ORF3d

ORF3d
ORF3d
식별자
유기체사스-CoV-2
기호.ORF3d
유니프로트P0DTG0

ORF3d는 SARS-CoV-2(COVID-19를 일으키는 바이러스)와 판골린에서 발견되는 최소한 하나의 밀접한 관련 코로나 바이러스에서 발견되는 유전자이지만, 사르베코 바이러스 하위 속에서는 다른 밀접한 관련이 있는 바이러스에서는 발견되지 않는다.그것은 57 코돈 길이이며,[1] 알려지지 않은 기능을 가진 57개의 새로운 아미노산 잔류 단백질을 암호화한다.적어도 2개의 아이소폼이 기술되어 있으며, 그 중 짧은 33-잔류 형태인 ORF3d-2는 보다 고도로 발현되거나 심지어 유일한 형태로 [1][2]발현될 수 있다.ORF3d 단백질에 대한 항체는 COVID-19에서 [3]회복된 환자에게서 발생하는 항원성 물질로 보고되었다.다른 밀접하게 연관된 SARS-CoV의 게놈에는 상동성이 없다.[1][4]

명명법

SARS-CoV-2의 보조 단백질, 특히 ORF3a와 [4]중복되는 여러 유전자에 사용되는 명명법에 관한 과학 문헌에서 상당한 혼란이 있었다.많은 과학 논문들은 사스-CoV와 사스-CoV-2의 ORF3b 길이 차이로 인한 혼란으로 인해 ORF3d와 [4]그 단백질 생성물을 ORF3b라고 언급해왔다.57-코돈 단백질[5] 생성물과 22-코돈 단백질[6] 생성물 모두 인터페론 [4]안타고니스트와 유사한 효과를 갖는 것으로 설명되어 혼란을 악화시키고 있다.

사스-CoV-2의 권장 명명법은 사스-CoV의 ORF3b의 5' 말미에 상동하는 22-코돈 유전자에 ORF3b라는 용어를 사용하고 57-코돈 [4]유전자에 ORF3d라는 용어를 사용한다.

비교 유전체학

ORF3d는 사스-CoV-2 게놈의 ORF3a와 ORF3c가 모두 겹치는 중복 유전자다.이것은 기능성 [1][4]단백질을 코드하는 동일한 배열 영역의 가능한 세 가지 읽기 프레임의 드문 예를 잠재적으로 나타낸다.ORF3d는 판골린에서 [1]발견되는 코로나바이러스를 제외하고 SARS-CoV나 다른 관련 코로나바이러스에는 존재하지 않는다.SARS-CoV-2 게놈 배열은 COVID-19 대유행 전체에 걸쳐 광범위하게 샘플링되었으며, 정지 코돈 도입으로 인해 ORF3d가 잘린 SARS-CoV-2 변종의 예가 비교적 높은 [1][7]유병률로 확인되었다.

ORF3d 영역의 생물정보학 분석에 따르면 예측된 단백질 생성물의 배열이 잘 보존되지 않았으며 단백질 [8]발현에 대한 실험적 증거에도 불구하고 유전자가 기능성 단백질을 부호화하지 않을 가능성을 제기한다.

표현

ORF3d 단백질은 길이가 57개인 아미노산 잔기와 길이가 33개인 두 개의 아이소폼을 가지며, 후자는 ORF3d-2로 [1]알려져 있다.전장 ORF3d에 [1][2]대한 명확한 근거 없이 최소 ORF3d-2 발현에 대한 리보솜 프로파일링과 같은 연구로부터 실험적인 증거가 있다.

기능.

ORF3d 단백질의 기능은 알려져 있지 않으며, 유전자가 바이러스 라이프 [8]사이클에서 기능적인 역할을 하는 단백질을 코드화하지 않을 가능성이 있다.세포 배양 실험 조건에서 발현될 때, ORF3d 단백질은 간섭자 [5]길항제인 것으로 보인다.

COVID-19에서 회복된 환자에서 ORF3d의 펩타이드에 [3]대한 강력한 항체 반응이 보고되었다.

