baumannii isolated from
intensive care units in west of Iran. Journal of Clinical and Diagnostic
Research, 11(2): DC20–DC22.
https://doi.org/10.7860/JCDR/2017/21156.9397
Mohammed, M., Mohammed, A. H., Mirza, M. A. B., Ghori, A. 2014. Nosocomial
Infections: an Overview. International Research Journal of Pharmacy, 4(1):
7–12. https://doi.org/10.7897/2230-8407.050102
Moitra, K., Silverton, L., Limpert, K., Im, K., Dean, M. 2011. Moving out: From
sterol transport to drug resistance - The ABCG subfamily of efflux pumps. In
Drug Metabolism and Drug Interactions.
https://doi.org/10.1515/DMDI.2011.015
Montefour, K., Frieden, J., Hurst, S., Helmich, C., Headley, D., Martin, M., et al.
2008. Acinetobacter baumannii: An emerging multidrug-resistant pathogen
in critical care. Critical Care Nurse. https://doi.org/10.4037/ccn2008.28.1.15
Morfín-Otero, R., Alcántar-Curiel, M. D., Rocha, M. J., Alpuche-Aranda, C. M.,
Santos-Preciado, J. I., Gayosso-Vázquez, C., et al. 2013. Acinetobacter
baumannii infections in a tertiary care hospital in Mexico over the past 13
years. Chemotherapy, 59(1): 57–65.
Mugnier, P. D., Poirel, L., Naas, T., Nordmann, P. 2010. Worldwide dissemination
of the blaOXA-23 Carbapenemase gene of Acinetobacter baumannii.
Emerging Infectious Diseases. https://doi.org/10.3201/eid1601.090852
98
Munoz-Price, L. S., Weinstein, R. A. 2008. Acinetobacter Infection. New England
Journal of Medicine, 358(12): 1271–1281.
https://doi.org/10.1056/NEJMra070741
Nejad, S. B., Allegranzi, B., Syed, S., Ellis, B., Pittet, D. 2011. Health-care-
associated infection in Africa: a systematic review. Bulletin of the World
Health Organization. https://doi.org/10.2471/blt.11.088179
Nemec, A., Maixnerová, M., van der Reijden, T. J. K., van den Broek, P. J.,
Dijkshoorn, L. 2007. Relationship between the AdeABC efflux system gene
content, netilmicin susceptibility and multidrug resistance in a genotypically
diverse collection of Acinetobacter baumannii strains. Journal of
Antimicrobial Chemotherapy. https://doi.org/10.1093/jac/dkm231
Nikaido, H. 2010. Structure and mechanism of RND-type multidrug efflux pumps.
Advances in Enzymology and Related Areas of Molecular Biology.
https://doi.org/10.1002/9780470920541.ch1
Nowak, P., Paluchowska, P. 2016. Acinetobacter baumannii: Biology and drug
resistance — role of carbapenemases. Folia Histochemica et Cytobiologica,
54(2): 61–74. https://doi.org/10.5603/FHC.a2016.0009
O’Shea, M. K. 2012. Acinetobacter in modern warfare. International Journal of
Antimicrobial Agents, 39(5): 363–375.
Olaitan, A. O., Morand, S., Rolain, J. M. 2014. Mechanisms of polymyxin
resistance: Acquired and intrinsic resistance in bacteria. Frontiers in
Microbiology, 5: 1–18. https://doi.org/10.3389/fmicb.2014.00643
Oteo, J., Delgado-Iribarren, A., Vega, D., Bautista, V., Rodríguez, M. C., Velasco,
M., et al. 2008. Emergence of imipenem resistance in clinical Escherichia
coli during therapy. International Journal of Antimicrobial Agents.
Pages, J.-M., Amaral, L., Fanning, S. 2011. An Original Deal for New Molecule:
Reversal of Efflux Pump Activity, A Rational Strategy to Combat Gram-
Negative Resistant Bacteria. Current Medicinal Chemistry.
https://doi.org/10.2174/092986711796150469
Pankuch, G. A., Lin, G., Seifert, H., Appelbaum, P. C. 2008. Activity of
meropenem with and without ciprofloxacin and colistin against
99
Pseudomonas aeruginosa and Acinetobacter baumannii. Antimicrobial
Agents and Chemotherapy. https://doi.org/10.1128/AAC.00689-07
Papp-Wallace, K. M., Endimiani, A., Taracila, M. A., Bonomo, R. A. 2011.
Carbapenems: Past, present, and future. Antimicrobial Agents and
Chemotherapy, 55(11): 4943–4960. https://doi.org/10.1128/AAC.00296-11
Peleg, A. Y., Seifert, H., Paterson, D. L. 2008. Acinetobacter baumannii:
Emergence of a successful pathogen. In Clinical Microbiology Reviews.
https://doi.org/10.1128/CMR.00058-07
Poirel, L., Bonnin, R. A., Nordmann, P. 2011. Genetic basis of antibiotic
resistance in pathogenic Acinetobacter species. IUBMB Life, 63(12): 1061–
1067. https://doi.org/10.1002/iub.532
Poirel, L., Cabanne, L., Vahaboglu, H., Nordmann, P. 2005. Genetic environment
and expression of the extended-spectrum β-lactamase blaPER-1 gene in
Gram-negative bacteria. Antimicrobial Agents and Chemotherapy.
https://doi.org/10.1128/AAC.49.5.1708-1713.2005
Poirel, L., Nordmann, P. 2006. Carbapenem resistance in Acinetobacter
baumannii: Mechanisms and epidemiology. In Clinical Microbiology and
Infection (pp. 1–200). https://doi.org/10.1111/j.1469-0691.2006.01456.x
Potron, A., Poirel, L., Nordmann, P. 2015. Emerging broad-spectrum resistance
in Pseudomonas aeruginosa and Acinetobacter baumannii: Mechanisms
and epidemiology. International Journal of Antimicrobial Agents, 45(6): 568–
585. https://doi.org/10.1016/j.ijantimicag.2015.03.001
Pour, N. K., Dusane, D. H., Dhakephalkar, P. K., Zamin, F. R., Zinjarde, S. S.,
Chopade, B. A. 2011. Biofilm formation by Acinetobacter baumannii strains
isolated from urinary tract infection and urinary catheters. FEMS
Immunology and Medical Microbiology, 62(3): 328–338.
https://doi.org/10.1111/j.1574-695X.2011.00818.x
Pourcel, C., Minandri, F., Hauck, Y., D’Arezzo, S., Imperi, F., Vergnaud, G., et al.
2011. Identification of Variable-Number Tandem-Repeat (VNTR) sequences
in Acinetobacter baumannii and interlaboratory validation of an optimized
multiple-locus VNTR analysis typing scheme. Journal of Clinical
Microbiology, 49(2): 539–548. https://doi.org/10.1128/JCM.02003-10
Queenan, A. M., Shang, W., Flamm, R., Bush, K. 2010. Hydrolysis and inhibition
100
