ORF3b

ORF3b
ORF3b
식별자
유기체SARS-CoV
기호.ORF3b
유니프로트P59633
ORF3b
식별자
유기체사스-CoV-2
기호.ORF3b
유니프로트P0DTF1

ORF3b는 Sarbeco 바이러스 아속 코로나바이러스에서 발견되는 유전자로 짧은 비구조적 단백질을 코드한다.단백질 제품은 두 바이러스의 길이가 매우 다르지만, 사스-CoV와 사스-CoV-2에 모두 존재한다.암호화된 단백질은 SARS-CoV-2에서 현저하게 짧아져,[1][2] SARS-CoV의 153-155에 비해 아미노산 잔류물은 22개에 불과하다.긴 SARS-CoV 단백질과 짧은 SARS-CoV-2 단백질 모두 간섭제 길항제로 [2]보고되었다.SARS-CoV-2 유전자가 기능성 [3]단백질을 발현하는지는 불분명하다.

명명법

SARS-CoV-2의 보조 단백질, 특히 ORF3a와 [1]중복되는 여러 유전자에 사용되는 명명법에 관한 과학 문헌에서 상당한 혼란이 있었다.SARS-CoV와 SARS-CoV-2의 게놈의 차이 때문에 SARS-CoV-2의 두 가지 다른 개방형 판독 프레임(ORF)을 "ORF3b"라고 부른다.사스-CoV에서 ORF3b는 155 코돈의 유전자이다.SARS-CoV-2에서 게놈의 상동 영역은 동일한 판독범위 내에 여러 개의 정지 코돈을 포함하며, 그 결과 22 코돈의 잘린 유전자가 된다.그 결과 일부 논문은 57개의 코돈이 있는 [1]이후의 ORF를 지칭하기 위해 "ORF3b"라는 용어를 사용하고 있습니다.57-코돈 단백질[4] 생성물과 22-코돈 단백질[2] 생성물 모두 인터페론 [1]안타고니스트와 유사한 효과를 갖는 것으로 설명되어 혼란을 악화시키고 있다.또, 41 코돈의 제3의 ORF의 추정 생성물은, 적어도 한번은 「3b단백질」[5][1]이라고 기술된 적이 있다.SARS-CoV-2에 대한 수많은 출판물에서는 "ORF3b"[1]를 모호하게 언급하고 있다.

SARS-CoV-2의 권장 명명법은 SARS-CoV의 ORF3b의 5' 말단과 상동하는 22-코돈 유전자를 ORF3b라는 용어를 사용한다.ORF3c라는 용어는 41-코돈 유전자에, ORF3d라는 용어는 57-코돈 [1]유전자에 사용된다.

비교 유전체학

보조단백질을 코드하는 다른 유전자와 마찬가지로 ORF3b는 바이러스 구조단백질을 코드하는 유전자 근처의 게놈에 위치한다.그것은 유전체의 이 영역에서 중복되는 여러 유전자 중 하나이며, ORF3a와 중복되며, SARS-CoV에서는 외피 [1]단백질을 코드하는 E 유전자이다.그 길이는 SARS-CoV-2의 22개의 아미노산에서 SARS-CoV의 [1]약 155개의 잔류물에 이르기까지 상당히 다양하며, 다른 관련 박쥐 코로나바이러스는 다양한 [6][7]길이의 중간 절단을 보인다.Sarbeco virus 서브제너스의 유일한 ORF로 알려진 관련 바이러스 [2]중 길이가 크게 다릅니다.그것의 배열은 SARSr-CoV [3]종 내에서 잘 보존되지 않는다.

표현과 현지화

SARS-CoV에서 ORF3b 단백질은 내부 리보솜 진입부위(IRES)[8]를 통해 번역된다.C 말단에 핵 국재 신호를 가지고 있으며 핵과 미토콘드리아에 [8]국재되어 있다.그것은 바이러스 [8]복제에 필수적이지 않다.

SARS-CoV-2에서는 ORF3b가 기능하는지는 불명확하다.단백질학 연구, 하위 유전자의 RNA 배열 분석, 리보솜 프로파일링, 그리고 비교 유전체학은 모두 SARS-CoV-2의 기능적 유전자 성분을 검사하는데 사용되었고 ORF3b가 기능적 [3]단백질을 발현한다는 증거는 거의 발견되지 않았다.SARS-CoV-2 단백질은 세포 [2]배양에서 발현될 때 주로 세포에 국재하는 것으로 보고되었다.박쥐 코로나 바이러스로부터 단백질의 잘린 형태도 C 말단 핵 위치 결정 시퀀스의 [7]상실로 인해 세포질인 것으로 알려졌다.

기능.

세포 성장

SARS-CoV에서 ORF3b는 세포배양에서 [8][9]연구할 때 G0/G1 세포주기 정지 및 아포토시스를 유도하는 것으로 보고되었다.

인터페론 길항제

SARS-CoV에서 ORF3b는 IRF3의 [8]억제를 통해 I형 간섭자 반응을 억제하는 간섭자 길항제라고 기술되어 있다.세포 배양에서 잘린 SARS-CoV-2 ORF3b 단백질에 대한 연구는 그것이 길이와 세포 내 [2]국부적 차이와 관련이 있을 수 있는 SARS-CoV 단백질보다 더 강력한 간섭제 길항제임을 시사한다.