레퍼런스

  1. ^ a b c d e f g h Nelson, Chase W; Ardern, Zachary; Goldberg, Tony L; Meng, Chen; Kuo, Chen-Hao; Ludwig, Christina; Kolokotronis, Sergios-Orestis; Wei, Xinzhu (1 October 2020). "Dynamically evolving novel overlapping gene as a factor in the SARS-CoV-2 pandemic". eLife. 9: e59633. doi:10.7554/eLife.59633. PMC 7655111. PMID 33001029.
  2. ^ a b Finkel, Yaara; Mizrahi, Orel; Nachshon, Aharon; Weingarten-Gabbay, Shira; Morgenstern, David; Yahalom-Ronen, Yfat; Tamir, Hadas; Achdout, Hagit; Stein, Dana; Israeli, Ofir; Beth-Din, Adi; Melamed, Sharon; Weiss, Shay; Israely, Tomer; Paran, Nir; Schwartz, Michal; Stern-Ginossar, Noam (7 January 2021). "The coding capacity of SARS-CoV-2". Nature. 589 (7840): 125–130. doi:10.1038/s41586-020-2739-1.
  3. ^ a b Hachim, Asmaa; Kavian, Niloufar; Cohen, Carolyn A.; Chin, Alex W. H.; Chu, Daniel K. W.; Mok, Chris K. P.; Tsang, Owen T. Y.; Yeung, Yiu Cheong; Perera, Ranawaka A. P. M.; Poon, Leo L. M.; Peiris, J. S. Malik; Valkenburg, Sophie A. (October 2020). "ORF8 and ORF3b antibodies are accurate serological markers of early and late SARS-CoV-2 infection". Nature Immunology. 21 (10): 1293–1301. doi:10.1038/s41590-020-0773-7.
  4. ^ a b c d e f Jungreis, Irwin; Nelson, Chase W.; Ardern, Zachary; Finkel, Yaara; Krogan, Nevan J.; Sato, Kei; Ziebuhr, John; Stern-Ginossar, Noam; Pavesi, Angelo; Firth, Andrew E.; Gorbalenya, Alexander E.; Kellis, Manolis (June 2021). "Conflicting and ambiguous names of overlapping ORFs in the SARS-CoV-2 genome: A homology-based resolution". Virology. 558: 145–151. doi:10.1016/j.virol.2021.02.013. hdl:1721.1/130363. PMC 7967279. PMID 33774510.
  5. ^ a b Lu, Roujian; Zhao, Xiang; Li, Juan; Niu, Peihua; Yang, Bo; Wu, Honglong; Wang, Wenling; Song, Hao; Huang, Baoying; Zhu, Na; Bi, Yuhai; Ma, Xuejun; Zhan, Faxian; Wang, Liang; Hu, Tao; Zhou, Hong; Hu, Zhenhong; Zhou, Weimin; Zhao, Li; Chen, Jing; Meng, Yao; Wang, Ji; Lin, Yang; Yuan, Jianying; Xie, Zhihao; Ma, Jinmin; Liu, William J; Wang, Dayan; Xu, Wenbo; Holmes, Edward C; Gao, George F; Wu, Guizhen; Chen, Weijun; Shi, Weifeng; Tan, Wenjie (February 2020). "Genomic characterisation and epidemiology of 2019 novel coronavirus: implications for virus origins and receptor binding". The Lancet. 395 (10224): 565–574. doi:10.1016/S0140-6736(20)30251-8. PMC 7159086.
  6. ^ Konno, Yoriyuki; Kimura, Izumi; Uriu, Keiya; Fukushi, Masaya; Irie, Takashi; Koyanagi, Yoshio; Sauter, Daniel; Gifford, Robert J.; Nakagawa, So; Sato, Kei (September 2020). "SARS-CoV-2 ORF3b Is a Potent Interferon Antagonist Whose Activity Is Increased by a Naturally Occurring Elongation Variant". Cell Reports. 32 (12): 108185. doi:10.1016/j.celrep.2020.108185. PMC 7473339.
  7. ^ Lam, Joy-Yan; Yuen, Chun-Kit; Ip, Jonathan Daniel; Wong, Wan-Man; To, Kelvin Kai-Wang; Yuen, Kwok-Yung; Kok, Kin-Hang (1 January 2020). "Loss of orf3b in the circulating SARS-CoV-2 strains". Emerging Microbes & Infections. 9 (1): 2685–2696. doi:10.1080/22221751.2020.1852892. PMC 7782295.
  8. ^ a b Jungreis, Irwin; Sealfon, Rachel; Kellis, Manolis (December 2021). "SARS-CoV-2 gene content and COVID-19 mutation impact by comparing 44 Sarbecovirus genomes". Nature Communications. 12 (1): 2642. doi:10.1038/s41467-021-22905-7. hdl:1721.1/130581. PMC 8113528.