profiles of β-lactamases from molecular classes A to D with doripenem,
imipenem, and meropenem. Antimicrobial Agents and Chemotherapy.
https://doi.org/10.1128/AAC.01004-09
Quoc, C. H., Phuong, T. N. T., Duc, H. N., Le, T. T., Hang, H. T. T. T., Tuan, S.
N., et al. 2019. Carbapenemase genes and multidrug resistance of
Acinetobacter baumannii: A cross sectional study of patients with
Pneumonia in southern Vietnam. Antibiotics, 8(3).
https://doi.org/10.3390/antibiotics8030148
Raro, O. H. F., Gallo, S. W., Ferreira, C. A. S., de Oliveira, S. D. 2017.
Carbapenem-resistant Acinetobacter baumannii contamination in an
intensive care unit. Revista Da Sociedade Brasileira de Medicina Tropical,
50(2): 167–172. https://doi.org/10.1590/0037-8682-0329-2016
Rice, L. B. 2006. Challenges in identifying new antimicrobial agents effective for
treating infections with Acinetobacter baumannii and Pseudomonas
aeruginosa. Clinical Infectious Diseases. https://doi.org/10.1086/504487
Robledo, I. E., Aquino, E. E., Santé, M. I., Santana, J. L., Otero, D. M., León, C.
F., et al. 2010. Detection of KPC in Acinetobacter spp. in Puerto Rico.
Antimicrobial Agents and Chemotherapy.
https://doi.org/10.1128/AAC.00899-09
Rodloff, A. C., Goldstein, E. J. C., Torres, A. 2006. Two decades of imipenem
therapy. In Journal of Antimicrobial Chemotherapy.
https://doi.org/10.1093/jac/dkl354
Rolain, J. M., Loucif, L., Al-Maslamani, M., Elmagboul, E., Al-Ansari, N., Taj-
Aldeen, S., et al. 2016. Emergence of multidrug-resistant Acinetobacter
baumannii producing OXA-23 Carbapenemase in Qatar. New Microbes and
New Infections, 11: 47–51. https://doi.org/10.1016/j.nmni.2016.02.006
Ruiz, M., Marti, S., Fernandez-Cuenca, F., Pascual, A., Vila, J. 2007. Prevalence
of ISAba1 in epidemiologically unrelated Acinetobacter baumannii clinical
isolates. FEMS Microbiology Letters. https://doi.org/10.1111/j.1574-
6968.2007.00828.x
Saharman, Y. R., Karuniawati, A., Sedono, R., Aditianingsih, D., Sudarmono, P.,
Goessens, W. H. F., et al. 2018. Endemic carbapenem-nonsusceptible
Acinetobacter baumannii-calcoaceticus complex in intensive care units of
101
the national referral hospital in Jakarta, Indonesia. Antimicrobial Resistance
and Infection Control, 7(1). https://doi.org/10.1186/s13756-017-0296-7
Santos, S. R., Ochman, H. 2004. Identification and phylogenetic sorting of
bacterial lineages with universally conserved genes and proteins.
Environmental Microbiology. https://doi.org/10.1111/j.1462-
2920.2004.00617.x
Santoso, S., AS, N., Prawiro, S. R., Winarsih, S., Santosaningsih, D., Hidayati, D.
Y. N., Erikawati, D., et al. 2016. Pola Kuman dan Antibiogram RSUD dr.
Saiful Anwar, Malang.
Shoja, S., Moosavian, M., Rostami, S., Farahani, A., Peymani, A., Ahmadi, K., et
al. 2017. Dissemination of carbapenem-resistant Acinetobacter baumannii in
patients with burn injuries. Journal of the Chinese Medical Association,
80(4): 245–252. https://doi.org/10.1016/j.jcma.2016.10.013
Shrestha, S., Tada, T., Miyoshi-Akiyama, T., Ohara, H., Shimada, K., Satou, K.,
et al. 2015. Molecular epidemiology of multidrug-resistant Acinetobacter
baumannii isolates in a university hospital in Nepal reveals the emergence
of a novel epidemic clonal lineage. International Journal of Antimicrobial
Agents, 46(5): 526–531. https://doi.org/10.1016/j.ijantimicag.2015.07.012
Si-Tuan, N., Ngoc, H. M., Hang, P. T. T., Nguyen, C., Van, P. H., Huong, N. T.
2017. New eight genes identified at the clinical multidrug-resistant
Acinetobacter baumannii DMS06669 strain in a Vietnam hospital. Annals of
Clinical Microbiology and Antimicrobials, 16(1): 1–7.
https://doi.org/10.1186/s12941-017-0250-9
Simner, P. J., Kristie Johnson, J., Brasso, W. B., Anderson, K., Lonsway, D. R.,
Pierce, V. M., et al. 2018. Multicenter evaluation of the modified
carbapenem inactivation method and the carba NP for detection of
carbapenemase-producing Pseudomonas aeruginosa and Acinetobacter
baumannii. Journal of Clinical Microbiology, 56(1): 1–10.
https://doi.org/10.1128/JCM.01369-17
Sirijan, S., Nitaya, I. 2006. Mechanisms of antimicrobial resistance in bacteria in
ESKAPE pahogens. BioMed Research International, 2016: 1–8.
https://doi.org/10.1016/j.ajic.2006.05.219
Smith, M. G., Gianoulis, T. A., Pukatzki, S., Mekalanos, J. J., Ornston, L. N.,
102
Gerstein, M., et al. 2007. New insights into Acinetobacter baumannii
pathogenesis revealed by high-density pyrosequencing and transposon
mutagenesis. Genes and Development.
https://doi.org/10.1101/gad.1510307
Song, J. H., Lee, W. C., Park, J. S., Kim, S. Il, Lee, J. C., Cheong, C., et al. 2012.
Cloning, purification and preliminary X-ray crystallographic analysis of the
OmpA-like domain of peptidoglycan-associated lipoprotein from
Acinetobacter baumannii. Acta Crystallographica Section F: Structural
Biology and Crystallization Communications, 68(11): 1351–1353.
https://doi.org/10.1107/S1744309112038924
Soojhawon, I., Pattabiraman, N., Tsang, A., Roth, A. L., Kang, E., Noble, S. M.
2017. Discovery of novel inhibitors of multidrug-resistant Acinetobacter
baumannii. Bioorganic and Medicinal Chemistry, 25(20): 5477–5482.
https://doi.org/10.1016/j.bmc.2017.08.014
Spengler, G., Rodrigues, L., Martins, A., Martins, M., McCusker, M., Cerca, P., et
al. 2012. Genetic response of Salmonella enterica serotype Enteritidis to
thioridazine rendering the organism resistant to the agent. International
Journal of Antimicrobial Agents.
Suárez, C. J., Lolans, K., Villegas, M. V., Quinn, J. P. 2005. Mechanisms of
resistance to β-lactams in some common Gram-negative bacteria causing