AP-1에 미치는 영향

SARS-CoV에서는 ORF3b 단백질이 JNK 및 ERK 신호 [10][8]경로를 통해 전사인자 AP-1을 활성화하는 것으로 알려졌다.

레퍼런스

  1. ^ a b c d e f g h i Jungreis, Irwin; Nelson, Chase W.; Ardern, Zachary; Finkel, Yaara; Krogan, Nevan J.; Sato, Kei; Ziebuhr, John; Stern-Ginossar, Noam; Pavesi, Angelo; Firth, Andrew E.; Gorbalenya, Alexander E.; Kellis, Manolis (June 2021). "Conflicting and ambiguous names of overlapping ORFs in the SARS-CoV-2 genome: A homology-based resolution". Virology. 558: 145–151. doi:10.1016/j.virol.2021.02.013. hdl:1721.1/130363. PMC 7967279. PMID 33774510.
  2. ^ a b c d e f Konno, Yoriyuki; Kimura, Izumi; Uriu, Keiya; Fukushi, Masaya; Irie, Takashi; Koyanagi, Yoshio; Sauter, Daniel; Gifford, Robert J.; Nakagawa, So; Sato, Kei (September 2020). "SARS-CoV-2 ORF3b Is a Potent Interferon Antagonist Whose Activity Is Increased by a Naturally Occurring Elongation Variant". Cell Reports. 32 (12): 108185. doi:10.1016/j.celrep.2020.108185. PMC 7473339.
  3. ^ a b c Jungreis, Irwin; Sealfon, Rachel; Kellis, Manolis (December 2021). "SARS-CoV-2 gene content and COVID-19 mutation impact by comparing 44 Sarbecovirus genomes". Nature Communications. 12 (1): 2642. doi:10.1038/s41467-021-22905-7. hdl:1721.1/130581. PMC 8113528.
  4. ^ Lu, Roujian; Zhao, Xiang; Li, Juan; Niu, Peihua; Yang, Bo; Wu, Honglong; Wang, Wenling; Song, Hao; Huang, Baoying; Zhu, Na; Bi, Yuhai; Ma, Xuejun; Zhan, Faxian; Wang, Liang; Hu, Tao; Zhou, Hong; Hu, Zhenhong; Zhou, Weimin; Zhao, Li; Chen, Jing; Meng, Yao; Wang, Ji; Lin, Yang; Yuan, Jianying; Xie, Zhihao; Ma, Jinmin; Liu, William J; Wang, Dayan; Xu, Wenbo; Holmes, Edward C; Gao, George F; Wu, Guizhen; Chen, Weijun; Shi, Weifeng; Tan, Wenjie (February 2020). "Genomic characterisation and epidemiology of 2019 novel coronavirus: implications for virus origins and receptor binding". The Lancet. 395 (10224): 565–574. doi:10.1016/S0140-6736(20)30251-8. PMC 7159086.
  5. ^ Pavesi, Angelo (July 2020). "New insights into the evolutionary features of viral overlapping genes by discriminant analysis". Virology. 546: 51–66. doi:10.1016/j.virol.2020.03.007. PMC 7157939.
  6. ^ Hu, Ben; Zeng, Lei-Ping; Yang, Xing-Lou; Ge, Xing-Yi; Zhang, Wei; Li, Bei; Xie, Jia-Zheng; Shen, Xu-Rui; Zhang, Yun-Zhi; Wang, Ning; Luo, Dong-Sheng; Zheng, Xiao-Shuang; Wang, Mei-Niang; Daszak, Peter; Wang, Lin-Fa; Cui, Jie; Shi, Zheng-Li (30 November 2017). "Discovery of a rich gene pool of bat SARS-related coronaviruses provides new insights into the origin of SARS coronavirus". PLOS Pathogens. 13 (11): e1006698. doi:10.1371/journal.ppat.1006698. PMC 5708621.
  7. ^ a b Zhou, Peng; Li, Hongxia; Wang, Hanzhong; Wang, Lin-Fa; Shi, Zhengli (1 February 2012). "Bat severe acute respiratory syndrome-like coronavirus ORF3b homologues display different interferon antagonist activities". Journal of General Virology. 93 (2): 275–281. doi:10.1099/vir.0.033589-0.
  8. ^ a b c d e f Liu, Ding Xiang; Fung, To Sing; Chong, Kelvin Kian-Long; Shukla, Aditi; Hilgenfeld, Rolf (September 2014). "Accessory proteins of SARS-CoV and other coronaviruses". Antiviral Research. 109: 97–109. doi:10.1016/j.antiviral.2014.06.013. PMC 7113789.
  9. ^ Yuan, X.; Shan, Y.; Chen, J.; Cong, Y. (17 August 2005). "G0/G1 arrest and apoptosis induced by SARS-CoV 3b protein in transfected cells". Virol J. 2 (66): 66. doi:10.1186/1743-422X-2-66. PMC 1190220. PMID 16107218.
  10. ^ Varshney, B; Lal, SK (21 June 2011). "SARS-CoV accessory protein 3b induces AP-1 transcriptional activity through activation of JNK and ERK pathways". Biochemistry. 50 (24): 5419–5425. doi:10.1021/bi200303r. PMID 21561061.