nosocomial infections. In Expert Review of Anti-Infective Therapy.
https://doi.org/10.1586/14787210.3.6.915
Sun, K., Xu, X., Yan, J., Zhang, L. 2017. Evaluation of six phenotypic methods for
the detection of carbapenemases in Gram-negative bacteria with
characterized resistance mechanisms. Annals of Laboratory Medicine,
37(4), 305–312. https://doi.org/10.3343/alm.2017.37.4.305
Sydnor, E. R. M., Perl, T. M. 2011. Hospital epidemiology and infection control in
acute-care settings. Clinical Microbiology Reviews, 24(1): 141–173.
https://doi.org/10.1128/CMR.00027-10
Tacconelli, E., Carrara, E., Savoldi, A., Harbarth, S., Mendelson, M., Monnet, D.
L., et al. 2018. Discovery, research, and development of new antibiotics: the
WHO priority list of antibiotic-resistant bacteria and tuberculosis. The Lancet
103
Infectious Diseases, 18(3): 318–327. https://doi.org/10.1016/S1473-
3099(17)30753-3
Tang, S. S., Apisarnthanarak, A., Hsu, L. Y. 2014. Mechanisms of β-lactam
antimicrobial resistance and epidemiology of major community- and
healthcare-associated multidrug-resistant bacteria. In Advanced Drug
Delivery Reviews. https://doi.org/10.1016/j.addr.2014.08.003
Tanguy, M., Kouatchet, A., Tanguy, B., Pichard, É., Fanello, S., Joly-Guillou, M.-
L. 2017. Management of an Acinetobacter baumannii outbreak in an
intensive care unit. Medecine et Maladies Infectieuses, 47(6): 409–414.
Tawfik, D. M., Ahmad, T. A., Sheweita, S. A., Haroun, M., El-Sayed, L. H. 2017.
The detection of antigenic determinants of Acinetobacter baumannii.
Immunology Letters, 186: 59–67. https://doi.org/10.1016/j.imlet.2017.04.004
Tiwari, V., Tiwari, M., Solanki, V. 2017. Polyvinylpyrrolidone-capped silver
nanoparticle inhibits infection of carbapenem-resistant strain of
Acinetobacter baumannii in the human pulmonary epithelial cell. Frontiers in
Immunology, 8: 973.
Tjoa, E., Moehario, L. H., Rukmana, A., Rohsiswatmo, R. 2013a. Acinetobacter
baumannii: Role in blood stream infection in Neonatal Unit, Dr. Cipto
Mangunkusumo Hospital, Jakarta, Indonesia. International Journal of
Microbiology. https://doi.org/10.1155/2013/180763
Tjoa, E., Moehario, L. H., Rukmana, A., Rohsiswatmo, R. 2013b. Acinetobacter
baumannii: Role in blood stream infection in Neonatal Unit, Dr. Cipto
Mangunkusumo Hospital, Jakarta, Indonesia. International Journal of
Microbiology. https://doi.org/10.1155/2013/180763
Tsai, H. T., Wang, J. T., Chen, C. J., Chang, S. C. 2008. Association between
antibiotic usage and subsequent colonization or infection of extensive drug-
resistant Acinetobacter baumannii: a matched case-control study in
intensive care units. Diagnostic Microbiology and Infectious Disease.
https://doi.org/10.1016/j.diagmicrobio.2008.06.017
Turton, J. F., Ward, M. E., Woodford, N., Kaufmann, M. E., Pike, R., Livermore,
D. M., et al. 2006. The role of ISAba1 in expression of OXA carbapenemase
genes in Acinetobacter baumannii. FEMS Microbiology Letters.
https://doi.org/10.1111/j.1574-6968.2006.00195.x
104
US CDC. 2019. Antibiotic resistance threats in the United States, 2019. In
Centers for Disease Control and Prevention.
https://doi.org/10.15620/cdc:82532
van Dam, V., Olrichs, N., Breukink, E. 2009. Specific labeling of peptidoglycan
precursors as a tool for bacterial cell wall studies. In ChemBioChem.
https://doi.org/10.1002/cbic.200800678
Vasconcellos, F. M. de, Tiba-Casas, M. R., Tavares, L. C. B., Souza, W. V. de,
Garcia, D. de O., Camargo, C. H. 2017. Evaluation of a new trilocus
sequence-based multiplex-PCR to detect major Acinetobacter baumannii
clonal complexes circulating in Brazil. Infection, Genetics and Evolution, 54:
4–6. https://doi.org/10.1016/j.meegid.2017.06.009
Vila, J., Martí, S., Sánchez-Céspedes, J. 2007. Porins, efflux pumps and
multidrug resistance in Acinetobacter baumannii. Journal of Antimicrobial
Chemotherapy, 59(6): 1210–1215. https://doi.org/10.1093/jac/dkl509
Wang, C. H., Li, J. F., Huang, L. Y., Lin, F. M., Yang, Y. S., Siu, L. K., et al.
2017a. Outbreak of imipenem-resistant Acinetobacter baumannii in different
wards at a regional hospital related to untrained bedside caregivers.
American Journal of Infection Control, 45(10): 1086–1090.
Wang, C. H., Li, J. F., Huang, L. Y., Lin, F. M., Yang, Y. S., Siu, L. K., et al.
2017b. Outbreak of imipenem-resistant Acinetobacter baumannii in different
wards at a regional hospital related to untrained bedside caregivers.
American Journal of Infection Control.
Weinstein, R. A., Gaynes, R., Edwards, J. R., System, N. N. I. S. 2005. Overview
of nosocomial infections caused by gram-negative bacilli. Clinical Infectious
Diseases, 41(6): 848–854.
WHO. 2017. Prevention of hospital-acquired infections A Practical Guide 2nd
edition. WHO.
Yang, Z., Rannala, B. 2012. Molecular phylogenetics: Principles and practice. In
Nature Reviews Genetics. https://doi.org/10.1038/nrg3186
Yoon, E. J., Chabane, Y. N., Goussard, S., Snesrud, E., Courvalin, P., Dé, E.,
Grillot-Courvalin, C. 2015. Contribution of resistance-nodulation-cell division
105
efflux systems to antibiotic resistance and biofilm formation in Acinetobacter
baumannii. MBio. https://doi.org/10.1128/mBio.00309-15
Zarrilli, R., Pournaras, S., Giannouli, M., Tsakris, A. 2013. Global evolution of
multidrug-resistant Acinetobacter baumannii clonal lineages. International
Journal of Antimicrobial Agents, 41(1): 11–19.
Zhanel, G. G., Wiebe, R., Dilay, L., Thomson, K., Rubinstein, E., Hoban, D. J., et
al. 2007. Comparative review of the carbapenems. In Drugs.
https://doi.org/10.2165/00003495-200767070-00006
106
DAFTAR RIWAYAT HIDUP
Nama Lengkap : dr. Heriyannis Homenta, M.Biomed.

NIK : 7102132201810002
NIP : 198101222009121001
NIDN : 0022018103
Google scholar ID : d1hIeVgAAAAJ
Publons ID : researcher-4669495
Web of Science ID : ABK-2064-2022
Sinta ID : 6001949
Orcid ID : 0000000192641945
Scopus ID : 57540483300
No. HP : 0852 4051 2020
No. Sertifikat Dosen : 14100101205521
Tempat Lahir : Kupa-Kupa
Tgl. Lahir : 22 Januari 1981
Alamat Rumah : Perum Wen win Permai Blok E2 No.09, Desa Sea
Tumpengan Jaga IV, Kec. Pineleng, Kab.
Minahasa, Prov. Sulut
Kode Pos : 95361
Instansi : FK Unsrat Manado
Bidang Ilmu : Mikrobiologi Klinik
TMT CPNS : 01 Desember 2009
Pangkat/Gol Terakhir : Penata III/C
Jabatan Fungsional terakhir : Lektor
Email : [email protected];
[email protected]
Nama Isteri : Sandra Lidya Lontoh, SH
Nama Anak : Kezia Christie Homenta
Nama Orang Tua : Herman E. Homenta (Alm.)
Ham Mei Je (Almh.)
Nama Mertua : Amos Emor Siwu
Beatrix Mogot, SPd.
107
RIWAYAT PENDIDIKAN
Jenjang Pendidikan Institusi
Sekolah Dasar SD GMIH Kupa-Kupa, Kec. Tobelo Selatan,

Kab. Halmahera Utara, Prov. Maluku Utara
Sekolah Menengah Pertama SMP Negeri 1 Tobelo, Kec. Tobelo, Kab.
Halmahera Utara, Prov. Maluku Utara
Sekolah Menengah Atas SMU Negeri 1 Manado, Kec. Wanea, Kota
Manado, Prov. Sulawesi Utara
Pendidikan Sarjana (S.Ked.) Fakultas Kedokteran Unsrat Manado, Kec.
Bahu, Kota Manado, Prov. Sulawesi Utara
Pendidikan Profesi (dr.) Fakultas Kedokteran Unsrat Manado, Kec.
Bahu, Kota Manado, Prov. Sulawesi Utara
Pendidikan Program Magister Fakultas Kedokteran Universitas Brawijaya,
(M.Biomed.) Malang, Kota Malang, Prov. Jawa Timur
RIWAYAT PEKERJAAN
Tahun Tempat
2007-2009 Dokter umum di RSU Dian Harapan,

Waena, Jayapura, Papua
2009-sekarang Praktik Pribadi Dokter Umum
2009-2011 Dokter umum di RSAL dr. Wahyu Slamet,
Bitung, Sulut
2009 - sekarang Dosen Fakultas Kedokteran Unsrat Manado
2022 - sekarang Dokter umum dan penanggungjawab
Laboratorium di RSIA Kirana Manado
108
PUBLIKASI ILMIAH
No Judul Artikel Ilmiah Nama Jurnal Vol/No/Tahun

1. The 38.8 kDa Pili Subunit IOSR-JPBS. 2014; 9(1): 26-33.
Hemaglutinin Protein of https://doi.org/10.9790/
Acinetobacter baumannii is 3008-09142633.
an Adhesin Protein that can
activate s-IgA Production
2. Uji Konsentrasi Hambat e-GiGi FK 2018; 6(1): 1-6.
Minimum Ekstrak Daun Unsrat https://doi.org/10.35790
Gedi (Abelmoschus manihot Manado /eg.6.1.2018.19729.
L.) terhadap Pertumbuhan .
Bakteri Streptococcus
Mutans
3. Molecular mechanism of First International 2019; 30-7.
carbapenem-resistant Conference ISBN: 978-602-70396-
Acinetobacter baumannii Faculty of 4-3.
Medicine, Sam
Ratulangi
University
4. Molecular characterization Res J Pharm 2022; 15(7): 2917–
of clinical carbapenem- Technol. 2922.
resistant Acinetobacter . https://doi.org/10.52711
baumannii isolates from two /0974-360X.2022.00486
tertiary care hospitals in
Indonesia.
5. Distribution of Antibiotics. 2022; 11(3): 366: 1-13.
Carbapenemase Genes https://doi.org/10.3390/
among Carbapenem-Non- antibiotics11030366
Susceptible Acinetobacter
baumanii Blood Isolates in
Indonesia: A Multicenter
Study.
109
6. Molecular Epidemiology of Trop. Med. Infect. 2022, 7 (277): 1-13.
Clinical Carbapenem- Dis. https://doi.org/10.3390/t
Resistant Acinetobacter ropicalmed7100277.
baumannii-calcoaceticus
complex Isolates in Tertiary
Care Hospitals in Java and
Sulawesi Islands, Indonesia.
KOMUNIKASI ILMIAH DALAM SEMINAR
No Nama Pertemuan Judul Artikel Ilmiah Waktu dan Tempat

Ilmiah/ Seminar
1. First International Molecular mechanism of 24-25th May 2019
Conference Faculty carbapenem-resistant In Mercure Hotel
of Medicine, Sam Acinetobacter baumannii Manado
Ratulangi University
2. Seminar Formas Diagnosis dan Penanganan 2 Juni 2020
Malang
Covid-19
REVIEWER
No Nama Jurnal Jumlah Artikel ID Reviewer

1. Open access 42 Artikel Publons ID:
Macedonian Journal of researcher-4669495
Medical Sciences
Web of Science ID:

ABK-2064-2022
110
SEMINAR DAN WORKSHOP
No Waktu Topik Kegiatan

1. Agustus 2014 Pelatihan Pemeriksaan Laboratorium Semiloka
di Lab. Mikrobiologi FK UB, Malang
2. 10-13 Oktober Pelatihan Penulisan Artikel Ilmiah Semiloka
2020 dan Sitasi Menggunakan Mendeley
3. Agustus 2017 Teknik Dasar Kloning Semiloka
4. 2 Juni 2020 Diagnosis dan Penanganan Covid- Webinar
19
5. 6 November Langkah Praktis Membuat Review Webinar
2021 Sistematik dan Meta Analisis
6. 30 Juni-1 Juli Standar Akreditasi Rumah Sakit Semiloka
2022 Indonesia
7. 28 Mei 2022 Enhance Collaboration to Tackle Webinar
Silent Pandemic
8. 11 Juni 2022 Update on Hepatitis: From Basic to Webinar
Clinic
9. 30 Juni 2022 Acute Hepatitis of Unknown Etiology Webinar
10. 30 Juli 2022 Monkeypox: Virological, Webinar
Immunological, and Diagnostic
Approaches
11. 1 Oktober 2022 PPRA di Rumah Sakit Webinar
12. 17 November Recent Updates of H. pylori infection Webinar
2022 Diagnostic and Management
111

Contoh Buku Kecil

Diunggah oleh

Hak Cipta:

Format Tersedia

Contoh Buku Kecil

Diunggah oleh

Informasi Dokumen

Judul Asli

Hak Cipta

Format Tersedia

Bagikan dokumen Ini

Bagikan atau Tanam Dokumen

Opsi Berbagi

Apakah menurut Anda dokumen ini bermanfaat?

Apakah konten ini tidak pantas?

Hak Cipta:

Format Tersedia

Contoh Buku Kecil

Diunggah oleh

Hak Cipta:

Format Tersedia

ANALISIS POLA GENETIK BAKTERI Acinetobacter baumannii-

calcoaceticus complex RESISTAN KARBAPENEM DI RSUD dr.

Untuk Memenuhi Persyaratan

PROGRAM STUDI DOKTOR ILMU KEDOKTERAN

Nama Mahasiswa : Heriyannis Homenta

Tanggal Ujian Tertutup: 18 Oktober 2022

Tanggal Diseminasi : 14 November 2022

limpahan rahmat dan hidayah-Mu Penulis dapat menyelesaikan disertasi yang

berjudul: Analisis Pola Genetik Bakteri Acinetobacter baumannii-calcoaceticus

Prof. dr. R. D. Kandou Manado.

Di dalam tulisan ini, disajikan pokok-pokok bahasan yang meliputi

pendahuluan, tinjauan pustaka, metode penelitian, hipotesis dan kerangka

konsep penelitian, hasil penelitian, pembahasan dan kesimpulan.

Dengan selesainya disertasi ini, Penulis menyampaikan ucapan terima

kasih yang sebesar-besarnya kepada:

1. Rektor Universitas Brawijaya, Prof. Widodo, MSi, PhD.Med.Sc dan Rektor

MS atas ijin dan kesempatan yang diberikan kepada Penulis untuk

mengikuti pendidikan Program Studi Doktor Ilmu Kedokteran di

2. Dekan Fakultas Kedokteran Universitas Brawijaya, Dr. dr. Wisnu

MKes atas kesempatan dan dukungan yang diberikan kepada Penulis

dalam menyelesaikan pendidikan Program Doktor Ilmu Kedokteran di

3. Ketua Program Studi Program Doktor Ilmu Kedokteran Universitas

4. Pemerintah Republik Indonesia melalui Kementerian Pendidikan,

Kebudayaan, Riset, dan Pendidikan Tinggi yang telah memberikan

BPPDN Tahun 2017 kepada Penulis untuk menempuh Pendidikan

Program Studi Doktor Ilmu Kedokteran di Fakultas Kedokteran

5. Pemerintah Sulawesi Utara melalui Kepala Badan Penghubung di

Jakarta, Christian Singal, SKom, MSi yang telah memberikan kesempatan

kepada Penulis menempati fasilitas Guesthouse/Asrama Mahasiswa

mengikuti pendidikan Program Studi Doktor Ilmu Kedokteran di Fakultas

Kedokteran Universitas Brawijaya.

7. Dekan Fakultas Kedokteran Universitas Sam Ratulangi, Dr. dr. Billy

Umboh, SpA(K), atas kesempatan dan dukungan yang diberikan kepada

Penulis dalam menyelesaikan pendidikan Program Doktor Ilmu

Kedokteran di Universitas Brawijaya.

SpAn, KIC, KAP yang telah memberikan kesempatan kepada Penulis

untuk melakukan penelitian di Laboratorium Mikrobiologi RSUD dr. Saiful

9. Direktur RSUP Prof. dr. R. D. Kandou, Manado, Dr. dr. Jimmy

Panelewen, SpB-KBD yang telah memberikan kesempatan kepada

Prof. dr. R. D. Kandou, Manado.

telah membimbing mulai Seminar Pra-Proposal sampai ujian proposal

mengarahkan Penulis dalam penelitian dan penyusunan disertasi ini.

telah membagikan ilmu pengetahuan, saran, masukan yang sangat kritis,

dukungan yang luar biasa, juga kesabaran, pengertian kepada Penulis

selama penelitian dan dalam penyusunan disertasi ini.

meluangkan waktu, tenaga, dan pikiran mulai dari Seminar Pra-Proposal

sampai ujian proposal disertasi selaku dosen Pembimbing Akademik, dan

telah banyak memberikan dukungan, wawasan, motivasi, saran, waktu

dan segala keikhlasan kepada Penulis sampai pada tahap penyusunan

memberikan pemikiran, saran dan masukan kepada Penulis untuk

penulisan disertasi yang lebih baik.

telah memberikan kritik, saran dan masukan kepada Penulis untuk

penulisan disertasi yang lebih baik.

Luar/Tamu) yang telah memberikan kontrol positif gen resistan blaKPC

dan blaNDM isolat bakteri A. baumannii-calcoaceticus complex resistan

karbapenem, serta memberikan pemikiran, motivasi, saran dan masukan

kepada Penulis untuk penulisan disertasi yang lebih baik.

memberikan saran dan masukan kepada Penulis pada Seminar Pra-

Proposal 1-4, sehingga Penulis bisa menyusun Proposal Disertasi dan